[發明專利]藜麥山引2號和藜麥新引2號的SSR分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202010989584.5
• 申請日: 2020-09-18
• 公開（公告）號: CN112176085B
• 公開（公告）日: 2021-04-23
• 發明（設計）人: 吳春霞;楊光;張慧;李圓圓
• 申請（專利權）人: 山東師范大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 濟南圣達知識產權代理有限公司 37221
• 代理人: 王志坤

本發明涉分子標記技術領域，具體涉及藜麥山引2號和藜麥新引2號的SSR分子標記及其應用。一組藜麥山引2號和藜麥新引2號SSR分子標記包括9個位點所對應的正向和反向引物，其開發方法包括以下步驟：1)從網站獲取藜麥基因組序列，2)用SSR鑒定軟件MISA查找所有位于基因序列中間的SSR位點，3)設計SSR引物，4)SSR的驗證及多態性分析，利用設計合成的引物對藜麥山引2號和新引2號的基因組進行PCR擴增，分析這兩個藜麥品種的PCR產物的異同，分析找出在這兩個品種間PCR結果有差異的SSR分子標記。本發明開發的藜麥山引2號和藜麥新引2號的SSR分子標記重復性好、共顯性、多態性高和特異性強。

技術領域

本發明涉分子標記技術領域，具體涉及藜麥山引2號和藜麥新引2號的SSR分子標記及其應用。

背景技術

公開該背景技術部分的信息僅僅旨在增加對本發明的總體背景的理解，而不必然被視為承認或以任何形式暗示該信息構成已經成為本領域一般技術人員所公知的現有技術。

藜麥(Chenopodium quinoa Willd.)，是一年生的莧科藜屬雙子葉草本植物，至今已有7500多年的種植歷史。藜麥原產地為南美洲安第斯山脈，多位于玻利維亞、智利和秘魯一帶的高海拔地區。

藜麥種質資源無論在形態還是遺傳上都具有豐富的多樣性，而且藜麥基因組是異源四倍體，其遺傳背景信息復雜。目前關于藜麥的基礎研究薄弱，種質資源在遺傳上不清晰，遺傳育種進展緩慢。利用SSR分子標記技術具有的優勢優點，利用現代生物技術，開發新的分子標記，可為下一步利用SSR分子標記進行藜麥遺傳多樣性分析、種質資源鑒定以及基因進行定位和分子標記育種提供有力技術保障。

目前在遺傳學研究中廣泛應用的DNA分子標記有以下幾種：限制性片段長度多態性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)，數量多、結果穩定、重復性好，但步驟復雜、成本高、使用放射性同位素造成環境污染；隨機擴增多態性DNA(RandomlyAmplified Polymorphic DNA，RAPD)，操作簡單引物設計無需序列信息，但重復性不高、顯性遺傳無法區分純雜合；擴增片段長度多態性(Amplified Fragment LengthPolymorphism，AFLP)，數量多，多態性高，但對模板DNA質量要求高；單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphisms，SNP)，分布廣泛，數量多，呈二態性和等位基因性；表達序列標簽(Expressed Sequence Tags，EST)，體現基因表達水平，不包含調控序列、內含子信息。

SSR分子標記分布于整個基因組中，兩端序列高度保守，因而可以將兩端保守的DNA片段進行克隆、測序，通過人工合成引物進行PCR擴增，從而將單個分子標記的位點擴增出來，檢測物種的遺傳多樣性。目前，植物基因組中SSR分子標記的開發研究十分活躍，在小麥、玉米、水稻、油菜、大豆、西紅柿、甜菜等農作物上都有所應用。現在結合轉錄組測序開發SSR分子標記已經在蘿卜、辣椒、菠菜、南瓜、大白菜、洋蔥、茄子、花椰菜、葡萄等果蔬中得到廣泛應用。

發明內容

與現有技術中的分子標記相比，SSR分子標記具有易操作、重復性好、共顯性、多態性高和特異性強等優點，可直接檢測DNA分子結構變異、反映研究材料分子水平的本質差異，因而廣泛應用在構建DNA指紋圖譜、基因定位、遺傳多樣性分析、種質資源鑒定和植物育種等研究領域。

本發明的目的是提供一種藜麥山引2號和藜麥新引2號的SSR分子標記及其應用。

具體的，在本發明的第一方面，提供一組藜麥山引2號和藜麥新引2號SSR分子標記，其特征在于：包括有如下9個位點所對應的正向和反向引物：

在本發明的第二方面，提供第一方面所述藜麥山引2號和藜麥新引2號SSR分子標記在以下方面的應用：

藜麥山引2號和藜麥新引2號的多態性鑒定；