[發(fā)明專利]一種檢測游離DNA基因組污染的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011607363.3
• 申請日: 2020-12-30
• 公開（公告）號: CN112834438A
• 公開（公告）日: 2021-05-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 許明炎;張曉妮;楊慶
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳市海普洛斯生物科技有限公司
• 主分類號: G01N21/25
• 分類號: G01N21/25;G01N33/72
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

本申請公開了一種檢測游離DNA基因組污染的方法。本申請檢測游離DNA基因組污染的方法，其中，游離DNA提取自血液或血漿樣本，本申請方法包括在游離DNA提取之前，預(yù)先對血漿的血紅蛋白含量進(jìn)行檢測，根據(jù)血紅蛋白含量預(yù)測游離DNA中基因組DNA的污染情況。本申請的游離DNA基因組污染的檢測方法，能夠在核酸提取之前，通過血漿中的血紅蛋白含量，預(yù)先判斷游離DNA中的基因組DNA污染；從而便于采用相應(yīng)的措施，在核酸提取時(shí)減少基因組DNA污染，提高游離DNA提取質(zhì)量和效率，進(jìn)而提高游離DNA檢測的準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請涉及游離DNA檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及一種檢測游離DNA基因組污染的方法。

背景技術(shù)

隨著醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展，液體活檢成為目前癌癥研究中主要的分析手段，目前為止，液體活檢的檢測對象有循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTCs)，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，循環(huán)RNA(circulatingRNA)和外泌體。其中，ctDNA因研究前景廣闊受到越來越多的關(guān)注。

cfDNA，即circulating free DNA，又稱游離DNA、循環(huán)DNA或循環(huán)核酸，是指循環(huán)血中游離于細(xì)胞外的部分降解了的機(jī)體內(nèi)源性DNA。cfDNA中來自于壞死脫落的腫瘤細(xì)胞、凋亡的腫瘤細(xì)胞和循環(huán)腫瘤細(xì)胞的游離DNA又稱循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)。近年來，生物分子學(xué)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域不斷優(yōu)化和探究，ctDNA成為了一種新型的腫瘤腫瘤標(biāo)志物；其主要優(yōu)勢在于，ctDNA為非侵入型，并在腫瘤患者血液中廣泛存在，并在癌癥治療領(lǐng)域被廣泛研究。2014年2月19日發(fā)表于Science Translational Medicine的研究，篩選了潛在的體細(xì)胞突變的ctDNA，用于檢測和跟蹤病人腫瘤的進(jìn)展。

研究發(fā)現(xiàn)，體內(nèi)檢測到ctDNA的病人的比例與腫瘤進(jìn)展的時(shí)期相關(guān)。科學(xué)家測量了206例結(jié)腸癌患者血液中ctDNA的濃度，結(jié)果發(fā)現(xiàn)具有低濃度ctDNA的患者具有顯著的較長生存期。ctDNA在篩查、診斷及用藥指導(dǎo)、預(yù)后檢測多方面發(fā)揮作用。

但是ctDNA存在的研究難題在于，數(shù)量少而且能夠檢測到的突變位點(diǎn)所占的比例很低。ctDNA通常片段化為180bp左右，抽提ctDNA的過程難度高，質(zhì)量要求嚴(yán)格，主要解決的問題在于要降低來自白細(xì)胞的正常DNA污染，通常的做法是全血離心以去除所有的細(xì)胞，然后分析余下的血漿，然后進(jìn)入核酸抽題環(huán)節(jié)，并利用生物分析儀進(jìn)行條帶的質(zhì)控。

ctDNA用于NGS檢測中，同時(shí)NGS技術(shù)本身因其技術(shù)較為復(fù)雜，影響因素較多，檢測內(nèi)容不一，數(shù)據(jù)分析和解讀有難度。在2018年7月10日，由中華醫(yī)學(xué)會主辦的《中華醫(yī)學(xué)雜志》在線發(fā)表了題為《二代測序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識》中系統(tǒng)地闡述了NGS技術(shù)質(zhì)量需求、臨床腫瘤相關(guān)NGS檢測內(nèi)容、樣本處理、測序流程、數(shù)據(jù)管理、信息學(xué)分析、結(jié)果報(bào)告解釋和咨詢等方面的內(nèi)容。篩選出在ctDNA質(zhì)控方面的相應(yīng)要求：(1)組織和血漿游離核酸的檢測前質(zhì)量控制分析，包括濃度和純度分析；(2)游離DNA應(yīng)進(jìn)行片段長度分布分析，以判斷是否存在血細(xì)胞基因組DNA污染。眾所周知，基因組的污染對ctDNA檢出有很大的影響，對之進(jìn)行質(zhì)控勢必要進(jìn)行，

共識中指出，在血漿樣品的檢測中，由于cfDNA(游離DNA)或ctDNA(循環(huán)腫瘤DNA)的含量非常有限，血細(xì)胞gDNA(基因組DNA)的釋放或在核酸處理過程中引入的gDNA污染，都會顯著降低cfDNA或ctDNA的濃度，不僅可能產(chǎn)生分析數(shù)據(jù)不足無法分析，還可能因?yàn)槠鋽y帶的重要疾病基因信息被無意義的基因組數(shù)據(jù)干擾，給數(shù)據(jù)分析和解讀增加難度。