[發明專利]一種以Gapdh基因為參照的鳙性別鑒定分子標記開發方法

有效

• 申請號: 202011583565.9
• 申請日: 2020-12-28
• 公開（公告）號: CN112553347B
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: 周穎;童金茍;俞小牧;廖德杰
• 申請（專利權）人: 中國科學院水生生物研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6879;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 武漢科皓知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 42222
• 代理人: 常海濤

本發明公開了一種以Gapdh基因為參照的鳙性別鑒定分子標記開發方法，屬于魚類遺傳學領域。本發明發現了只在雄鳙基因組序列中存在的特異性序列(SEQ ID NO.2)，基于該特異性序列設計引物可用于鑒定鳙性別。從鳙基因組中調取Gapdh基因作為參照設計引物，與鑒定鳙性別的引物進行雙重PCR擴增，利用瓊脂糖電泳可以快速、準確地鑒定鳙的遺傳性別。本發明開發的分子標記特異性強可以準確鑒定鳙的性別。使用Gapdh基因作為內參基因通過雙重PCR進行鑒定，避免了因DNA降解、加樣失誤或PCR擴增失敗等原因造成的性別判斷錯誤。本發明具有快速、簡便、準確率高等優點，可大批量且準確地鑒定鳙的遺傳性別。

技術領域

本發明屬于魚類遺傳學領域，涉及魚類性別鑒定分子標記開發的方法，具體涉及以Gapdh基因為參照的鳙性別鑒定分子標記開發方法。

背景技術

魚類作為最原始的脊椎動物，是生物進化史中向兩性生殖迅速轉變的一大類群，其性別決定表現出原始性、復雜性及多樣性。魚類性別決定的原始性表現在魚類不像高等哺乳動物那樣進化出明顯的性別染色體及明確的性別決定基因，大多數魚類尚未形成明顯的性別染色體及性別決定基因不明確，具有性染色體的魚類大約只占10％(1700種中有176種)。遺傳因素決定的魚類主要被分為兩種類型，即XX/XY型和ZW/ZZ型。第一種類型的魚雄性含有性別決定區域或性染色體，而第二種類型的魚，性別決定區域或性染色則位于雌性魚的基因組中。根據文獻報道，大多數魚類還沒有形成像哺乳類動物那樣的可以從視覺上區別的性別染色體(Mei J,Gui JF.Genetic basis and biotechnological manipulationof sexual dimorphism and sex determination in fish.Sci China 2015,58:124)，且很多魚類在實驗室條件下培育性反轉群體比較困難，這就使得開發性別特異性的分子標記成為最有前途的研究魚類性別決定機制的方法。對于XX/XY性別決定機制的魚類設計性別鑒定引物，理想情況下雌性樣本中無擴增條帶，雄性樣本中有特異性的條帶。然而，樣本中無擴增條帶的現象，也有可能是由于DNA降解、加樣誤差或PCR擴增失敗等原因造成的，因此在性別特異性的鑒定標記中引入內參進行雙重PCR擴增是十分有必要的，可以排除擴增失敗等原因導致的判斷錯誤。

鳙(Hypophthalmichthys nobilis)是我國四大家魚之一，是我國重要的經濟養殖魚類。據世界糧農組織(FAO)2018年統計，鳙全世界范圍內養殖產量達到314萬噸，其中我國的養殖產量占全世界總養殖產量的90％以上。隨著我國居民生活水平的提高，對魚肉、魚頭等水產品和優質蛋白質的需求越來越大，這將進一步刺激國內鳙養殖業的發展。但由于鳙的性成熟時間較長(4-5年或更長時間)，給選擇育種工作帶來極大的不便，如何選擇合適的育種策略并提高鳙的育種效率，是育種工作者極為關心的問題。為了在繁殖季節到來之前提前鑒定目標繁殖親本的性別，或在鳙生長的早期階段進行性別相關的篩選和選育，亟需開發準確性高、簡便快捷的鳙性別特異分子標記。

發明內容

本發明的目的在于克服現有技術存在的缺點與不足，提供一種以鳙Gapdh基因序列為參照的性別標記開發的方法，不僅能準確鑒定鳙的性別，且避免了因DNA降解、加樣失誤或PCR擴增失敗等原因造成的性別判斷錯誤。本發明為大批量且準確地鑒定鳙的遺傳性別奠定了技術基礎。。

本發明的目的通過下述技術方案實現：

一種鑒定鳙性別的分子標記，其為序列如SEQ ID NO.2所示的DNA分子的部分或全部。

一種鑒定鳙性別的引物，其為用來擴增所述分子標記的引物。在進一步的實施方式中，所述的引物優選為：

HynS-4F：CCAATGGCGAGTTTCAC，

HynS-4R：CGCAAGGCAGTGTTTCTA。

使用這對引物對鳙樣品進行擴增，雄鳙可以擴增出697bp的特異性條帶，而雌鳙無擴增條帶。