[發明專利]一種生物信息深度挖掘分析系統的架構構建方法

在審

• 申請號: 202011124509.9
• 申請日: 2020-10-20
• 公開（公告）號: CN112151114A
• 公開（公告）日: 2020-12-29
• 發明（設計）人: 王婷;劉娟;崔運鵬;石運來;張晨;霍夢佳;趙艷博
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院農業信息研究所
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B10/00;G06N20/00
• 代理公司: 北京德崇智捷知識產權代理有限公司 11467
• 代理人: 申星宇

1.一種生物信息深度挖掘分析系統的架構構建方法，其特征在于：包括如下步驟：

S1：構建高通量計算一體化集群網絡環境；

S2：集成生物信息工具，形成生物信息挖掘分析方法、工具和流程調用庫；

S3：基于PiFlow框架構建面向生物信息深度挖掘分析的圖形化工作流模型；

S4：基于Spark Streaming構建生物信息挖掘分析任務的調度和處理模型。

2.如權利要求1所述的生物信息深度挖掘分析系統的架構構建方法，其特征在于：所述高通量計算一體化集群網絡包括管理網絡、計算網絡和100Gb超算網絡；所述管理網絡用于服務器的連接和監管；所述計算網絡用于需要分布式計算的作業場景中的服務器連接；所述100Gb超算網絡用于需要高吞吐量計算和單個作業數據容量過大的作業場景中的服務器連接。

3.如權利要求1所述的生物信息深度挖掘分析系統的架構構建方法，其特征在于：所述高通量計算一體化集群還包括集群管理節點、分析節點、存儲節點、深度學習計算節點和高通量數據備份平臺、可達到計算性能為5.376Tflops的CPU計算資源和計算性能(雙精度)為8.2TFlops TeslaV100s的GPU計算資源。

4.如權利要求1所述的生物信息深度挖掘分析系統的架構構建方法，其特征在于：所述生物信息挖掘分析方法調用庫集成有生物信息數據分析軟件、機器學習、深度學習的多種語言版本的程序包調用接口；所述生物信息數據分析軟件包括：FASTQC、Browse data、FASTX-Toolkit、Trinity、FPKM、RFKM、BLAST、Tuxedo、Tring Tie、Boxp lot、Heat map、Volcano plot、Tablet、IGV、Blast、HMMER、TransDecoder、Omega、RAxML、MEGA、OGDraw_Config_10、exonerate-2.2.0-x86_64、orthomclSoftware-v2.0.9、prottest-3.4-20140123、genemark_suite_linux_64、mireap-master、fasta36-36.3.8、PBSuite_15.8.24、HGAP-3.0-master、r8s1.81、WoLFPSort-master、hisat2-2.1.0、sunloginclient、FastQC、miRDeep_star_v38、BEASTv1.10.4、sspace_basic-master、ncbi-blast-2.9.0、paml4.9i、OrthoFinder-2.3.3、mafft-7.429-with-extensions、abyss-master、sratoolkit.2.10.0-centos_linux64、trinityrnaseq-devel、bowtie-1.2.3、bwa-0.7.17、samtools-1.9、bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64、muscle3.8.31、hmmer-3.2.1、R-3.6.1、Gblocks_0.91b、MUMmer3.23、mauve_snapshot_2015-02-13、SOAPdenovo2-master、GapCloser-v1.12-r6、cmake-3.15.2、allpathslg-52488、jellyfish-2.3.0、DBG2OLC_Linux、canu-master、idba-master、SPAdes-3.13.1-Linux、jmodeltest2-master、tree-puzzle-5.3.rc16、FastTree、phyml-master、standard-RAxML-master、tRNAscan-SE-2.0、infernal-1.1.2-linux-intel-gcc、squid-1.9g、randfold-master、RFsrc、phobius、ViennaRNA-2.4.14、Seurat-2.2、argtable2-13、clustal-omega-1.2.4、Treefinder、TargetFinder-master、miRPlant_V6、trimmomatic-master、augustus.2.5.5、gatk-4.1.4.0。