[發明專利]一種用于檢測水稻香味基因的KASP分子標記和檢測方法在審
| 申請號： | 202010984820.4 | 申請日： | 2020-09-18 |
| 公開（公告）號： | CN111996281A | 公開（公告）日： | 2020-11-27 |
| 發明（設計）人： | 閆影;吳書俊;張麗霞;王凱;胡澤軍 | 申請（專利權）人： | 上海市農業科學院 |
| 主分類號： | C12Q1/6895 | 分類號： | C12Q1/6895;C12N15/11 |
| 代理公司： | 浙江千克知識產權代理有限公司 33246 | 代理人： | 黎雙華 |
| 地址： | 201106 *** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 用于 檢測 水稻 香味 基因 kasp 分子 標記 方法 | ||
1.一種用于檢測水稻香味基因的KASP分子標記Badh2-E2-KASP，其特征在于，所述分子標記包括：
正向引物1：5'-TGGCCCGGACGGCGCC-3'；
正向引物2：5'-GGCCCGGACGGCGCG-3'，和
通用反向引物：5'-CGGGAGGCGCTGAAGAGGAA-3'。
2.根據權利要求1所述的分子標記，其特征在于，所述Badh2基因第2外顯子處發生了7bp的堿基缺失，該位置位于基因轉錄起始密碼子下游304bp到310bp之間，缺失序列為GGCGCCG。
3.根據權利要求1所述的分子標記，其特征在于，正向引物1的5'端帶有FAM熒光信號標簽，序列為：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。
4.根據權利要求1所述的分子標記，其特征在于，正向引物2的5'端帶有HEX熒光信號標簽，序列為：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'。
5.權利要求1-4中任一項所述分子標記在快速檢測水稻香味基因Badh2-E2中的應用。
6.一種快速檢測水稻香味基因Badh2-E2的方法，其特征在于，該方法包括以下步驟：
(1)提取水稻植株基因組DNA；
(2)用PCR引物對水稻植株基因組DNA進行PCR擴增；所述PCR引物序列為：
正向引物1：5'-TGGCCCGGACGGCGCC-3'；
正向引物2：5'-GGCCCGGACGGCGCG-3'；
通用反向引物：5'-CGGGAGGCGCTGAAGAGGAA-3'；
所述正向引物1的5'端帶有FAM熒光信號標簽，序列為：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'；所述正向引物2的5'端帶有HEX熒光信號標簽，序列為：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；
(3)用酶標儀對反應產物進行檢測，根據SNPviewer軟件確定檢測水稻樣品的基因型。
7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟(2)中PCR反應程序為：94℃預變性15min；94℃變性20s；61-55℃退火延伸60s，10個循環，每個循環降低0.6℃；94℃變性20s；55℃退火延伸60s，26個循環。
8.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟(3)中根據顏色分類，聚合在接近X軸的顯示藍色的樣本的基因型為連接FAM熒光標簽序列的等位基因型，聚合在接近Y軸上的顯示紅色的樣本的基因型為連接HEX熒光標簽序列的等位基因型，中間顯示綠色的樣本的基因型為兩種等位基因的雜合型。
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