[發明專利]一種DNA同源重組異常的檢測方法及其應用

有效

• 申請號: 202011504812.1
• 申請日: 2020-12-18
• 公開（公告）號: CN112226495B
• 公開（公告）日: 2021-03-16
• 發明（設計）人: 伍建;姬曉雯;王海麗;劉娜;韓路;任麗娜
• 申請（專利權）人: 北京邁基諾基因科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;G16B20/20;G16B25/20
• 代理公司: 重慶博瑞泰知識產權代理有限公司 50256
• 代理人: 吳靜

1.一種DNA同源重組異常的非診斷檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：

（1）SNP位點篩選；

（2）為篩選到的SNP位點設計捕獲探針；

（3）基因組DNA提取和文庫構建；

（4）文庫靶向富集；

（5）高通量測序并分析測序數據；

其中步驟（5）包括數據質控、數據比對和點突變識別；

點突變識別包括（a）利用已有的SNP數據庫，建立相關性模型，產生重校準表，輸入已知的多態性位點數據庫，屏蔽不需要重校準的部分；（b）使用模型對原始堿基進行調整，僅調整非已知SNP區域；(c)功能識別SNP和InDel；（d）以Kolmogorov-Smirnov檢驗檢測樣本與對照樣本位點突變頻率分布差異來評估HRD狀態；

其中步驟（1）中的SNP位點篩選包括從一個或多個人群中基因組數據庫中按照以下規則篩選SNP：

A．剔除Y染色體和線粒體SNP，過濾次等位基因頻率（MAF）小于5%的SNP；

B. 過濾顯著偏離Hardy-Weinberg equilibrium的SNP；

C. 過濾Insertion和Deletion；

D. 篩選位點上下游75bp范圍內不包含重復區域的SNP；

E. 篩選位點上下游75bp范圍內序列與人類基因組其它區域無同源性的SNP；

F. 間隔30KB，在間隔點2KB范圍內篩選GC含量最接近0.5的SNP；

其中步驟（2）中的SNP位點設計捕獲探針包括：從SNP位置前后延伸75bp，提取每個位點的參考序列，去掉重復區域的序列，其中重復序列采用RepeatMask軟件分析得到；從第一個堿基開始截取78bp的序列做探針，再一次往后移動 n 個堿基，截取78bp的序列做探針，直到最后一個78bp；每個區域根據外顯子的GC含量不同變化n。

2.根據權利要求1所述的檢測方法，其中評估HRD狀態使用scarHRD的R包。