[發明專利]基于樸素貝葉斯模型的大腸桿菌利福平抗性突變預測方法

有效

• 申請號: 202011427488.8
• 申請日: 2020-12-09
• 公開（公告）號: CN112749833B
• 公開（公告）日: 2022-12-13
• 發明（設計）人: 王大力;寧清;吳凡;游靜
• 申請（專利權）人: 暨南大學
• 主分類號: G06Q10/04
• 分類號: G06Q10/04;G16B20/50;G06Q10/10
• 代理公司: 廣州市華學知識產權代理有限公司 44245
• 代理人: 郭煒綿;鄭浦娟

1.一種基于樸素貝葉斯模型的大腸桿菌利福平抗性突變預測方法，其特征在于包括以下步驟：

(1)收集現有報道中導致利福平抗性陽性突變的大腸桿菌RNA聚合酶β亞基中氨基酸突變位點和突變情況，作為陽性突變體；并確認大腸桿菌RpoB中利福平抗性區間；

(2)搜集現有報道中細菌的RNA聚合酶β亞基序列，將其與大腸桿菌的RNA聚合酶β亞基做比對，得到氨基酸突變位點和突變情況，剔除與步驟(1)陽性突變重疊的部分，余下的突變作為陰性突變體；

(3)預測所得陽性突變體和陰性突變體的蛋白性質參數數據集；所述蛋白性質參數包括展開自由能、位置特異性以及蛋白中的芳香族殘基比例；

(4)利用得到的蛋白性質參數數據集訓練樸素貝葉斯模型，得到適合于預測蛋白性質參數對應的突變表型的樸素貝葉斯模型；利用上述模型對大腸桿菌RpoB中利福平抗性區間內每個位置的氨基酸突變后的突變表型進行預測。

2.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(1)所述陽性突變體的突變情況如表1所示：

表1

3.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(1)所述大腸桿菌RpoB中利福平抗性區間如表2所示：

表2

4.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(2)是在NCBI中搜集堿基長度1000-1400bp的細菌RNA聚合酶β亞基序列。

5.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(2)所述陰性突變體的突變情況如表3所示：

表3

6.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(3)所述預測所得陽性突變體和陰性突變體的蛋白性質參數，是利用PremPS Server在線網站預測。

7.根據權利要求1所述的預測方法，其特征在于：步驟(4)所述利用模型對突變表型進行預測，是將大腸桿菌RpoB中利福平抗性區間內的氨基酸突變成另外19種氨基酸，在PremPS Server上預測突變體的蛋白性質參數，然后利用樸素貝葉斯模型預測突變表型。