[發明專利]針對靶向藥物達拉菲尼、派姆單抗、威羅菲尼、司美替尼的多肽疫苗組合及其設計方法

在審

• 申請號: 202011328452.4
• 申請日: 2019-01-29
• 公開（公告）號: CN112767998A
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發明（設計）人: 莫凡;馬治明;林志偉;韓寧;陳榮昌;周秀卿
• 申請（專利權）人: 杭州紐安津生物科技有限公司
• 主分類號: G16B15/30
• 分類號: G16B15/30;G16B20/30;G16B20/50;G16C20/50;G16C20/70
• 代理公司: 杭州裕陽聯合專利代理有限公司 33289
• 代理人: 田金霞

1.針對靶向藥物達拉菲尼、派姆單抗、威羅菲尼、司美替尼的多肽疫苗組合，其特征在于，達拉菲尼的多肽疫苗組合針對如下突變：MAP2K1-P124S，MAP2K2-Q60P，NRAS-G12D，NRAS-Q61R；

MAP2K1-P124S的序列為：LQVLHECNSSYIVGFYGAFYKK；

MAP2K2-Q60P的序列為：KKRLEAFLTPKAKVGELK；

NRAS-G12D的序列為：YKLVVVGADGVGKSAL；

NRAS-Q61R的序列為：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

派姆單抗的多肽疫苗針對如下突變：NRAS-Q61R；

NRAS-Q61R的序列為：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

威羅菲尼的多肽疫苗組合針對如下突變：MAP2K1-G128V，MAP2K1-P124L，MAP2K1-Q56P，NRAS-Q61R；

MAP2K1-G128V的序列為：LHECNSPYIVVFYGAFYSDGEKK；

MAP2K1-P124L的序列為：ELQVLHECNSLYIVGFYGAFYKKK；

MAP2K1-Q56P的序列為：RKRLEAFLTPKQKVGELK；

NRAS-Q61R的序列為：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

司美替尼的多肽疫苗針對如下突變：MAP2K1-P124L；

MAP2K1-P124L的序列為：ELQVLHECNSLYIVGFYGAFYKKK。

2.針對靶向藥物達拉菲尼、派姆單抗、威羅菲尼、司美替尼的多肽疫苗組合的設計方法，其特征在于，包括如下步驟：

尋找靶向藥物耐藥突變數據的數據；

截取耐藥突變多肽序列及預測MHC分子親和力及免疫原性：

對于點突變截取覆蓋突變位點上下游16個氨基酸的多肽序列，對于移碼突變截取向前延伸16個長度的氨基酸、向后延伸直到終止密碼子的多肽序列作為耐藥突變位點的突變型多肽，同時截取相應位置對應的野生型多肽序列，

用至少一個數據庫作為來源統計高頻HLA分型及頻率，將統計出的HLA合并去重之后作為用于預測的候選HLA分型，

使用多款軟件分析這些突變位點對應的多肽與HLA分子結合親和力，綜合多款軟件將親和力分為三類：強親和力-SB、弱親和力-WB和無親和力，并與相對野生型多肽比較確定其親和力變化，

A類變化為由無親和力變為有強親和力，

B類變化為由無親和力變為弱親和力，

C類變化為由弱親和力變為強親和力，

D類變化為無變化，

內部排序認為A類優于B類優于C類優于D類，

使用免疫原性預測工具預測其免疫原性，保留突變型多肽親和力強、親和力變化大并且免疫原性強的表位；

靶向藥物與耐藥位點相互關系及藥物聚類：

對耐藥位點親和力打分：

綜合考慮位點有親和力的表位個數及各表位親和力變化大小，對A、B、C、D四類不同親和力變化給予相對應的權重，根據每個表位對應的HLA頻率大小給予權重,將位點的各表位累加求和；

AC：親和力變化大小，A、B、C、D四類不同親和力變化給予不同的權重；

F_hla：對應的HLA頻率；

n：位點的各表位個數；

綜合分析靶向藥物和耐藥位點間相互關系結合靶向藥物作用機制對靶向藥物聚類從而將其分為7類：

第一類針對SMO突變產生耐藥的Hedgehog信號通路拮抗劑維莫德吉，

第二類針對BTK突變產生耐藥的依魯替尼，

第三類針對AR耐藥突變的一些抗雄激素類藥物如阿比特龍等，

第四類針對BRAF耐藥突變的一些菲尼類藥物，

第五類針對ALK、MET等融合基因的一些絡氨酸激酶抑制劑，

第六類針對EGFR通路的絡氨酸激酶抑制劑，

第七類針對PI3K/AKT/mTOR通路的依維莫司等激酶抑制劑；

設計相對應的疫苗多肽序列。