[發明專利]一種改良CTAB裂解液在提取板藍根根系總RNA中的應用

在審

• 申請號: 202011090386.1
• 申請日: 2020-10-13
• 公開（公告）號: CN112063618A
• 公開（公告）日: 2020-12-11
• 發明（設計）人: 吳冬晴
• 申請（專利權）人: 武漢菲沙基因信息有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10
• 代理公司: 上海精晟知識產權代理有限公司 31253
• 代理人: 馮子玲

本發明公開了一種改良CTAB裂解液在提取板藍根根系總RNA中的應用，屬于分子生物學技術領域。所述改良CTAB裂解液包括100mM Tris?HCl，pH為8，20mM EDTA，1.4M NaCl，2％W/V的CATB，20％W/V的PVP和0.4％V/V的β?巰基乙醇。本發明運用改良CTAB裂解液提取板藍根根系成功地獲得的總RNA，有效克服了粘稠狀的缺陷，去除了雜質，并且提取成本低、易操作、并能獲得高質量的RNA，方便后續的建庫、上機以及PCR反應。

【技術領域】

本發明屬于植物分子生物學技術領域，具體涉及一種改良CTAB裂解液在提取板藍根根系總RNA中的應用。

【背景技術】

板藍根(Isatis tinctoria)是十字花科(Cruciferae)崧藍屬(Isatis)的陸生植物，其根系具有較好的藥用價值。由于在藥用植物基因研究中所用的實驗材料多為根、根莖等木質化程度較高的材料，難于粉碎，而且其所含的多糖易與RNA共沉淀，多酚易被氧化形成醌類物質與RNA不可逆的結合，這些次生代謝產物對RNA的提取造成了很大的干擾。而高質量的RNA提取是進行分子生物學實驗的必要前提，如轉錄組測序等。因此，探索板藍根根系高質量的RNA提取方法具有重要意義。

現常用的植物RNA提取方法包括CTAB法，TRizol試劑盒法以及很多RNA提取試劑盒等，但由于不同植物或者同一植物的不同組織間存在物質組成上的千差萬別，因此上述方法并不適用用所有材料，對于一些植物材料，還需要逐漸優化合適的提取方法。比如，利用天根的多糖多酚植物提取試劑盒(DP441)來提取板藍根根系的RNA并不成功，從提取的RNA樣品來看，呈粘稠狀，且底部明顯不溶于DEPC水的雜質。此方法不能滿足板藍根相關分子生物學實驗的需要。

因此，有必要尋找一種針對性更強的能提出高質量板藍根根系總RNA的方法，基于CTAB法中的CTAB裂解液進行改良，解決分離的RNA雜質多，純度低等問題，并滿足低成本、易操作、并最終獲得較高質量的基因組，方便后續的建庫、上機以及PCR反應。

【發明內容】

本發明目的在于克服現有技術的不足而提供一種改良CTAB裂解液在提取板藍根根系總RNA中的應用，解決提取雜質多、純度低等問題。

本發明提供了一種改良CTAB裂解液在提取板藍根根系總RNA中的應用，所述改良CTAB裂解液包括100mM Tris-HCl，pH為8，20mM EDTA，1.4M NaCl，2％W/V的CATB，20％W/V的PVP和0.4％V/V的β-巰基乙醇。

本發明還提供了一種板藍根根系總RNA的提取方法，包括如下步驟：

1.液氮中取板藍根根部組織研磨成粉末，取粉末放入無RNA酶的離心管中；

2.加入裂解液，充分混勻，孵育得到混合液；

3.孵育混合液中加入等體積的抽提試劑進行抽提，離心獲抽提上清液；

4.向抽提上清液加入異丙醇，混勻后室溫沉淀，離心得總RNA沉淀；

5.向總RNA沉淀中加入醇溶液清洗，得到沉淀物；

6.加入含DNaseA的Nuclease-free水對所得沉淀物進行溶解，獲得植物總RNA。

在一種實施方式中，所述裂解液為權利要求1中所述改良CTAB裂解液。

在一種實施方式中，所述裂解液以0.1mL/0.1-0.2g板藍根根部的量加入。

在一種實施方式中，所述無RNA酶以2mL/0.1-0.2g板藍根根部的量加入。

在一種實施方式中，所述抽提試劑為體積比為25:24:1的酚-氯仿-異戊醇混合試劑。

在一種實施方式中，所述步驟2孵育條件為65℃孵育15min。