[發(fā)明專利]一種血液腫瘤突變負荷參考品及其制備方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202011086834.0
• 申請日: 2020-10-12
• 公開（公告）號: CN112176061A
• 公開（公告）日: 2021-01-05
• 發(fā)明（設計）人: 韋良慎;劉楚新;梁達超;饒穎;周威;劉亞勝;張秀芝
• 申請（專利權）人: 菁良基因科技（深圳）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6806
• 代理公司: 深圳智趣知識產權代理事務所(普通合伙) 44486
• 代理人: 王策

1.一種血液腫瘤突變負荷參考品的制備方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)篩選配對細胞系：

所述配對細胞系包括腫瘤細胞系和其配對的細胞系；

(2)酶切法或超聲打斷法獲得所述配對細胞系的ctDNA；

(3)配對細胞系的ctDNA提取、濃度測定；

(4)配對細胞系的ctDNA混合和質檢，獲得血液腫瘤突變負荷參考品；

(5)參考品的腫瘤突變負荷值檢測和腫瘤突變負荷值計算。

2.根據(jù)權利要求1所述的制備方法，其特征在于，所述步驟(2)中所述酶切法使用的酶是微球菌核酸酶。

3.根據(jù)權利要求1所述的制備方法，其特征在于，所述步驟(4)中所述混合的比例為所述腫瘤細胞系的ctDNA所占的體積比為0.1％～10％，所述配對的細胞系的ctDNA所占的體積比為99.9％～90％。

4.根據(jù)權利要求1所述的制備方法，其特征在于，所述步驟(4)中所述質檢采用微滴式數(shù)字PCR對原材料原始的突變頻率進行確認。

5.根據(jù)權利要求1所述的制備方法，其特征在于，所述步驟(5)包括如下步驟：

(1)對所述參考品進行全外顯子組測序；

(2)突變過濾：使用過濾參數(shù)對檢測出的變異進行過濾；

(3)腫瘤突變負荷值計算：過濾后的體細胞突變/全外顯子編碼區(qū)大小＝腫瘤突變負荷值，單位為兆堿基。

6.一種血液腫瘤突變負荷參考品，其特征在于，由權利要求1-5任一項所述的制備方法獲得。

7.根據(jù)權利要求6所述的參考品，其特征在于，所述參考品包括但不限于以下八對配對細胞系的ctDNA：

組1：腫瘤細胞系NCI-H2009、配對細胞系NCI-BL2009；

組2：腫瘤細胞系NCI-H2126、配對細胞系NCI-BL2126；

組3：腫瘤細胞系NCI-H2087、配對細胞系NCI-BL2087；

組4：腫瘤細胞系HCC1395、配對細胞系HCC1395 BL；

組5：腫瘤細胞系NCI-H2171、配對細胞系NCI-BL2171；

組6：腫瘤細胞系COLO 829、配對細胞系COLO 829BL；

組7：腫瘤細胞系HCC1187、配對細胞系HCC1187 BL；

組8：腫瘤細胞系HCC1954、配對細胞系HCC1954 BL。

8.根據(jù)權利要求7所述的參考品，其特征在于，所述腫瘤細胞系的ctDNA所占的體積比為0.1％～10％，所述配對細胞系的ctDNA所占的體積比為99.9％～90％。

9.根據(jù)權利要求6所述的參考品，其特征在于，所述參考品的腫瘤突變負荷檢測值為3～23。

10.根據(jù)權利要求7所述的參考品，其特征在于，所述配對細胞系的ctDNA長度為144～176bp。