[發明專利]檢測基因組區域中的結構變異的方法

在審

• 申請號: 202011162206.6
• 申請日: 2020-10-27
• 公開（公告）號: CN112349346A
• 公開（公告）日: 2021-02-09
• 發明（設計）人: 魏從翀;劉成林;張周;畢騰騰;王洪明;張之宏;揣少坤;漢雨生
• 申請（專利權）人: 廣州燃石醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/30;G06K9/62
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 凃滔

1.檢測基因組區域中的結構變異(SV)的方法，所述方法包括：

a.讀取高通量測序數據的序列比對文件，

i)將含有soft-clipping的讀長作為SR(Split-read)信號進入SR信號分析流程；和/或

ii)將在參考基因組中的回貼方向不是正向-反向的讀長對，以及在參考基因組中回貼方向是正向-反向但具有異常插入片段長度(insert size)的讀長對作為PE(Paired-end)信號進入PE信號分析流程；

b.進行SR信號分析流程以標記SV類型，并將標記為同一SV事件的SR信號進行聚類后形成SR信號聚類；和/或進行PE信號分析流程以標記SV類型，并將標記為同一SV事件的PE信號進行聚類后形成PE信號聚類；

c.對所述SR信號聚類和/或所述PE信號聚類進行過濾，從而獲得過濾后的信號聚類，其指示基因組區域中的SV；和任選地

d.輸出結果報告。

2.檢測基因組區域中的結構變異(SV)的方法，所述方法包括：

a.讀取高通量測序數據的序列比對文件，將含有soft-clipping的讀長作為SR信號進入SR信號分析流程；將在參考基因組中的回貼方向不正向-反向的讀長對，以及在參考基因組中回貼方向是正向-反向但具有異常插入片段長度的讀長對作為PE信號進入PE信號分析流程；

b.分別進行SR信號分析流程和PE信號分析流程以標記SV類型，并將標記為同一SV事件的SR信號進行聚類后形成SR信號聚類，將標記為同一SV事件的PE信號進行聚類后形成PE信號聚類；

c.根據斷點坐標信息和讀長的QNAME合并標記為同一SV事件的SR信號聚類和PE信號聚類，以形成綜合信號聚類，所述綜合信號聚類包括合并的SR信號聚類和PE信號聚類，或未能合并的單獨SR信號聚類或PE信號聚類；

d.對所述綜合信號聚類進行過濾，從而獲得過濾后的綜合信號聚類，其指示基因組區域中的SV；和任選地

e.輸出結果報告。

3.如權利要求1或2所述的方法，其中所述序列比對文件選自SAM文件和BAM文件。

4.如權利要求1-3中任一項所述的方法，其中通過以下步驟確定所述具有異常插入片段長度的讀長：

讀取所述序列比對文件中的所有讀長的插入片段長度值，或隨機讀取一定數量的讀長的插入片段長度值；

使用所述插入片段長度值構建插入片段長度分布，并確定顯著高于所述插入片段長度分布的異常閾值；和

確定具有超過所述異常閾值的插入片段長度的讀長。

5.權利要求4所述的方法，其中通過以下步驟確定所述具有異常插入片段長度的讀長：

讀取所述序列比對文件中的所有讀長的插入片段長度值，或隨機讀取一定數量的讀長的插入片段長度值；

使用所述插入片段長度值構建normal或log-normal分布，并計算所述normal或log-normal分布的參數μ和σ；和

將具有超過μ+Nσ的插入片段長度值確定為具有異常插入片段長度值，

其中N為3-10之間的整數。