[發明專利]一種SSR和SV分子標記引物和及其在世界大豆群體遺傳多樣性分析中的應用

有效

• 申請號: 202011566354.4
• 申請日: 2020-12-25
• 公開（公告）號: CN112593000B
• 公開（公告）日: 2023-06-20
• 發明（設計）人: 劉學勤;龍泉秀;謝鵬飛;楊洋
• 申請（專利權）人: 江蘇農林職業技術學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;G16B20/20
• 代理公司: 南京蘇高專利商標事務所(普通合伙) 32204
• 代理人: 丁靜靜

1.一種SSR和SV分子標記引物，其特征在于，包括SEQ?ID?NO.1～446所示序列的引物。

2.權利要求1所述SSR和SV分子標記引物在世界大豆群體遺傳多樣性分析中的應用，其特征在于，包括如下步驟：

(1)提取大豆樣品的基因組DNA；

(2)分別以SEQ?ID?NO.1～446所示的序列為引物，步驟(1)得到的基因組DNA為模板，分別進行PCR擴增，通過核酸電泳分析擴增條帶的大小和數量，得到大豆樣品的譜帶信息；

(3)根據步驟(2)得到的譜帶信息利用PowerMarker?3.25對大豆地理群體的等位變異豐富度和等位變異離散度進行分析，并通過統計群體間互補等位變異數、群體特有和特缺等位變異數分析各地理群體的遺傳基礎特異性；

(4)利用Arlequin?version?3.11計算成對群體間分化系數；

(5)根據SharedAllele算法計算群體內兩兩個體間的遺傳距離(d_ij)，并利用“Neighbor-Joining?tree”方法得到大豆栽培品種和地理群體的無根樹狀遺傳關系聚類圖；

d_ij＝1-s_ij

其中s_ij為遺傳相似系數，

s_ij＝(∑_kn_ijk)/2m

其中n_ijk為第i個體與第j個體在第k個分子標記上的共有等位基因數目，m為分子標記數目，

該聚類分析是在PowerMaker?3.25上運行完成，并用MEGA?4演示；

步驟(3)中，所述的等位變異豐富度：指群體內等位變異的總數，

A＝∑A_i

其中A_i為群體中第i位點的等位變異數目；

所述的等位變異離散度：指群體內各等位基因型頻率的變異；

其中為第l位點D均值，為第l位點變異u在群體中的頻率，k為第l位點的等位變異總數；

步驟(3)中，

所述的群體間互補等位變異數是指：比較兩個群體的等位變異時，A群體有而B群體沒有的等位變異稱為A群體對B群體的補充等位變異數，代表A群體可以拓寬B群體遺傳基礎的潛力，A群體和B群體之間的互補等位變異總數可以用來評價A群體和B群體遺傳關系遠近；

所述的群體特有等位變異數是指：某群體具有而其他各群體都沒有的等位變異數；群體特缺等位變異數是指：某群體沒有的而其他各群體都有的等位變異數；群體特有和特缺等位變異數都可以表示群體遺傳基礎的特異性；

步驟(4)中，所述的成對群體間分化系數的計算方法如下：

n_i是在第i個群體等位變異數量，P是群體總數；

SSD(AP)是在群體之間的總平方和，SSD(WP_i)是在第i個群體內的總平方和，N是基因型材料總數，是總的期望均方。