[發明專利]一種宏蛋白質組挖掘方法及其在獲取腸道微生物蛋白水解特征中的應用

在審

• 申請號: 202011415023.0
• 申請日: 2020-12-07
• 公開（公告）號: CN112786105A
• 公開（公告）日: 2021-05-11
• 發明（設計）人: 嚴志祥;單鴻;賀飛翔;張婷;薛可文
• 申請（專利權）人: 中山大學附屬第五醫院;南方海洋科學與工程廣東省實驗室（珠海）
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B50/00
• 代理公司: 廣州正明知識產權代理事務所(普通合伙) 44572
• 代理人: 張麗

1.一種確定蛋白質水解程度的方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1、獲取樣品的(宏)蛋白質組數據或公共數據庫中發表的(宏)蛋白質組數據；

S2、利用大的宏蛋白數據庫以及PEAKSDB軟件執行第一次搜索，得到至少一個肽被鑒定出來的蛋白質；

S3、利用PEAKSDB軟件、MaxQuant軟件和pFind軟件將組學數據與S2得到的蛋白質序列進行搜庫鑒定，保留同時被PEAKSDB、MaxQuant和pFind三種軟件同時鑒定的肽；

S4、區分出S3得到的肽中半胰蛋白酶多肽和完全胰蛋白酶多肽；

S5、以半胰蛋白酶多肽歸一化后的相對豐度來確定蛋白質水解程度，其中，半胰蛋白酶多肽歸一化的相對豐度是通過將半胰蛋白酶多肽的相對豐度歸一化到完全胰蛋白酶多肽的相對豐度得到。

2.根據權利要求1所述的確定蛋白質水解程度的方法，其特征在于，S4中，半胰蛋白酶多肽的鑒定原則是：鑒定的肽段若前一位氨基酸不是R或K(不包括蛋白質N端肽段)則是半胰蛋白酶N末端肽，鑒定的肽段若最后一位氨基酸不是R或K(不包括蛋白質C端肽段)則是半胰蛋白酶C末端肽。

3.根據權利要求1所述的確定蛋白質水解程度的方法，其特征在于，PEAKSDB數據庫執行搜索的參數為：母離子的質量偏差為10ppm，碎片離子的質量偏差為0.02Da；半胱氨酸的氨基甲基化被設定為固定修飾；每個肽的最大可變翻譯后修飾為3個，包括蛋白質N末端的乙酰化、甲硫氨酸的氧化、天冬酰胺和谷氨酰胺的脫酰胺化以及谷氨酰胺轉化為焦谷氨酸；酶為胰蛋白酶，酶切方式為半特異性，未被酶切位點最多為3個；假陽性率設為1％。

4.根據權利要求1所述的確定蛋白質水解程度的方法，其特征在于，MaxQuant執行搜索的參數為：初次搜索質量偏差為20ppm，主要搜索質量偏差為4.5ppm；酶為胰蛋白酶，酶切方式為半特異性，未被酶切位點最多為2個；半胱氨酸的氨基甲基化被設定為固定修飾；每個肽的最大可變翻譯后修飾數為5個，包括蛋白質N末端的乙酰化、甲硫氨酸的氧化、天冬酰胺和谷氨酰胺的脫酰胺化以及谷氨酰胺轉化為焦谷氨酸；假陽性率設為1％，保留后驗錯誤概率小于5％的肽段用于后續分析。

5.根據權利要求1所述的確定蛋白質水解程度的方法，其特征在于，pFind執行搜索的參數為：母離子的質量偏差為10ppm，碎片離子的質量偏差為20ppm，搜庫模式為開放式搜庫，酶為胰蛋白酶，酶切方式為半特異性，未被酶切位點最多為3個；FDR設為1％。

6.權利要求1至5任一項所述方法的應用。

7.根據權利要求6所述的應用，其特征在于，所述方法用于捕獲腸道微生物蛋白質水解的特征信息。

8.根據權利要求6所述的應用，其特征在于，所述方法用于研究腸道微生物和宿主相互作用。

9.根據權利要求6所述的應用，其特征在于，所述方法用于研究與細菌蛋白酶有關的疾病。

10.根據權利要求9所述的應用，其特征在于，所述疾病包括但不限于細菌感染、炎癥性腸病。