[發明專利]一種判斷胎兒基因型的方法及其裝置

有效

• 申請號: 202011409598.1
• 申請日: 2020-12-03
• 公開（公告）號: CN112626187B
• 公開（公告）日: 2022-08-16
• 發明（設計）人: 張靜波;徐冰;單光宇;伍啟熹;王建偉;劉倩;唐宇
• 申請（專利權）人: 北京優迅醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6888;G16B20/20;G16B20/50;G16B40/00
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 商秀玲

1.一種非疾病診斷目的的判斷胎兒基因型的方法，其特征在于，所述方法包括：

利用已知父親、母親和胎兒基因型的樣本構建訓練集，通過訓練確定|D-0.5FF|的變化閾值x，其中，D為母親血漿游離DNA的突變型等位基因頻率VAFp與白細胞基因組DNA的突變型等位基因頻率VAFw的差值的絕對值，FF為胎兒濃度；

將待測胎兒的|D-0.5FF|與變化閾值x進行比較，根據比較結果以及待測胎兒父親和母親的基因型判斷待測胎兒基因型；

其中，所述胎兒濃度為母親外周血中游離胎兒DNA濃度；

所述變化閾值x的確定方法包括對訓練集中的每個樣本進行如下判斷，確定變化閾值x：

若父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為Aa，則|D-0.5FF|≥x且D＜0.5FF-x，或者|D-0.5FF|≥x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw；

若父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為AA，則|D-0.5FF|＜x且0.5FF - x VAFw-VAFp 0.5FF + x，或者D≥0.5FF+x且VAFpVAFw；

若父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為aa，則|D-0.5FF|＜x且0.5FF - x VAFp–VAFw 0.5FF + x；

若父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，胎兒的基因型為Aa，則|D-0.5FF|≤x且0.5FF - x VAFp- VAFw 0.5FF + x，或者|D-0.5FF|＞x且D 0.5FF-x，或者|D-0.5FF|＞x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw；

若父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，胎兒的基因型為AA，則|D-0.5FF|≤x且0.5FF - x VAFw-VAFp 0.5FF + x，或者|D-0.5FF|＞x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw；

將x從0開始以0.005為步長遍歷，使得能夠將訓練集中最多樣本胎兒基因型與實際情況相符為止，此時的x值為最佳x值，以最佳x值作為變化閾值x；

所述將待測胎兒的|D-0.5FF|與變化閾值x進行比較，根據比較結果以及待測胎兒父親和母親的基因型判斷待測胎兒基因型為：

若待測胎兒父親和母親的基因型均為Aa，|D-0.5FF|≥x且D＜0.5FF-x，或者|D-0.5FF|≥x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw，則判斷胎兒基因型為Aa；

若待測胎兒父親和母親的基因型均為Aa，|D-0.5FF|＜x且0.5FF - x VAFw-VAFp0.5FF + x，或者|D-0.5FF|≥x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw，則判斷胎兒的基因型為AA；

若待測胎兒父親和母親的基因型均為Aa，|D-0.5FF|＜x且0.5FF - x VAFp–VAFw0.5FF + x，則判斷胎兒的基因型為aa；

若待測胎兒父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，|D-0.5FF|≤x且0.5FF - x VAFp- VAFw 0.5FF + x，或者|D-0.5FF|＞x且D 0.5FF-x，或者|D-0.5FF|＞x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw，則判斷胎兒的基因型為Aa；

若待測胎兒父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，|D-0.5FF|≤x且0.5FF - x VAFw-VAFp 0.5FF + x，或者|D-0.5FF|＞x 且D0.5FF+x、VAFpVAFw，則胎兒的基因型為AA；

若待測胎兒父親的基因型為Aa，母親的基因型為AA，VAF_P 0.5%，則胎兒基因型為Aa；

若待測胎兒父親的基因型為Aa，母親的基因型為AA，VAF_P≤0.5%，則胎兒基因型為AA；

所述訓練集的樣本數量≥30個，其中，以下（1）~（5）類型的樣本的數量均勻分布：

（1）父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為Aa；

（2）父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為AA；

（3）父親和母親的基因型均為Aa，胎兒的基因型為aa；

（4）父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，胎兒的基因型為Aa；

（5）父親的基因型為AA，母親的基因型為Aa，胎兒的基因型為AA。