[發(fā)明專利]一種構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011119196.8
• 申請(qǐng)日: 2020-10-19
• 公開（公告）號(hào): CN112365932A
• 公開（公告）日: 2021-02-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 劉思彤;趙云鵬;陳倩
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京大學(xué)
• 主分類號(hào): G16B45/00
• 分類號(hào): G16B45/00;G16B20/30;G16B5/00
• 代理公司: 北京智繪未來專利代理事務(wù)所(普通合伙) 11689
• 代理人: 郭紅燕

1.一種構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其包括以下步驟：

步驟1，細(xì)菌群落宏基因組的測序；

步驟2，拼接獲得細(xì)菌基因組圖譜；

步驟3，開放讀碼框的識(shí)別；

步驟4，開放讀碼框的代謝功能的預(yù)測；以及

步驟5，將預(yù)測的結(jié)果進(jìn)行可視化處理，從而構(gòu)建所述細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)。

2.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

在步驟5中，采用KEGG Mapper平臺(tái)對(duì)所述預(yù)測的結(jié)果進(jìn)行可視化處理，所述KEGGMapper平臺(tái)運(yùn)行時(shí)使用重建通路模式。

3.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

在步驟4中將所述開放閱讀框與京都基因與基因組百科全書數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)。

4.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

步驟1包括提取細(xì)菌群落的總DNA樣本和對(duì)所述總DNA樣本進(jìn)行宏基因組測序。

5.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

步驟2包括：對(duì)步驟1所述測序產(chǎn)生的原始序列數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制、將質(zhì)量控制后得到的序列組裝為Scaffolds、將Scaffolds進(jìn)行拼接從而獲得所述細(xì)菌基因組圖譜、對(duì)所述基因組圖譜進(jìn)行質(zhì)量檢測。

6.如權(quán)利要求5所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

采用SeqPrep和Sickle軟件對(duì)所述測序產(chǎn)生的原始序列數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，運(yùn)用所述Sickle軟件時(shí)q參數(shù)設(shè)定值為25～35，l參數(shù)設(shè)定值為50～60。

7.如權(quán)利要求5所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

采用IDBA_UD軟件將所述質(zhì)量控制后的序列組裝為Scaffolds，然后將所述Scaffolds運(yùn)用MetaBAT軟件拼接出所述細(xì)菌基因組圖譜。

8.如權(quán)利要求7所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

所述MetaBAT軟件運(yùn)行時(shí)采用sensitive模式，m參數(shù)設(shè)定值≥1500。

9.如權(quán)利要求5所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

采用CheckM軟件對(duì)所述細(xì)菌基因組圖譜進(jìn)行質(zhì)量檢測，保留完整度高于70％且污染率低于10％的細(xì)菌基因組圖譜。

10.如權(quán)利要求9所述的構(gòu)建細(xì)菌群落基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)的方法，其特征在于：

對(duì)所述完整度高于70％且污染率低于10％的細(xì)菌基因組圖譜進(jìn)行開放閱讀框的代謝功能的預(yù)測。