[發(fā)明專利]一種用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測的模型及建立方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011006210.3
• 申請日: 2020-09-23
• 公開（公告）號: CN112185546A
• 公開（公告）日: 2021-01-05
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王傳新;杜魯濤;李培龍;楊雪梅;李娟;齊秋晨
• 申請（專利權(quán)）人: 山東大學(xué)第二醫(yī)院
• 主分類號: G16H50/20
• 分類號: G16H50/20;G16H50/70
• 代理公司: 濟(jì)南泉城專利商標(biāo)事務(wù)所 37218
• 代理人: 張貴賓

1.一種用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測的模型，其特征在于，由以下十個(gè)lncRNAs表達(dá)量聯(lián)合判斷：AL138789.1，AL513123.1，LINC00536，BCAR4，AC079414.1，LHX1-DT，AC006262.3，MIR3150BHG，AC105398.1，AL133467.1。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測的模型，其特征在于，計(jì)算公式為風(fēng)險(xiǎn)評分=(0.634×表達(dá)量_AL138789.1)+(0.488×表達(dá)量_AL513123.1)+(0.254×表達(dá)量_LINC00536)+(0.262×表達(dá)量_BCAR4)+(0.825×表達(dá)量_AC079414.1)+(0.253×表達(dá)量_LHX1-DT)+(1.115×表達(dá)量_AC006262.3)+(-0.779×表達(dá)量_MIR3150BHG)+(-1.414×表達(dá)量_AC105398.1)+(-0.739×表達(dá)量_AL133467.1)。

3.權(quán)利要求1或2所述用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測模型的建立方法，其特征在于，包括如下步驟：

（1）數(shù)據(jù)獲取

下載TCGA數(shù)據(jù)庫中乳腺癌患者的臨床數(shù)據(jù)及乳腺癌組織和例正常乳腺組織的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)；

（2）差異lncRNAs篩選

利用R軟件DESeq2包篩選出在乳腺癌組織和正常乳腺組織中差異表達(dá)的lncRNAs；

（3）候選預(yù)后相關(guān)lncRNAs鑒定

利用R軟件survival和survminer軟件包進(jìn)行單因素Cox回歸分析、Kaplan-Meier生存分析共同鑒定與患者總生存期具有關(guān)聯(lián)性的差異表達(dá)的lncRNAs作為候選預(yù)后相關(guān)lncRNAs；

（4）預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評分模型的構(gòu)建

排除臨床信息不完整的病例，隨機(jī)選取訓(xùn)練集和驗(yàn)證集；在訓(xùn)練集中，將上述候選預(yù)后相關(guān)lncRNAs納入多因素Cox逐步回歸分析，通過R軟件survival和survminer包構(gòu)建lncRNA風(fēng)險(xiǎn)評分模型；

（5）模型的預(yù)后效能評估

在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中，依據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評分公式計(jì)算各患者的風(fēng)險(xiǎn)評分，將患者按風(fēng)險(xiǎn)評分的中位值分為高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組，并且通過Kaplan-Meier生存分析和log-rank檢驗(yàn)比較不同風(fēng)險(xiǎn)組患者之間的總生存期是否存在差異，通過R軟件timeROC包進(jìn)行時(shí)間依賴性ROC曲線分析以評估模型的預(yù)測能力；此外，依據(jù)常見臨床病理參數(shù)對驗(yàn)證集內(nèi)患者進(jìn)行分層，通過Kaplan-Meier分層生存分析評估該lncRNA風(fēng)險(xiǎn)評分模型在乳腺癌各亞組中的預(yù)后預(yù)測價(jià)值； 進(jìn)一步通過時(shí)間依賴性ROC曲線比較模型與TNM分期的預(yù)后價(jià)值；

（6) 統(tǒng)計(jì)分析

使用R軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，使用以下軟件包： DESeq2， survival，survminer，timeROC。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測模型的建立方法，其特征在于，步驟（1）RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以HT-seq count形式顯示。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測模型的建立方法，其特征在于，步驟（2）中篩選閾值設(shè)置為校正后的P0.01和|log2(差異倍數(shù))|2。

6.根據(jù)權(quán)利要求3所述用于乳腺癌患者預(yù)后預(yù)測模型的建立方法，其特征在于，步驟（4）中所用的計(jì)算公式如下：，其中n表示模型中總的lncRNAs數(shù)量，i表示第i個(gè)lncRNA。