[發(fā)明專利]使用單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法和組合物

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011083287.0
• 申請日: 2015-06-26
• 公開（公告）號: CN112430641A
• 公開（公告）日: 2021-03-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: F.J.斯蒂默斯;J.S.費希爾;K.L.岡德森;S.阿米尼;C.格勒克納
• 申請（專利權(quán)）人: 億明達股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所 11105
• 代理人: 凃滔

本文提供的實施方案涉及用于下一代測序的方法和組合物。一些實施方案包括使用單側(cè)轉(zhuǎn)座從靶核酸制備模板文庫，并且對該模板文庫測序。

本申請是基于申請日為2015年6月26日，優(yōu)先權(quán)日為2014年6月30日，申請?zhí)枮?01580036230.6，發(fā)明名稱為：“使用單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法和組合物”的專利申請的分案申請。

相關(guān)申請

本申請要求于2014年6月30日提交的美國臨時申請?zhí)?2/019,209的優(yōu)先權(quán)，其通過引用以其整體并入本文。

技術(shù)領(lǐng)域

本文提供的實施方案涉及用于下一代測序的方法和組合物。一些實施方案包括使用單側(cè)轉(zhuǎn)座(one-sided transposition)，也稱為單側(cè)轉(zhuǎn)座(one sided transposition)從靶核酸制備模板文庫，對模板文庫測序，以及捕獲鄰接信息(contiguity information)。

發(fā)明背景

幾種下一代測序技術(shù)可用于快速和經(jīng)濟測定基因組的整個序列。通常，在測序前從靶基因組DNA樣品制備模板核酸文庫。樣品制備通常包括DNA片段化(fragmentation)步驟，其將較大的DNA鏈斷裂成更適合下一代測序技術(shù)的較小的DNA片段。通常將銜接頭(adaptor)附著至該DNA片段的末端，這可以通過DNA末端修復(fù)，然后是銜接頭連接來完成，或最近通過使用轉(zhuǎn)座體(transposome)系統(tǒng)來完成。轉(zhuǎn)座體(其是轉(zhuǎn)座酶和轉(zhuǎn)座子核酸的復(fù)合物)的使用允許同時進行基因組片段化和片段的銜接頭連接，從而簡化文庫制備。然而，基因組DNA的片段化可導(dǎo)致鄰接，定相和單倍型方面就個別核酸分子而言的信息損失。因此，存在對備選文庫制備方法的需要。

發(fā)明概述

在本文描述的一些實施方案中是用于單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法。本申請的發(fā)明人驚奇地發(fā)現(xiàn)，通過進行單側(cè)轉(zhuǎn)座，雙鏈靶DNA僅在一條鏈上產(chǎn)生切口，并且即使在除去轉(zhuǎn)座體后，此類轉(zhuǎn)座后的靶DNA保持完整。因此，靶DNA的鄰接在轉(zhuǎn)座事件之后得到保持。在一些實施方案中，用于單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法可以用于捕獲鄰接信息。在一些實施方案中，用于單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法可用于制備測序文庫。在一些實施方案中，用于單側(cè)轉(zhuǎn)座的方法可用于確定定相信息或單倍型信息。

在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體二聚體配置為僅對雙鏈靶DNA的一條鏈產(chǎn)生切口，并將轉(zhuǎn)座體單體的轉(zhuǎn)座子的僅一條轉(zhuǎn)移鏈轉(zhuǎn)移至有切口的靶DNA。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體二聚體的一個單體亞單位不能轉(zhuǎn)座，導(dǎo)致單側(cè)轉(zhuǎn)座。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體二聚體的一個轉(zhuǎn)座酶可以通過結(jié)合轉(zhuǎn)座子而形成轉(zhuǎn)座體復(fù)合物，但不能對靶DNA產(chǎn)生切口。

在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座子是功能性的，使得通過將轉(zhuǎn)座子與轉(zhuǎn)座酶接觸形成轉(zhuǎn)座體，并且可以將轉(zhuǎn)座子序列轉(zhuǎn)移到靶核酸。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座子是非功能性的，使得通過使轉(zhuǎn)座子與轉(zhuǎn)座酶接觸形成轉(zhuǎn)座體，但轉(zhuǎn)座子序列不能轉(zhuǎn)移到靶核酸。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)移鏈的3'-末端包含不能對靶核酸的5'-末端進行親核攻擊的3'-末端核酸。在一些實施方案中，識別序列的3'-末端是封閉的。在一些實施方案中，封閉的識別序列的3'-末端包含3'-末端雙脫氧核苷酸，胺基基團，烷基基團，芳基基團，硫醇基團，硫酸根基團，反向核苷酸，疊氮基基團或生物素。

在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座酶能夠形成轉(zhuǎn)座體，但不能對靶DNA產(chǎn)生切口。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座酶包含一個或多個氨基酸修飾，使得其能夠形成轉(zhuǎn)座體，但不能對靶DNA產(chǎn)生切口。

在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體復(fù)合物以使得轉(zhuǎn)座體不能有效形成二聚體的方式配置。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體復(fù)合物以使得轉(zhuǎn)座體完全不能形成二聚體的方式配置。在一些實施方案中，轉(zhuǎn)座體單體僅在雙鏈DNA的一條鏈中形成切口，并將轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)移鏈轉(zhuǎn)移至有切口的靶DNA。