[發(fā)明專利]分子標記指紋數(shù)據(jù)的比對方法、非暫存態(tài)存儲介質和裝置

有效

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• 申請日: 2020-11-05
• 公開（公告）號: CN112349348B
• 公開（公告）日: 2023-10-13
• 發(fā)明（設計）人: 王鳳格;江彬;霍永學;吳昊天;張云龍
• 申請（專利權）人: 北京市農(nóng)林科學院
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B40/00;G16B50/00
• 代理公司: 北京路浩知識產(chǎn)權代理有限公司 11002
• 代理人: 張璐

1.一種分子標記指紋數(shù)據(jù)的比對方法，其特征在于，包括：

設置指紋和位點ID號：為待比指紋列表和對比指紋列表中包含的所有指紋設置ID號，并將ID號同時綁定指紋包含的位點上；

按照位點分組：分別將待比指紋列表和對比指紋列表中的所有位點過濾出來并按照位點分組后，設置到不同的位點分組中的待比指紋ID列表和對比指紋ID列表中；

按照基因型分組：將每一個位點分組進一步按照基因型分組，得到基因型分組列表；

按基因型比對：將每個基因型分組中的基因型進行比對，若存在差異則構建差異關聯(lián)信息對，若無差異則忽略之；將所有位點分組逐一處理后，得到所有的差異基因型關聯(lián)信息對；

統(tǒng)計差異信息：以指紋ID為索引，對所得到的差異基因型關聯(lián)信息對進行統(tǒng)計。

2.根據(jù)權利要求1所述的比對方法，其特征在于，所述分子標記包括SSR分子標記、InDel分子標記和SNP分子標記。

3.根據(jù)權利要求2所述的比對方法，其特征在于，在所述按基因型比對中，通過比對字符數(shù)據(jù)的差異，判斷是否存在SNP分子標記的差異位點。

4.根據(jù)權利要求2或3所述的比對方法，其特征在于，在所述按基因型比對中，通過比對數(shù)字格式的基因型，判斷是否存在SSR或InDel分子標記的差異位點。

5.根據(jù)權利要求4所述的比對方法，其特征在于，數(shù)字格式的基因型的具體比對方法如下：

定義L_x(a_i,b_i)和L_x(a_j,b_j)表示序號x的位點上的兩個基因型數(shù)據(jù)，根據(jù)CE平臺特性，設置一個堿基偏移量參數(shù)offset≤1，并按如下方式計算：

R₁＝(|a_i-a_j|≤offset)

R₂＝(|b_i-b_j|≤offset)

R₃＝(|a_i-b_j|≤offset)

R₄＝(|b_i-a_j|≤offset)

R＝((R₁R₂)||(R₃R₄))

其中，當R為TRUE值時，判定基因型L_x(a_i，b_i)和L_x(a_j，b_j)之間不存在差異，當R為FALSE值時，判定基因型L_x(a_i，b_i)和L_x(a_j，b_j)之間存在差異位點。

6.根據(jù)權利要求1～5中任一項所述的比對方法，其特征在于，所述統(tǒng)計差異信息具體包括：

以指紋ID為索引構建一個結果矩陣表，將統(tǒng)計得到的位點差異信息在矩陣表中進行計數(shù)；

將所有差異基因型關聯(lián)信息對完成統(tǒng)計，得到所有指紋間的差異數(shù)信息。

7.一種非暫存態(tài)存儲介質，其儲存能夠由電子數(shù)據(jù)處理設備運行的指令，以執(zhí)行權利要求1～6中任一項所述的比對方法。

8.一種裝置，包括：

電子數(shù)據(jù)處理設備，其被編程以執(zhí)行權利要求1～6中任一項所述的比對方法。

9.權利要求1～6中任一項所述的比對方法或權利要求7所述的非暫存態(tài)存儲介質或權利要求8所述的裝置在指紋數(shù)據(jù)建庫中的應用。

10.權利要求1～6中任一項所述的比對方法或權利要求7所述的非暫存態(tài)存儲介質或權利要求8所述的裝置在指紋數(shù)據(jù)篩查中的應用。