[發(fā)明專利]核酸編碼反應(yīng)

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011240877.X
• 申請日: 2012-05-21
• 公開（公告）號: CN112592960A
• 公開（公告）日: 2021-04-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 梅甘·安德森;陳佩林;布賴恩·福勒;羅伯特·C·瓊斯;菲奧娜·卡佩爾;羅納德·列波夫斯基;安德魯·梅
• 申請（專利權(quán)）人: 富魯達(dá)公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰;武晶晶

1.一種分析單顆粒中的核酸或與單顆粒締合的核酸的方法，所述方法包括：

a)在單獨(dú)反應(yīng)體積中捕獲顆粒，使得多個反應(yīng)體積的每個包含單顆粒，其中所述單獨(dú)反應(yīng)體積是乳液中的液滴；

b)從每個單獨(dú)反應(yīng)體積中的單顆粒中的核酸產(chǎn)生條形碼化的反應(yīng)產(chǎn)物或從與每個單獨(dú)反應(yīng)體積中的單顆粒締合的核酸產(chǎn)生條形碼化的反應(yīng)產(chǎn)物，其中產(chǎn)生所述反應(yīng)產(chǎn)物包括對于每個單獨(dú)反應(yīng)體積，使用多個不同的單鏈條形碼化的銜接子分子將條形碼化的銜接子核苷酸序列摻入到所述反應(yīng)產(chǎn)物中，其中每個銜接子分子包含：(i)包含引物結(jié)合位點(diǎn)的核苷酸序列，(ii)簡并尾序列，和(iii)條形碼核苷酸序列，其中對于同一單獨(dú)反應(yīng)體積的所述多個不同的單鏈條形碼化的銜接子分子包含相同的條形碼；

c)匯集所述條形碼化的反應(yīng)產(chǎn)物；

d)使用所述結(jié)合引物結(jié)合位點(diǎn)的引物擴(kuò)增所述條形碼化的反應(yīng)產(chǎn)物來產(chǎn)生用于雙向DNA測序的模板；和

e)對所述條形碼化的反應(yīng)產(chǎn)物測序。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述顆粒是細(xì)胞。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，還包括在步驟a)之后且在步驟b)之前裂解所述細(xì)胞以釋放細(xì)胞內(nèi)容物。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中細(xì)胞在所述單獨(dú)反應(yīng)體積中的分布近似泊松分布。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中所述細(xì)胞被稀釋以產(chǎn)生具有僅一個細(xì)胞的反應(yīng)體積的最高比例。

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中步驟a)還包括使所述細(xì)胞與支持物結(jié)合。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述支持物具有在其表面分布的結(jié)合伴侶。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述結(jié)合伴侶是抗體。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述支持物是珠。

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟a)之后且在步驟b)之前使所述顆粒破裂以釋放內(nèi)部組分。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述顆粒是珠。

12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述珠被引物涂覆。

13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中產(chǎn)生反應(yīng)產(chǎn)物的步驟b)包括逆轉(zhuǎn)錄。

14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中產(chǎn)生反應(yīng)產(chǎn)物的步驟b)包括擴(kuò)增。

15.根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法，其中產(chǎn)生反應(yīng)產(chǎn)物的步驟b)包括擴(kuò)增。

16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，還包括f)將e)中獲得的測序結(jié)果與單顆粒關(guān)聯(lián)。