[發(fā)明專利]一種與蘿卜抽薹性緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011282094.8
• 申請(qǐng)日: 2020-11-17
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112251536B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-07-19
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張冀芳;梅時(shí)勇;邱孝軍;譚群運(yùn)
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院麻類研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 長(zhǎng)沙智路知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 43244
• 代理人: 張毅

1.一種與蘿卜抽薹性緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，其為分子標(biāo)記Rsa19453，其特征在于，所述SNP分子標(biāo)記為SEQ ID NO:1所示核苷酸序列，自5’端起的第347位堿基，其堿基為A或者C，所述SNP分子標(biāo)記定位于蘿卜第2號(hào)染色體上；當(dāng)所述分子標(biāo)記堿基全為A時(shí)，與分子標(biāo)記緊密連鎖的性狀表現(xiàn)為晚抽薹；當(dāng)所述分子標(biāo)記堿基全為C時(shí)，與分子標(biāo)記緊密連鎖的性狀表現(xiàn)為早抽薹。

2.用于擴(kuò)增權(quán)利要求1所述SNP分子標(biāo)記的引物對(duì)，其特征在于，序列是：

F:5’-GCCTCATCACAGTTCTTGCG-3’(SEQ ID NO:2)；

R:5’-GGATATTCAGGGAAGTAGAACAC-3’(SEQ ID NO:3)。

3.一種蘿卜抽薹性檢測(cè)試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述SNP分子標(biāo)記是否存在的試劑；所述試劑盒包含權(quán)利要求2所述的引物對(duì)，以及MaeII限制性內(nèi)切酶。

4.一種鑒定蘿卜抽薹性狀的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)提取待測(cè)蘿卜基因組DNA；

(2)以待測(cè)蘿卜基因組DNA為模板，利用權(quán)利要求2所述引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，獲得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；

(3)利用MaeII限制性內(nèi)切酶對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，根據(jù)酶切結(jié)果，判斷待測(cè)蘿卜樣品的抽薹性。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，利用瓊脂糖凝膠電泳對(duì)酶切結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)和判斷：若PCR擴(kuò)增產(chǎn)物被酶切而得到酶切片段，則待測(cè)蘿卜樣品為早抽薹性狀；若PCR擴(kuò)增產(chǎn)物無(wú)法被酶切而得到酶切片段，則待測(cè)蘿卜樣品為晚抽薹性狀。

6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，PCR擴(kuò)增時(shí)的PCR體系為20μL，包括：

DNA模板:5ng

引物正向:0.5μL

引物反向:0.5μL

dNTP:2.0μL

Mg:1.2μL

10×PCR buffer:2.0μL

Taq酶:0.2μL

ddH₂O:補(bǔ)足20μL。

7.根據(jù)權(quán)利要求4或6所述的方法，其特征在于，PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性5min后，94℃變性30s，58℃退火30s，72℃延伸40s，32個(gè)循環(huán)后，72℃保持7min，然后置于16℃保存待檢測(cè)。

8.根據(jù)權(quán)利要求4或5所述的方法，其特征在于，對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切的酶切體系為10μL：MaeII限制內(nèi)切酶0.3μL，buffer 1μL，PCR產(chǎn)物5μL，ddH₂O補(bǔ)足10μL。

9.權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記在蘿卜抽薹性輔助育種方面的應(yīng)用，其特征在于，利用權(quán)利要求4～8任一項(xiàng)所述的方法對(duì)蘿卜樣品的抽薹性進(jìn)行鑒定，待鑒定為晚抽薹性狀的蘿卜樣品作為親本進(jìn)行育種。