[發(fā)明專利]一種表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法及其應(yīng)用

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• 申請日: 2020-09-27
• 公開（公告）號: CN112111562A
• 公開（公告）日: 2020-12-22
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳世興;宋世平;李鐵;王躍林
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院上海微系統(tǒng)與信息技術(shù)研究所
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06
• 代理公司: 廣州三環(huán)專利商標(biāo)代理有限公司 44202
• 代理人: 郝傳鑫;賈允

1.一種表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，包括以下步驟：

提供模板核酸，對所述模板核酸進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到含有磷酸修飾的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；

采用核酸外切酶對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行切割，消化掉含有磷酸修飾的一條鏈，得到無修飾的單鏈DNA；

對所述單鏈DNA進(jìn)行互補(bǔ)配對，然后在預(yù)設(shè)位點(diǎn)修飾表觀修飾分子，得到修飾產(chǎn)物；

將所述修飾產(chǎn)物中的短鏈延伸補(bǔ)齊，得到表觀修飾核酸鏈。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述PCR擴(kuò)增采用兩個引物，其中一個引物為5端磷酸修飾的引物，另一引物為不含任何修飾的引物，所述不含任何修飾的引物不會被所述核酸外切酶切割。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述核酸外切酶為Lambda核酸外切酶或T7核酸外切酶。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，對所述單鏈DNA進(jìn)行互補(bǔ)配對，然后在預(yù)設(shè)位點(diǎn)修飾表觀修飾分子，得到修飾產(chǎn)物，具體包括：

提供一條與所述單鏈DNA互補(bǔ)的延伸引物，退火后組成部分雙鏈部分單鏈的結(jié)合物，利用聚合酶、含有表觀修飾分子和dNTP的混合物，在預(yù)設(shè)位點(diǎn)添加上表觀修飾分子。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述聚合酶為Vent DNA聚合酶、Taq DNA聚合酶和Pfu DNA聚合酶中的任意一種。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述預(yù)設(shè)位點(diǎn)為互補(bǔ)配對后的雙鏈DNA的任意位點(diǎn)。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述預(yù)設(shè)位點(diǎn)為限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述表觀修飾分子為羥甲基胞嘧啶、甲基胞嘧啶、醛甲基胞嘧啶、羧甲基胞嘧啶和甲基腺嘌呤中的任意一種。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法，其特征在于，所述模板核酸來源于病毒、細(xì)菌、真菌、植物和動物中的至少一種。

10.一種如權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)所述的表觀遺傳修飾核酸文庫的構(gòu)建方法的應(yīng)用。