[發明專利]一種與黃瓜多表皮毛性狀相關的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202011301724.1
• 申請日: 2020-11-19
• 公開（公告）號: CN112322769B
• 公開（公告）日: 2022-02-18
• 發明（設計）人: 婁群峰;楊志歌;宋蒙飛;陳勁楓
• 申請（專利權）人: 南京農業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 南京華恒專利代理事務所(普通合伙) 32335
• 代理人: 宋方園

本發明公開了一種與黃瓜多表皮毛性狀相關的SNP分子標記及其應用，所述SNP分子標記是以‘Chinese Long v2’黃瓜基因組數據庫中的Chr6:27397366位點前后各400bp的DNA序列為模板設計引物，擴增得出的基因組序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端起，在該序列的第401位存在A/C多態性，即SNP位點。本發明分子標記與黃瓜多表皮毛基因緊密連鎖，可靠且檢測快捷，可用于黃瓜多表皮毛相關性狀的定向遺傳育種。對于加快黃瓜品種的遺傳改良進程，提高育種選擇效率具有重要的理論和實踐指導意義。

技術領域

本發明涉及一種與黃瓜多表皮毛性狀相關的SNP分子標記及其應用，屬于黃瓜分子遺傳育種領域。

背景技術

表皮毛(Trichomes)由表皮細胞發育而來的。它分為單細胞或多細胞，有的有分支有的不分支。在表皮毛中有的有腺體，可以分泌一些脂類物質或次生代謝物，有的無腺體，相同的植物上能產生不同類型的表皮毛。植物表皮毛具有一系列功能：無腺體的表皮毛具有散熱、增加對冷害的忍受力、方便種子傳播、水分的吸收、保護紫外和一些食草昆蟲對植物組織損傷的作用；有腺體的表皮毛可通過分泌化學物質來幫助植物抵抗食草昆蟲和病原菌，同時也具有吸引動物或堆積鹽分的作用。一些無腺體的表皮毛，比如棉纖維是來自棉花種子單細胞表皮毛，對于紡織工業是十分重要的。

模式植物擬南芥的表皮毛由于其具有簡單的結構和易觀察的優點已經成為研究表皮毛細胞形態建成的模式系統。在擬南芥中表皮細胞發育成表皮毛細胞的進程涉及由三個轉錄因子組成的復合物的正調控和一個抑制因子的負調控。其中兩個轉錄因子的突變都會引起植株表皮毛的缺失，第一個是GLABRA1(GL1)，它是一個有兩個包含DNA-binding結構域的MYB重復轉錄因子，屬于R2R3類型的MYB家族，第二個是TRANSPARENT TESTA GLABRA1(TTG1)，它編碼一個WD40 repeat的蛋白，同時還影響著其它幾個代謝途徑，這兩個轉錄因子與GLABRA3(GL3)互作而形成復合物，GL3的突變表現為植株表皮毛的減少，它是一個bHLH家族的轉錄因子。

黃瓜(Cucumis sativus L)屬葫蘆科甜瓜屬一年生蔓生草本植物，是世界上十大蔬菜作物之一。黃瓜植株莖、葉、卷須、花萼、子房表面均覆有短剛毛，果實均有刺，多數子房表面有瘤狀突起，瘤上有刺，但是有些品種果實上沒有果瘤。通過組織學觀察，發現黃瓜葉片上的剛毛和果實上的果刺形態結構一樣，均為多細胞無腺體的表皮毛。目前大多數黃瓜毛狀體皮毛缺陷突變體具有無毛表型，但如今對黃瓜多毛性狀的研究仍是空白的，這給黃瓜果實表皮相關性狀的遺傳改良和分子標記輔助育種帶來了困難。

發明內容

發明目的：針對上述技術問題，本發明的第一個目的是提供一種黃瓜多表皮毛性狀相關的SNP分子標記，即利用黃瓜基因序列上與多表皮毛性狀顯著關聯的SNP位點進行分子標記選擇。

本發明第二個目的是提供用于檢測上述SNP分子標記的一對引物。

本發明的第三個目的是提供上述SNP分子標記的應用。

技術方案：為達到上述發明目的，本發明采用以下技術方案：

一種與黃瓜多表皮毛性狀相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記是以‘ChineseLong v2’黃瓜基因組數據庫中的Chr6:27397366位點前后各400bp的DNA序列為模板設計引物，擴增得出的基因組序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端起，在該序列的第401位存在A/C多態性(SNP位點)，即所述SNP位點位于SEQ ID NO:1上第401位，堿基為A或C。

根據SNP位點的基因型確定黃瓜多表皮毛的有無：AA基因型為正常表皮毛黃瓜，CC基因型為多表皮毛黃瓜，AC基因型為介于多表皮毛和正常表皮毛黃瓜的中間型多表皮毛黃瓜。

一種用于檢測所述的SNP分子標記的引物對，包括正向引物、反向引物，所述引物對的核苷酸序列分別如下所示：