[發明專利]與大白豬總乳頭數相關的SNP分子標記及其獲取方法

在審

• 申請號: 202011590107.8
• 申請日: 2020-12-29
• 公開（公告）號: CN112575096A
• 公開（公告）日: 2021-03-30
• 發明（設計）人: 田宏山;趙云翔;郭猛;周玉;錢樂;周博焱;曾金壇;梁進光
• 申請（專利權）人: 廣西揚翔股份有限公司;佛山科學技術學院;廣西揚翔農牧有限責任公司;廣西揚翔豬基因科技有限公司;廣西貴港秀博基因科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣西中知科創知識產權代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

1.與大白豬總乳頭數相關的SNP分子標記，其特征在于，所述SNP分子標記為Affx-114687136，其為國際大白豬參考基因組Sscrofa11.1版本7號染色體第103411844個核苷酸位點，該位點堿基是A或G，對應位于核酸序列表SEQ ID NO：1第101位核酸位點。

2.用于擴增權利要求1所述的SNP分子標記的引物或鑒定權利要求1所述SNP分子標記的探針。

3.含有如權利要求2所述引物或探針的試劑盒。

4.一種如權利要求1所述的SNP分子標記在大白豬遺傳育種中的應用。

5.一種應用權利要求1所述的SNP分子標記選育/輔助選育高/低總乳頭數性狀的大白豬品種或品系的方法，其特征在于，所述方法是：提取大白豬的基因組DNA，檢測7號染色體的第103411844位點的脫氧核苷酸，測出第103411844位點的脫氧核苷酸為A或G，確定待測大白豬的基因型是AA型、AG或GG型，據育種需求，選擇AA型、AG或GG型基因的大白豬進行下一步的選種和/或育種，所述AA型基因的大白豬乳頭總數遠高于AG和GG型。

6.如權利要求3所述的試劑盒在選育/輔助選育高總乳頭數性狀的大白豬品種或品系的用途。

7.一種獲取與大白豬總乳頭數相關的SNP分子標記的方法，其特征在于，所述方法是：提取大白豬的耳組織的總DNA，對總DNA進行質量控制、分析得到基因型數據；統計大白豬的個體總乳頭數數據作為表型，利用全基因組關聯分析技術，獲得與大白豬總乳頭數性狀顯著關聯的SNP:所述質量控制標準為:去除個體檢出率≥90％，SNP檢出率≥90％，最小等位基因頻率≥0.05，哈迪-溫伯格平衡p值≥10^-7；所述全基因組關聯分析采用混合線性模型為:Y_ijklnm＝μ+G_i+HYS_j+Line_k+Parity_l+ID_m+ε_ijklnm

其中，是第m個個體總乳頭數性狀原始表型值；u是群體均值；G_i是Affx-114687136分子標記基因型效應；HYS_j是出生場別、出生年份和出生季節聯合效應；Line_k是品系效應；Parity_l是出生胎次效應；ID_m是個體加性效應，假定服從正態分布：表示個體效應方差；ε_ijklnm是模型殘差效應，服從正態分布：表示殘差方差。