[發明專利]一種高效切割SARS-CoV-2基因組的siRNA及其應用

有效

• 申請號: 202011511680.5
• 申請日: 2020-12-18
• 公開（公告）號: CN112574960B
• 公開（公告）日: 2022-09-23
• 發明（設計）人: 薛愿超;蔡兆奎;曹唱唱
• 申請（專利權）人: 中國科學院生物物理研究所
• 主分類號: C12N7/00
• 分類號: C12N7/00;C12N15/113;A61K31/713;A61P31/14
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 董大媛

本發明提供了一種高效切割SARS?CoV?2基因組的siRNA及其應用，涉及生物醫藥技術領域。本發明通過改進伴刀豆球蛋白A磁珠捕獲病毒顆粒的技術，而后利用vRIC?seq解析病毒顆粒中SARS?CoV?2的基因組RNA原位高級結構；再根據獲得的病毒RNA結構，設計特異靶定病毒基因組RNA單鏈區的siRNA，開發的siRNA能夠有效抑制SARS?CoV?2對Vero細胞的感染，提高受病毒感染的Vero細胞的存活率，并在細胞系中基本清除SARS?CoV?2 RNA，可以作為潛在的RNA藥物用于COVID?19的臨床治療。

技術領域

本發明屬于生物醫藥技術領域，具體涉及一種高效切割SARS-CoV-2基因組的siRNA及其應用。

背景技術

SARS-CoV-2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)是一種新發現的正鏈RNA病毒，隸屬于冠狀病毒科的β冠狀病毒屬。SARS-CoV-2病毒侵染人體后可引起呼吸道、消化道和神經系統疾病，嚴重情況下甚至會導致死亡。SARS-CoV-2病毒具有傳播性且主要以人傳人的方式傳播。

siRNA以及RNA干擾是抑制病毒感染的一項重要技術，已在抑制HIV、HBV、HCV等病毒感染的相關研究中取得了重要進展。但是迄今，尚無基于SARS-CoV-2病毒基因組RNA結構設計高效siRNA以實現SARS-CoV-2病毒在細胞內清除的相關報道。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種高效切割SARS-CoV-2基因組的siRNA及其應用，開發的siRNA能夠有效抑制SARS-CoV-2對細胞的感染，提高受病毒感染細胞的存活率，并在細胞系中基本清除SARS-CoV-2RNA，可以作為潛在的RNA藥物用于COVID-19的臨床治療。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了一種捕獲SARS-CoV-2病毒顆粒的磁珠，所述磁珠包被伴刀豆球蛋白A。

本發明提供了上述磁珠在捕獲SARS-CoV-2病毒顆粒中的應用。

本發明還提供了基于上述方法得到的SARS-CoV-2的原位結構所設計的靶向切割SARS-CoV-2基因組的siRNA，其特征在于，通過vRIC-seq解析所述SARS-CoV-2的RNA高級結構，選擇位于單鏈區的RNA作為靶標，設計所述siRNA。

優選的，所述siRNA的正義鏈核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.120所示，反義鏈序列如SEQ ID NO.121～SEQ ID NO.240所示。其中N代表A、G、C、T或U中的一種，除NN之外的核苷酸為siRNA主干序列。本發明實施例中，上述序列3’端“NN”為“TT”。

本發明還提供了基于上述siRNA所設計的與所述siRNA序列對應的小發夾RNA、引導RNA、反義寡核苷酸和鎖核苷酸。

優選的，所述反義寡核苷酸的核苷酸序列為SEQ ID NO.121～SEQ ID NO.240所示序列中除3’端“NN”外的主干序列。

本發明還提供了一種抑制SARS-CoV-2感染的試劑，所述試劑包括上述siRNA或上述小發夾RNA、引導RNA、反義寡核苷酸和鎖核苷酸。

優選的，所述抑制包括抑制SARS-CoV-2的拷貝和抑制所述SARS-CoV-2在細胞內的病毒豐度。

本發明還提供了上述siRNA或上述小發夾RNA、引導RNA、反義寡核苷酸和鎖核苷酸或上述試劑在制備治療SARS-CoV-2引發新型冠狀病毒肺炎的藥物中的應用。

本發明還提供了一種治療SARS-CoV-2引發新型冠狀病毒肺炎的藥物，所述藥物的有效成分包括上述siRNA或上述小發夾RNA、引導RNA、反義寡核苷酸和鎖核苷酸或上述試劑。