[發明專利]基于飛行時間質譜的多倍體檢測方法及系統

有效

• 申請號: 202011374801.6
• 申請日: 2020-11-30
• 公開（公告）號: CN112458155B
• 公開（公告）日: 2022-09-23
• 發明（設計）人: 蔣馥蔓
• 申請（專利權）人: 華南理工大學;深圳精科基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;G16B20/30
• 代理公司: 廣州市諾豐知識產權代理事務所(普通合伙) 44714
• 代理人: 許飛

1.一種多倍體的檢測系統，包括：

基因擴增裝置：用于擴增染色體上最小等位基因頻率MAF為0.3～0.7的SNP位點上下游序列的保守區，所述保守區位于所述SNP位點上下游各200 bp內，選取的SNP的個數不低于24個；

飛行時間質譜檢測裝置：對擴增產物進行處理并進行飛行時間質譜檢測，確定SNP位點的對應峰高值，每個SNP位點都有對應的4個堿基峰高值；

數據分析裝置：

確定樣本基因組雜合位點總數N：雜合位點的選出標準為4個堿基峰高值中有2個峰高值高于1，而另外2個堿基峰高的值小于1且接近0，N不低于5；

對樣本所選出的每個雜合位點，計算每個雜合位點最大堿基峰高值與次大堿基峰高值的比率值，統計樣本中雜合位點比率值大于1.5的個數n；

計算樣本的Ratio值，Ratio值=n/N，根據Ratio值確定樣本的多倍體風險，其中：

Ratio值≥0.8，判定為三倍體高風險；

Ratio值為0.4～0.6時，判定為四倍體高風險；

Ratio值≤0.3時，判定為二倍體；

0.3＜Ratio值＜0.4，或0.6＜Ratio值＜0.8，判定為三倍體/四倍體嵌合體；

結果輸出裝置：用于輸出所述數據分析裝置得到的結果。

2.根據權利要求1所述的系統，其特征在于：最小等位基因頻率MAF為0.4～0.6。

3.根據權利要求1所述的系統，其特征在于：所述SNP位點包括rs9934438、rs1042713、rs9934438、rs11881222、rs1801280、rs72554664、rs776746、rs1065852、rs4244285、rs1799930、rs16947、rs12979860、rs9923231、rs1799931、rs8099917、rs1041983、rs20417、rs1135840、rs4149056、rs1057910、rs1208。

4.根據權利要求1所述的系統，其特征在于：所述基因擴增裝置的擴增反應體系配比如下：

每個SNP位點的正反向引物取0.5μM 配置多重PCR引物混合物，

。

5.根據權利要求1或4所述的系統，其特征在于：所述基因擴增裝置的擴增反應條件如下：

。

6.根據權利要求1所述的系統，其特征在于：進行飛行時間質譜檢測前，對擴增產物進行SAP反應和脫鹽處理。

7.根據權利要求6所述的系統，其特征在于：所述SAP反應條件包括：

SAP反應體系配比：

SAP反應程序：

延伸反應體系：

延伸反應程序：

。