[發(fā)明專利]用于快速轉錄組表達定量的數(shù)據(jù)處理方法、裝置及存儲介質

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011009255.6
• 申請日: 2020-09-23
• 公開（公告）號: CN112151120A
• 公開（公告）日: 2020-12-29
• 發(fā)明（設計）人: 易會廣
• 申請（專利權）人: 易會廣
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 深圳碩界知識產(chǎn)權代理事務所(特殊普通合伙) 44457
• 代理人: 陳志國

1.一種用于快速轉錄組表達定量的數(shù)據(jù)處理方法，其特征在于，包括：

獲取參考轉錄組序列，將所述參考轉錄組序列分解為預設長度的第一子序列，并根據(jù)所述第一子序列構建參考矩陣；

獲取轉錄組的測序數(shù)據(jù)，將所述測序數(shù)據(jù)分解為所述預設長度的第二子序列，并根據(jù)所述第二子序列構建目標向量；

利用所述參考矩陣、所述目標向量以及預設的線性方程組，得到所述轉錄組的表達量并輸出。

2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述獲取參考轉錄組序列，將所述參考轉錄組序列分解為預設長度的第一子序列，并根據(jù)所述第一子序列構建參考矩陣，包括：

從數(shù)據(jù)庫獲取所述參考轉錄組序列，所述參考轉錄組序列包括多條轉錄本序列；

分別將各所述轉錄本序列進行分解，得到各所述轉錄本序列各自對應的所述第一子序列的集合；

根據(jù)各所述轉錄本序列各自對應的所述第一子序列的集合，構建所述參考矩陣；

其中，所述參考矩陣的每一行對應一種所述第一子序列，每一列對應一條所述轉錄本序列，所述參考矩陣中的值表示所述值所屬行的所述第一子序列是否存在于所述值所屬列的所述轉錄本序列中，或者，所述值所屬行的所述第一子序列在所述值所屬列的所述轉錄本序列中出現(xiàn)的次數(shù)；或者，

所述參考矩陣的每一列對應一種所述第一子序列，每一行對應一條所述轉錄本序列，所述參考矩陣中的值表示所述值所屬列的所述第一子序列是否存在于所述值所屬行的所述轉錄本序列中，或者，所述值所屬列的所述第一子序列在所述值所屬行的所述轉錄本序列中出現(xiàn)的次數(shù)。

3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述獲取轉錄組的測序數(shù)據(jù)，將所述測序數(shù)據(jù)分解為所述預設長度的第二子序列，并根據(jù)所述第二子序列構建目標向量，包括：

對轉錄組樣本進行測序，得到所述測序數(shù)據(jù)；

將所述測序數(shù)據(jù)中的讀段序列進行分解，得到所述第二子序列的集合；

對所述第二子序列的集合進行計數(shù)，并根據(jù)計數(shù)結果構建所述目標向量；

其中，所述目標向量中的每一行對應一種所述第二子序列，每一行中的值表示對應的所述第二子序列在所述測序數(shù)據(jù)中的出現(xiàn)次數(shù)；或者，

所述目標向量中的每一列對應一種所述第二子序列，每一列中的值表示對應的所述第二子序列在所述測序數(shù)據(jù)中的出現(xiàn)次數(shù)。

4.根據(jù)權利要求1至3中的任一項所述的方法，其特征在于，所述參考矩陣的行與所述目標向量的行一一對應，所述利用所述參考矩陣、所述目標向量以及預設的線性方程組，得到所述轉錄組的表達量并輸出，包括：

利用以下公式(1)或公式(2)，求解所述轉錄組的表達量估計值作為所述轉錄組的表達量并輸出；

其中，A為所述參考矩陣，b為所述目標向量，為所述轉錄組的表達量估計值。

5.根據(jù)權利要求1至3中的任一項所述的方法，其特征在于，所述參考矩陣的列與所述目標向量的列一一對應，所述利用所述參考矩陣、所述目標向量以及預設的線性方程組，得到所述轉錄組的表達量并輸出，包括：

利用以下公式(3)或公式(4)，求解所述轉錄組的表達量估計值作為所述轉錄組的表達量并輸出；

其中，A為所述參考矩陣，b為所述目標向量，為所述轉錄組的表達量估計值。

6.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，在構建所述參考矩陣和所述目標向量時，跳過所述第一子序列和所述第二子序列中，符合預設條件的子序列。

7.根據(jù)權利要求6所述的方法，其特征在于，所述預設條件包括以下條件中的至少一種：

在超過預設條所述轉錄本序列中出現(xiàn)過的子序列；

在同一條所述轉錄本序列中出現(xiàn)的次數(shù)大于預設次數(shù)的子序列；

測序技術序列；以及

預設的自定義序列。

8.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，在構建所述參考矩陣時，根據(jù)各所述第一子序列在各自對應的所述轉錄本序列中的位置，為所述參考矩陣中的值設置不同的權重。