[發(fā)明專利]一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011419113.7
• 申請(qǐng)日: 2020-12-07
• 公開（公告）號(hào): CN112301136B
• 公開（公告）日: 2021-07-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李偉;朱新平;雷駱;陳海港
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6879;C12N15/11
• 代理公司: 北京金智普華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11401
• 代理人: 楊采良

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。斑鰶，廣泛分布于我國(guó)沿海，以及韓國(guó)、日本沿海。花鰶，主要分布于我國(guó)東海，南海以及韓國(guó)沿海。兩種魚類分布區(qū)重疊，外形非常相似，均為我國(guó)近海經(jīng)濟(jì)魚類，且難以從外形快速辨別。本申請(qǐng)通過(guò)對(duì)mtDNA中COⅠ基因特異性位點(diǎn)比對(duì)和分析，設(shè)計(jì)并篩選出一對(duì)特異性引物(HB3)。特異性引物HB3可在花鰶中擴(kuò)增獲得537bp的單一產(chǎn)物，而在斑鰶中無(wú)產(chǎn)物。通過(guò)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的有無(wú)，可以區(qū)分兩個(gè)物種，并在隨機(jī)選擇的30個(gè)樣本中得到驗(yàn)證。本研究提供了一種可以快速且不需要測(cè)序的方法來(lái)鑒別花鰶和斑鰶。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

斑鰶，隸屬鯡形目、鯡科、鰶亞科，斑鰶屬，廣泛分布于我國(guó)沿海，以及韓國(guó)、日本沿海。花鰶，隸屬鯡形目、鯡科、鰶亞科，花鰶屬，主要分布于我國(guó)東海，南海和韓國(guó)沿海。斑鰶和花鰶均為我國(guó)近海經(jīng)濟(jì)魚類。兩種魚類分布區(qū)重疊，外形非常相似，且難以從外形快速辨別(特別是長(zhǎng)時(shí)間上水后)。目前，還沒(méi)有關(guān)于使用分子標(biāo)記區(qū)分兩種魚的研究報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題，本發(fā)明提供了一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記及其應(yīng)用，目的在于解決現(xiàn)有技術(shù)中的一部分問(wèn)題或至少緩解現(xiàn)有技術(shù)中的一部分問(wèn)題。

本發(fā)明是這樣實(shí)現(xiàn)的，一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記的引物序列為F:5-TAGTATTCGGTGCCTGAGCAG-3’，SEQ ID NO.1；R:5’-CGGTCTGTAAGGAGCATTGTGA-3’，SEQ ID NO.2。

如上述的一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記在花鰶和斑鰶的鑒別中的應(yīng)用。

進(jìn)一步地，鑒別方法包括提取樣本魚的DNA，利用權(quán)利要求1中所述的分子標(biāo)記對(duì)樣本DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，在537bp處有特異性條帶的樣品為花鰶，無(wú)條帶的樣品為斑鰶。

進(jìn)一步地，PCR擴(kuò)增時(shí)，反應(yīng)體系為25μL，包括：dNTP(2.5mM)2μL，模板DNA 1μL，上、下游引物(10μmol)各0.5μL，Taq聚合酶0.5μL，10×Buffer 2.5μL，加水至25μL。

進(jìn)一步地，PCR擴(kuò)增時(shí)，PCR反應(yīng)反應(yīng)條件為：94℃變性2min，60℃退火30s，72℃延伸2min，35個(gè)循環(huán)，72℃延伸10min。

如上述的一種基于線粒體COI基因鑒別花鰶和斑鰶的分子標(biāo)記在制備用于鑒定花鰶和斑鰶的試劑盒中的應(yīng)用。

本發(fā)明還披露了一種用于鑒定花鰶和斑鰶的試劑盒，所述試劑盒包括引物序列F:5-TAGTATTCGGTGCCTGAGCAG-3’，SEQ ID NO.1；R:5’-CGGTCTGTAAGGAGCATTGTGA-3’，SEQ IDNO.2。

綜上所述，本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)及積極效果為：

本申請(qǐng)研發(fā)了一種分子鑒定技術(shù)。從NCBI上獲得花鰶和斑鰶的線粒體全序列，通過(guò)對(duì)mtDNA中COⅠ基因特異性位點(diǎn)比對(duì)和分析，設(shè)計(jì)并篩選出一對(duì)特異性引物(HB3)。特異性引物HB3可在花鰶中擴(kuò)增獲得537bp的單一產(chǎn)物，而在斑鰶中無(wú)產(chǎn)物。通過(guò)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的有無(wú)，可以區(qū)分兩個(gè)物種，并在隨機(jī)選擇的30個(gè)樣本中得到驗(yàn)證。本研究提供了一種可以快速且不需要測(cè)序的方法來(lái)鑒別花鰶和斑鰶。

附圖說(shuō)明

圖1是回收引物HB3擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序與花鰶COⅠblast比對(duì)；

圖2是特異性引物在群體中驗(yàn)證的電泳圖。

具體實(shí)施方式