[發(fā)明專利]一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物對及試劑盒

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011594224.1
• 申請日: 2020-12-29
• 公開（公告）號: CN112481366B
• 公開（公告）日: 2022-08-16
• 發(fā)明（設計）人: 孫石磊;姬云
• 申請（專利權）人: 蘇州科諾醫(yī)學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/6876
• 分類號: C12Q1/6876;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 蘇州創(chuàng)元專利商標事務所有限公司 32103
• 代理人: 孫周強

本發(fā)明公開了一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物對及試劑盒，由上游引物與下游引物組成，上游引物由引物1與引物2組成；引物1由模板完全匹配區(qū)序列、Spacer、模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成；引物2由所述模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成。創(chuàng)造性的設計引物2沒有長片段的輔助，無法在起始階段擴增，只能對第一步PCR反應的產(chǎn)物進行擴增，確保特異性，相對于常規(guī)引物，本發(fā)明提高了ARMS靈敏度。

技術領域

本發(fā)明屬于基因檢測技術，具體涉及一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物對及試劑盒。

背景技術

現(xiàn)有技術提供了用于檢測人類EGFR基因T790M突變的引物、檢測方法及試劑盒，檢測引物能與EGFR基因保守序列結合，擴增突變序列；檢測方法采用檢測熒光信號基團能與擴增片段結合發(fā)出熒光信號，利用阻斷劑與突變位點對應的野生型序列特異性結合，抑制野生型非特異性擴增。現(xiàn)有技術公開了檢測EGFR基因T790M、C797S及L798I位點的特異性探針及試劑盒，所述特異性探針為核酸序列并包含非配對區(qū)、突變檢測區(qū)、配對區(qū)；非配對區(qū)和配對區(qū)的堿基序列分別與待測位點的特異性序不配對和配對；突變檢測區(qū)的堿基種類與待測位點的突變位點突變前或突變后的堿基種類相配對；所述非配對區(qū)的一個堿基修飾有第一修飾基團，配對區(qū)的第一個堿基修飾有第二修飾基團；第一修飾基團和第二修飾基團為相配合的熒光基團和淬滅基團。現(xiàn)有技術公開的一組用于檢測EGFR基因T790M點突變的引物組，其包含以下引物：T790M-F:CTCCACCGTGCAGCTCATCTT；T790M-R:TGCACACACCAGTTGAGCAGGT；TaqMan-MGB探針：TCGGCTGCCTCCTGGA。傳統(tǒng)擴增受阻突變系統(tǒng)（ARMS）的引物設計時，若引物過長，容易導致非特異性擴增，導致特異性下降，若引物過短，導致擴增效率低下，靈敏度降低；現(xiàn)有引物無法兼顧靈敏度與特異性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明公開了檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物對及試劑盒，采用與現(xiàn)有技術不同的引物設計思路，尤其是創(chuàng)造性的設計引物2沒有長片段的輔助，無法在起始階段擴增，只能對第一步PCR反應的產(chǎn)物進行擴增，確保特異性，在ARMS中首次公開該設計方案。血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變?yōu)槿薊GFR基因T790M突變。

本發(fā)明采用如下技術方案：

一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物對，由上游引物與下游引物組成，其中，上游引物由引物1與引物2組成；引物1由模板完全匹配區(qū)序列、Spacer、模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成；引物2由所述模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成。

本發(fā)明公開了一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的引物體系，包括檢測引物、內(nèi)控引物；所述檢測引物由上游引物與下游引物組成，其中，上游引物由引物1與引物2組成；引物1由模板完全匹配區(qū)序列、Spacer、模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成；引物2由所述模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成。

本發(fā)明公開了一種檢測血漿游離DNA中EGFR基因T790M突變的試劑盒，包括檢測引物、內(nèi)控引物、Taqman探針、內(nèi)控探針；所述檢測引物由上游引物與下游引物組成，其中，上游引物由引物1與引物2組成；引物1由模板完全匹配區(qū)序列、Spacer、模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成；引物2由所述模板不匹配區(qū)序列、模板匹配區(qū)序列、突變堿基適配區(qū)序列依次連接組成。