[發(fā)明專利]一種用于宮頸癌輔助診斷的SNP標(biāo)志物及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011030396.6
• 申請日: 2020-09-27
• 公開（公告）號: CN112176059A
• 公開（公告）日: 2021-01-05
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 金華;王適之
• 申請（專利權(quán)）人: 南通市腫瘤醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/113;C12N15/11
• 代理公司: 蘇州翔遠(yuǎn)專利代理事務(wù)所(普通合伙) 32251
• 代理人: 陸金星

本發(fā)明涉及基因工程及腫瘤醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種用于宮頸癌輔助診斷的SNP標(biāo)志物，含有SNP位點(diǎn)rs7958904，rs4759314和rs874945，所述特異性擴(kuò)增引物如下，rs7958904的擴(kuò)增引物的核苷酸序列為SEQIDNO.1和SEQIDNO.2；rs4759314的擴(kuò)增引物的核苷酸序列為SEQIDNO.4和SEQIDNO.5。該發(fā)明可以準(zhǔn)確的評估患者發(fā)生宮頸癌的風(fēng)險，所用的SNP標(biāo)志物作為一種新型的基因生物標(biāo)志物，區(qū)別于傳統(tǒng)生物標(biāo)志物，具有穩(wěn)定、微創(chuàng)、易于檢測的優(yōu)點(diǎn)，其高特異性、高敏感性為宮頸癌發(fā)病風(fēng)險的預(yù)測提供了更加高效、便捷的評估方法。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因工程及腫瘤醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種用于宮頸癌輔助診斷的SNP標(biāo)志物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

宮頸癌(CC)是全世界婦女癌癥死亡率最常見的原因之一，根據(jù)國際癌癥研究機(jī)構(gòu)(IARC)(globo2012)估計，2012年全世界范圍內(nèi)有266000女性死于宮頸癌，約占當(dāng)年全球女性癌癥死亡人數(shù)的7.5％1，雖然感染高危型人乳頭瘤病毒(HR-HPV)已被認(rèn)為是宮頸癌主要風(fēng)險因素，但個體的遺傳性在宮頸癌的發(fā)展中也扮演著重要的角色2-4。

長鏈非編碼rna(lncRNAs)是一種長度超過了200個核甘酸的非編碼RNA5,6，ENCODE項目表明，大約76％的人類基因組被轉(zhuǎn)錄成一系列的lncRNAs7，LncRNAs的功能非常重要，廣泛參與細(xì)胞的生長、生存、轉(zhuǎn)移、侵襲等細(xì)胞過程9,10，最近,由于其復(fù)雜和廣泛的監(jiān)管功能，lncRNAs獲得了越來越多的關(guān)注5,6,8，據(jù)報道，失調(diào)表達(dá)的lncRNAs與癌癥發(fā)病機(jī)理密切相關(guān)6,11，LncRNAHOX轉(zhuǎn)錄反義RNA(HOTAIR)定位于HOXC位點(diǎn)并且涉及HOXD1的40kb區(qū)域中轉(zhuǎn)錄的表觀遺傳調(diào)節(jié)10，參與各種惡性腫瘤包括乳腺癌10、大腸癌12和胃癌13的發(fā)生和發(fā)展，許多研究顯示HOTAIR在宮頸癌中過度表達(dá)，并與宮頸癌的進(jìn)展和預(yù)后不良有關(guān)，可以作為生存期的一種新的生物標(biāo)記物14,15。

最近，已經(jīng)有相當(dāng)多研究lncRNA的遺傳變異對多種腫瘤易感性的影響，Verhaegh等16首先報道了H19的標(biāo)簽SNP(tagSNP)rs2839698與膀胱癌風(fēng)險降低顯著相關(guān)，隨后，一些lncRNASNP，例如LINC00673基因的外顯子4中的rs11655237和PCGEM1中的rs6434568賦予腫瘤發(fā)生的易感性17,18，我們以前的研究中也發(fā)現(xiàn)兩個SNPs，即HOTAIR基因中的rs7958904和rs4759314分別與結(jié)直腸癌19和胃癌20顯著相關(guān)，鑒于HOTAIR致癌作用的重要性及其在宮頸癌中的表達(dá)異常，我們假設(shè)HOTAIRSNPs可能影響宮頸癌的易感性，因此，我們將證實(shí)位于HOTAIR第6外顯子的rs7958904與宮頸癌的風(fēng)險增加顯著相關(guān)。

發(fā)明內(nèi)容

針對現(xiàn)有技術(shù)存在的問題和不足，本發(fā)明的第一個目的是提供一種與宮頸癌輔助診斷相關(guān)的SNP標(biāo)志物。

本發(fā)明的第二個目的是提供一種用于檢測上述SNP標(biāo)志物的特異性引物。

本發(fā)明的第三個目的是提供一種用于檢測上述SNP標(biāo)志物的特異性引物在制備宮頸癌輔助診斷試劑盒中的應(yīng)用。

本發(fā)明的第四個目的是提供一種用于宮頸癌輔助診斷的試劑盒。

本發(fā)明通過分離和研究宮頸癌患者及與其年齡、性別匹配的健康對照外周血DNA中的單核苷酸多態(tài)性，尋找一組與宮頸癌高度相關(guān)的高特異性和敏感性的SNP，并研制出可便于臨床應(yīng)用的宮頸癌輔助診斷試劑盒，為宮頸癌無癥狀高危人群的篩查和早期診斷提供數(shù)據(jù)支持。

本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：一種用于宮頸癌輔助診斷的SNP標(biāo)志物，含有SNP位點(diǎn)rs7958904，rs4759314和rs874945。

所述特異性擴(kuò)增引物如下：

rs7958904的擴(kuò)增引物的核苷酸序列為SEQIDNO.1和SEQIDNO.2；