[發明專利]一種同時檢測DNA甲基化和基因組變異的方法、裝置和存儲介質

有效

• 申請號: 202011598472.3
• 申請日: 2020-12-29
• 公開（公告）號: CN112634984B
• 公開（公告）日: 2021-09-28
• 發明（設計）人: 劉濤;崔添毓;方歡;李敏;管彥芳;楊玲;易鑫
• 申請（專利權）人: 北京吉因加醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: G16B20/10
• 分類號: G16B20/10;G16B20/20;G16B20/30;G16B20/50;G16B30/10;C12Q1/6869
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;彭愿潔

1.一種同時檢測DNA甲基化和基因組變異的方法，其特征在于，包括：

甲基化和突變區分步驟：根據待測樣本的測序數據，分別統計待測樣本DNA正向模板和反向模板中堿基的變化模式，根據正向模板和反向模板中堿基的變化模式區分甲基化狀態與突變，以得到待測樣本的DNA甲基化信息；

甲基化位點修復步驟：根據待測樣本的DNA甲基化信息，修復甲基化位點為原來的C堿基或者G堿基，獲得修復后的待測樣本測序數據；

變異檢測步驟：將修復后的待測樣本測序數據作為變異檢測的輸入樣本，對待測樣本進行突變檢測，獲得待測樣本的基因組變異信息；

其中，所述正向模板和反向模板中堿基的變化模式具體包括：

雙鏈甲基化模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，F1和F2堿基變化的數量相同但種類不一致；

僅發生突變模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，且F1和F2堿基變化相同，R1和R2堿基變化相同；

同時存在甲基化和突變模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，F1和F2堿基變化不一致，且F1存在堿基變化的數量和F2存在堿基變化的數量不一致；

單鏈甲基化模式：F1和R1中僅有一個存在堿基變化，且堿基變化為C到T；

氧化損傷突變模式：F1和R1中僅有一個存在堿基變化，且堿基變化為C到A；

其中，F1為待測樣本的DNA測序文庫中的正向模板，R1待測樣本的DNA測序文庫中的反向模板，F2為與R1互補的正向模板，R2為與F1互補的反向模板。

2.根據權利要求1所述的同時檢測DNA甲基化和基因組變異的方法，其特征在于，所述甲基化位點修復步驟之前還包括測序步驟，所述測序步驟包括：

提取待測樣本的DNA并進行TAPS轉化處理，采用TAPS轉化處理后的待測樣本DNA建立待測樣本的DNA測序文庫；

對待測樣本的DNA測序文庫進行高深度測序，獲得待測樣本的測序數據。

3.根據權利要求2所述的同時檢測DNA甲基化和基因組變異的方法，其特征在于，所述測序步驟中，TAPS轉化處理具體包括，將待測樣本的DNA甲基化修飾的胞嘧啶轉化為胸腺嘧啶。

4.一種同時檢測DNA甲基化和基因組變異的裝置，其特征在于，所述裝置包括：

甲基化和突變區分模塊：用于根據待測樣本的測序數據，分別統計待測樣本DNA正向模板和反向模板中堿基的變化模式，根據正向模板和反向模板中堿基的變化模式區分甲基化狀態與突變，以得到待測樣本的DNA甲基化信息；

甲基化位點修復模塊：根據待測樣本的DNA甲基化信息，修復甲基化位點為原來的C堿基或者G堿基，獲得修復后的待測樣本測序數據；

變異檢測模塊：將修復后的待測樣本測序數據作為變異檢測的輸入樣本，對待測樣本進行突變檢測，獲得待測樣本的基因組變異信息；

其中，所述正向模板和反向模板中堿基的變化模式具體包括：

雙鏈甲基化模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，F1和F2堿基變化的數量相同但種類不一致；

僅發生突變模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，且F1和F2堿基變化相同，R1和R2堿基變化相同；

同時存在甲基化和突變模式：F1、F2、R1、R2均存在堿基變化，F1和F2堿基變化不一致，且F1存在堿基變化的數量和F2存在堿基變化的數量不一致；

單鏈甲基化模式：F1和R1中僅有一個存在堿基變化，且堿基變化為C到T；

氧化損傷突變模式：F1和R1中僅有一個存在堿基變化，且堿基變化為C到A；

其中，F1為待測樣本的DNA測序文庫中的正向模板，R1待測樣本的DNA測序文庫中的反向模板，F2為與R1互補的正向模板，R2為與F1互補的反向模板。

5.根據權利要求4所述的同時檢測DNA甲基化和基因組變異的裝置，其特征在于，所述裝置還包括測序模塊，所述測序模塊包括：

提取待測樣本的DNA并進行TAPS轉化處理，采用TAPS轉化處理后的待測樣本DNA建立待測樣本的DNA測序文庫；

對待測樣本的DNA測序文庫進行高深度測序，獲得待測樣本的測序數據。