[發(fā)明專利]病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)及實(shí)現(xiàn)方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011496928.5
• 申請(qǐng)日: 2020-12-17
• 公開（公告）號(hào): CN112489753A
• 公開（公告）日: 2021-03-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 覃俊杰;徐軍明
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳譜元科技有限公司
• 主分類號(hào): G16H15/00
• 分類號(hào): G16H15/00;G16B20/00
• 代理公司: 深圳市科冠知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44355
• 代理人: 王海駿

1.一種病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)，應(yīng)用于服務(wù)器，其特征在于，包括，微生物序列參考庫模塊、分析流程模塊和交互式Web應(yīng)用模塊；

所述微生物序列參考庫模塊，用于通過屏蔽處理已測(cè)序微生物基因組序列的污染區(qū)域，構(gòu)建臨床關(guān)注病原菌參考庫和已測(cè)序基因組參考庫，所述臨床關(guān)注病原菌參考庫和已測(cè)序基因組參考庫用于樣品測(cè)序比對(duì)分析；

所述分析流程模塊，用于對(duì)待檢樣品測(cè)序后的reads采用精確比對(duì)到病原菌參考庫和快速比對(duì)到測(cè)序基因參考庫，并輸出分析結(jié)果至交互式Web應(yīng)用模塊；

所述交互式Web應(yīng)用模塊，用于采用智能算法計(jì)算分析結(jié)果獲取檢出物種的排序值，通過人工審核在Web應(yīng)用系統(tǒng)上發(fā)布疑似病原菌并生成檢測(cè)報(bào)告，提供報(bào)告下載或通過API接口發(fā)送報(bào)告數(shù)據(jù)給第三方系統(tǒng)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)，其特征在于，所述通過屏蔽處理已測(cè)序微生物基因組序列的污染區(qū)域，包括，通過自研序列分析處理軟件，對(duì)極易導(dǎo)致假陽性檢出的序列做控制過濾，所述序列包括RefSeq數(shù)據(jù)庫、EuPathDB數(shù)據(jù)庫、NT數(shù)據(jù)庫和自有測(cè)序的序列數(shù)據(jù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)，其特征在于，所述分析流程模塊包括測(cè)序數(shù)據(jù)樣品拆分模塊、數(shù)據(jù)質(zhì)控處理模塊、級(jí)聯(lián)比對(duì)分析模塊、質(zhì)控樣品背景過濾模塊和API對(duì)接傳輸數(shù)據(jù)模塊；

所述數(shù)據(jù)樣品拆分模塊，用于自動(dòng)掃描服務(wù)器指定目錄下記錄有下機(jī)序列數(shù)據(jù)的Excel文檔并啟動(dòng)分析；

所述數(shù)據(jù)質(zhì)控處理模塊，用于對(duì)測(cè)序質(zhì)量低序列、低復(fù)雜序列、引物或接頭污染序列進(jìn)行去除操作；

所述級(jí)聯(lián)比對(duì)分析模塊，用于將質(zhì)控處理后的序列進(jìn)行大規(guī)模快速比對(duì)，自動(dòng)篩選出值得關(guān)注的微生物進(jìn)行精細(xì)比對(duì)，獲取特征序列數(shù)、覆蓋度和置信度指標(biāo)；

所述質(zhì)控樣品背景過濾模塊，用于將精細(xì)比對(duì)結(jié)果同時(shí)在物種和序列片段兩個(gè)層次進(jìn)行判定分析，進(jìn)行再次矯正；

所述API對(duì)接傳輸數(shù)據(jù)模塊，用于將快速比對(duì)、精細(xì)比對(duì)的結(jié)果傳輸至交互式Web應(yīng)用數(shù)據(jù)庫。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)，其特征在于，所述交互式Web應(yīng)用模塊包括微生物百科知識(shí)維護(hù)管理模塊、樣品報(bào)告管理模塊和第三方API對(duì)接模塊；

所述微生物百科知識(shí)維護(hù)管理模塊，用于預(yù)置值得關(guān)注的臨床病原微生物數(shù)據(jù)并支持用戶后期自行維護(hù)更新；

所述樣品報(bào)告管理模塊，用于可視化地展示分析流程傳輸?shù)慕Y(jié)果數(shù)據(jù)、系統(tǒng)綜合微生物百科配置的閾值、各樣品檢出物種列表及相應(yīng)的質(zhì)控樣品檢出情況的智能化排序列表；通過人工操作各種過濾器，或者調(diào)整微生物百科的配置，選擇可信的病原微生物進(jìn)行發(fā)布并生成檢測(cè)報(bào)告；

所述第三方API對(duì)接模塊，用于銜接HIS第三方系統(tǒng)，完成臨床信息數(shù)據(jù)和報(bào)告結(jié)果數(shù)據(jù)的交換。

5.一種病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)的實(shí)現(xiàn)方法，應(yīng)用于病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)，其特征在于，所述方法包括如下步驟：

對(duì)已測(cè)序微生物基因組序列的污染區(qū)域做屏蔽處理，構(gòu)建用于樣品測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)的臨床關(guān)注病原菌參考庫和已測(cè)序基因組參考庫；

待檢樣品測(cè)序后reads采用精確比對(duì)到病原菌參考庫和快速比對(duì)到測(cè)序基因參考庫；

分析結(jié)果發(fā)送至交互式Web應(yīng)用系統(tǒng)，經(jīng)內(nèi)置智能排序算法計(jì)算檢出物種的排序值，再經(jīng)人工審核；

在Web應(yīng)用系統(tǒng)上發(fā)布疑似病原菌并生成檢測(cè)報(bào)告，提供報(bào)告下載或通過API接口發(fā)送報(bào)告數(shù)據(jù)給第三方系統(tǒng)。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的病原微生物檢測(cè)本地化分析與交互式報(bào)告系統(tǒng)的實(shí)現(xiàn)方法，其特征在于，所述對(duì)已測(cè)序微生物基因組序列的污染區(qū)域做屏蔽處理，包括，通過自研序列分析處理軟件，對(duì)極易導(dǎo)致假陽性檢出的序列做控制過濾，所述序列包括RefSeq數(shù)據(jù)庫、EuPathDB數(shù)據(jù)庫、NT數(shù)據(jù)庫和自有測(cè)序的序列數(shù)據(jù)。