[發明專利]基于ATAC測序數據篩選子宮內膜癌關鍵基因的方法及應用

在審

• 申請號: 202011452042.0
• 申請日: 2020-12-10
• 公開（公告）號: CN112562785A
• 公開（公告）日: 2021-03-26
• 發明（設計）人: 盧美松;陳河兵;湯小晗;王軍婷;李昊;陶歡;伯曉晨
• 申請（專利權）人: 哈爾濱醫科大學附屬第一醫院;中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/30;G16B30/20;G16B35/20;G16B50/00
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 張金銘

1.基于ATAC測序數據篩選子宮內膜癌關鍵基因的方法，其特征在于，所述方法包括，首先選取兩個以上的指標將ATAC測序所得的峰位進行排序；然后將不同指標的峰位排序結果按照峰位數量均分成組，選擇至少一組作為疑似包含腫瘤關鍵基因的初篩峰位分組；再篩選出不同指標得到的初篩峰位分組中共同含有的峰位構成次篩峰位分組；最后根據子宮內膜癌的基因表達值，對得到的次篩峰位分組中各峰位對應的基因進行最終篩選，得到腫瘤關鍵基因。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述指標包括轉錄因子數目、染色質開放信號強度、peaks的大小或peak在基因組上的位置中的兩種以上組合；

優選地，所述指標為轉錄因子數目和染色質開放信號強度。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述轉錄因子數目的獲取方法包括轉錄因子結合位點的識別方法；

優選地，所述轉錄因子結合位點的識別方法包括通過處理TFBS數據庫的轉錄因子數據得到對應的轉錄因子基序，再通過iForm識別ATAC-seq開放染色質區域的轉錄因子結合位點；

優選地，所述TFBS數據庫包括TRANSFAC、JASPAR或UniPROBE數據庫中的一種或兩種以上組合；

進一步優選地，所述TFBS數據庫為TRANSFAC數據庫；

進一步優選地，所述TFBS數據庫為TRANSFAC、JASPAR和UniPROBE數據庫。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，均分成組的組別數量至少為十組。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述子宮內膜癌的基因表達值包括子宮內膜癌的基因表達量和/或子宮內膜癌的基因差異表達量。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述子宮內膜癌的基因表達量數據來自于TCGA數據庫；

優選地，通過TCGA數據庫檢索時，選取FPKM＞10的基因。

7.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述子宮內膜癌的基因差異表達量包括log₂FC，選擇log₂FC≥2的基因作為子宮內膜癌的關鍵基因；

優選地，所述的子宮內膜癌的基因差異表達量來自于檢索GEPIA數據庫，所述檢索GEPIA數據庫的過程中，設定log₂FCcutoff≥2；

進一步優選地，檢索GEPIA數據庫過程中，設定log₂FC cutoff＝3。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括得到子宮內膜癌關鍵基因的驗證步驟。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，所述驗證步驟包括生存分析和/或文獻對比。

10.權利要求1～9任一項所述的方法在制備篩選子宮內膜癌關鍵基因產品中的應用。