[發(fā)明專利]用于擬分枝桿菌屬細(xì)菌鑒定的分子標(biāo)記、特異性引物和方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011200119.5
• 申請(qǐng)日: 2020-11-02
• 公開（公告）號(hào): CN112011634B
• 公開（公告）日: 2021-01-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王瑞白;萬(wàn)康林
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所
• 主分類號(hào): C12Q1/689
• 分類號(hào): C12Q1/689;C12Q1/04;C12N15/11;G01N33/569
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 商秀玲

本發(fā)明涉及微生物分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及用于擬分枝桿菌屬細(xì)菌鑒定的分子標(biāo)記、特異性引物和方法。本發(fā)明發(fā)現(xiàn)位于葡萄糖?6?磷酸異構(gòu)酶pgi基因到乙酰輔酶A乙酰轉(zhuǎn)移酶ACAT基因的基因組區(qū)段內(nèi)的2個(gè)基因排列區(qū)及16個(gè)單基因具有擬分枝桿菌屬特異性，可用于擬分枝桿菌屬水平的鑒定，其中部分單基因還具有擬分枝桿菌種水平特異性，可用于擬分枝桿菌種水平的鑒定。基于此，本發(fā)明建立了利用PCR技術(shù)鑒定擬分枝桿菌的方法，可直接根據(jù)PCR擴(kuò)增結(jié)果進(jìn)行判斷而無(wú)需測(cè)序，更適用于臨床樣本的特異性快速檢測(cè)，可廣泛應(yīng)用于擬分枝桿菌的臨床檢測(cè)和鑒定以及結(jié)核病的輔助診斷和流行病學(xué)監(jiān)測(cè)等相關(guān)領(lǐng)域。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及微生物分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及用于擬分枝桿菌屬細(xì)菌鑒定的分子標(biāo)記、特異性引物和方法。

背景技術(shù)

分枝桿菌包括結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC)和非結(jié)核分枝桿菌（Non-tuberculosis mycobacteria，NTM），迄今已有近200個(gè)菌種及亞種。其中，結(jié)核分枝桿菌可感染人和動(dòng)物，引起結(jié)核病。非結(jié)核分枝桿菌廣泛分布于水生和陸地環(huán)境中，其中的許多菌種能在人和動(dòng)物中引發(fā)嚴(yán)重的疾病。結(jié)核分枝桿菌和非結(jié)核分枝桿菌在形態(tài)、染色、培養(yǎng)條件上很相似，但耐藥譜上差別很大，非結(jié)核分枝桿菌通常天然對(duì)一線抗結(jié)核藥物耐藥。在AIDS患者中25-50%的患者合并有非結(jié)核分枝桿菌感染，而30%的多耐藥患者實(shí)際是結(jié)核和非結(jié)核分枝桿菌的混合感染。混合感染嚴(yán)重增加了治療的難度。準(zhǔn)確快速的區(qū)分鑒定結(jié)核和非結(jié)核分枝桿菌是實(shí)現(xiàn)全球終結(jié)結(jié)核病計(jì)劃的首要條件。

2018年，利用分子遺傳學(xué)方法，對(duì)分枝桿菌進(jìn)行了重新分類，將現(xiàn)有分枝桿菌屬的菌種按照5個(gè)單系進(jìn)化群重新分類，分別為分枝桿菌屬（Mycobacterium）、分枝菌酸小桿菌屬（Mycolicibacillus）、分枝菌酸桿菌屬（Mycolicibacter）、分枝菌酸桿形菌屬（Mycolicibacterium）和擬分枝桿菌屬（Mycobacteroides）。擬分枝桿菌屬是快生型非結(jié)核分枝桿菌，包括8個(gè)菌種，分別為膿腫擬分枝桿菌（M. abscessus）、龜擬分枝桿菌（M.chelonae）、富蘭克林?jǐn)M分枝桿菌（M. franklinii）、免疫反應(yīng)擬分枝桿菌（M.immunogenum）、嗜鮭魚擬分枝桿菌（M. salmoniphilum）、圣保羅擬分枝桿菌（M.saopaulense）、絲背細(xì)鱗鲀魚分枝桿菌（M. stephanolepidis）和M. fukienense。其中，膿腫擬分枝桿菌（M. abscessus）、龜擬分枝桿菌（M. chelonae）、富蘭克林?jǐn)M分枝桿菌（M.franklinii）和免疫反應(yīng)擬分枝桿菌（M. immunogenum）都是臨床樣本中十分常見的非結(jié)核分枝桿菌菌種。而且龜擬分枝桿菌是引起皮膚和軟組織結(jié)核的最主要的菌種。因此，擬分枝桿菌屬是一個(gè)臨床上有重要意義的非結(jié)分枝桿菌屬。

分枝桿菌的培養(yǎng)條件及臨床治療藥物不同于其他細(xì)菌。由于生長(zhǎng)緩慢，所有基于分枝桿菌培養(yǎng)的傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)，包括表型鑒定、生化檢測(cè)及藥敏實(shí)驗(yàn)都是非常耗時(shí)的，一般需要約3-6周，而且常常數(shù)周后也難以得到明確的結(jié)果。因此，分子生物學(xué)的鑒定方法在結(jié)核病的診斷中起著重要的作用。基于新的分枝桿菌分類，有必要建立相應(yīng)的新的鑒定方法，以便于結(jié)核/非結(jié)核分枝桿菌的快速診斷及鑒別診斷。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的之一是提供葡萄糖-6-磷酸異構(gòu)酶pgi至乙酰輔酶A乙酰轉(zhuǎn)移酶ACAT的基因組區(qū)段內(nèi)的基因或基因排列區(qū)在擬分枝桿菌屬水平或種水平鑒定中的應(yīng)用，本發(fā)明的另一目的是提供用于擬分枝桿菌屬細(xì)菌鑒定的分子標(biāo)記和特異性引物以及利用該特異性引物進(jìn)行擬分枝桿菌屬水平或種水平鑒定的方法。