[發(fā)明專利]基于Sanger測(cè)序的HLA分型方法及設(shè)備

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011600233.7
• 申請(qǐng)日: 2020-12-29
• 公開（公告）號(hào): CN112669903A
• 公開（公告）日: 2021-04-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 郭同壘;何勝;劉明坤;葉鋒
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京旌準(zhǔn)醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號(hào): G16B20/30
• 分類號(hào): G16B20/30
• 代理公司: 北京細(xì)軟智谷知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11471
• 代理人: 付登云

1.一種基于Sanger測(cè)序的HLA分型方法，其特征在于，包括：

獲取待識(shí)別基因的測(cè)序數(shù)據(jù)；

根據(jù)所述待識(shí)別基因的測(cè)序數(shù)據(jù)，基于預(yù)先訓(xùn)練的堿基識(shí)別模型，得到所述待識(shí)別基因各位點(diǎn)的正確堿基信號(hào)；其中，所述堿基識(shí)別模型以非正常堿基的測(cè)序數(shù)據(jù)作為樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行訓(xùn)練；

判讀所述待識(shí)別基因的核酸序列并與參考序列比對(duì)獲得差異位點(diǎn)，基于預(yù)先整理的等位基因型與所述差異位點(diǎn)，采用位運(yùn)算比較獲得HLA分型結(jié)果。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括：

收集歷史HLA分型項(xiàng)目中的非正常堿基位點(diǎn)的序列HLA分型結(jié)果和測(cè)序峰圖，以及根據(jù)所述非正常堿基位點(diǎn)的序列HLA分型結(jié)果和測(cè)序峰圖判讀的所述非正常堿基位點(diǎn)的最終堿基值；

整理所述非正常堿基位點(diǎn)中A、T、G、C四個(gè)堿基各自信號(hào)峰值前后的信號(hào)值；

獲取所述非正常堿基位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的人群頻率；

將所述非正常堿基位點(diǎn)中A、T、G、C四個(gè)堿基各自信號(hào)峰值前后的信號(hào)值和所述非正常堿基位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的人群頻率作為訓(xùn)練所述堿基識(shí)別模型的特征參量；

根據(jù)判讀的所述非正常堿基位點(diǎn)的最終堿基值，對(duì)包含所述特征參量的所述非正常堿基位點(diǎn)的特征數(shù)據(jù)進(jìn)行分類，將分類的所述特征數(shù)據(jù)作為樣本數(shù)據(jù)訓(xùn)練所述堿基識(shí)別模型。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述采用位運(yùn)算比較獲得HLA分型結(jié)果，具體包括：

將A、T、G、C四個(gè)堿基進(jìn)行數(shù)字化映射為1、2、4、8，使用位運(yùn)算快速判定與測(cè)序結(jié)果一致的HLA分型結(jié)果。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述整理所述非正常堿基位點(diǎn)中A、T、G、C四個(gè)堿基各自信號(hào)峰值前后的信號(hào)值，具體包括：整理所述非正常堿基位點(diǎn)中A、T、G、C四個(gè)堿基各自信號(hào)峰值前后4bp的信號(hào)值。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述獲取所述非正常堿基位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的人群頻率，具體包括：

根據(jù)中華骨髓庫(kù)CWD表獲取所述非正常堿基位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的人群頻率，進(jìn)而計(jì)算所述非正常堿基位點(diǎn)中A、T、G、C四個(gè)堿基各自的頻率，獲得A、T、G、C四個(gè)堿基各自在相應(yīng)位置的打分矩陣；

根據(jù)所述打分矩陣確定所述非正常堿基位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的人群頻率。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)判讀的所述非正常堿基位點(diǎn)的最終堿基值，對(duì)包含所述特征參量的所述非正常堿基位點(diǎn)的特征數(shù)據(jù)進(jìn)行分類，具體包括：

以所述非正常堿基位點(diǎn)中的A、T、G、C四個(gè)堿基為基準(zhǔn)，將判讀的所述非正常堿基位點(diǎn)的最終堿基值中包括的堿基確定為陽(yáng)性類，其余堿基確定為陰性類。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，還包括：基于交叉驗(yàn)證將分類后的所述特征數(shù)據(jù)按照預(yù)設(shè)比例劃分為訓(xùn)練數(shù)據(jù)及和驗(yàn)證數(shù)據(jù)；

將所述訓(xùn)練數(shù)據(jù)作為樣本數(shù)據(jù)訓(xùn)練所述堿基識(shí)別模型。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，還包括：

基于網(wǎng)格搜索確定所述樣本數(shù)據(jù)中的用于訓(xùn)練所述堿基識(shí)別模型的最佳參數(shù)；

將所述最佳參數(shù)作為最終用于訓(xùn)練所述堿基識(shí)別模型的數(shù)據(jù)。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，還包括：

將所述堿基識(shí)別模型運(yùn)用于所述驗(yàn)證數(shù)據(jù)，檢測(cè)所述堿基識(shí)別模型預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率和靈敏度。

10.一種基于Sanger測(cè)序的HLA分型設(shè)備，其特征在于，包括：

處理器和存儲(chǔ)器；

所述處理器與存儲(chǔ)器通過(guò)通信總線相連接：

其中，所述處理器，用于調(diào)用并執(zhí)行所述存儲(chǔ)器中存儲(chǔ)的程序；

所述存儲(chǔ)器，用于存儲(chǔ)程序，所述程序至少用于執(zhí)行權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)所述的一種基于Sanger測(cè)序的HLA分型方法。