[發(fā)明專利]一種與豬達(dá)100kg日齡和眼肌面積相關(guān)的SNP

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010914682.2
• 申請(qǐng)日: 2020-09-03
• 公開（公告）號(hào): CN114134233A
• 公開（公告）日: 2022-03-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐中林;王力圓;易國(guó)強(qiáng);王斌虎
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 王灝增

本發(fā)明公開了一種與豬達(dá)100kg日齡和眼肌面積相關(guān)的SNP，本發(fā)明發(fā)現(xiàn)豬8號(hào)染色體正義鏈第143,777,724位點(diǎn)A/G型突變的SNP分子標(biāo)記與豬生長(zhǎng)性狀顯著相關(guān)，GG基因型與其他基因型相比具有更小的達(dá)100kg體重日齡和更大的眼肌面積(P0.0001)。該核苷酸位點(diǎn)檢測(cè)方法簡(jiǎn)單快捷，可作為評(píng)價(jià)家豬生長(zhǎng)性能的分子遺傳標(biāo)記，有效提高豬群的選種效率并加快遺傳進(jìn)展。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種與豬達(dá)100kg日齡和眼肌面積相關(guān)的SNP標(biāo)記的開發(fā)與利用。

背景技術(shù)

生豬產(chǎn)業(yè)一直都是畜牧業(yè)的重要組成部分，豬肉產(chǎn)量以及整個(gè)生豬產(chǎn)業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益與豬生長(zhǎng)性狀緊密相關(guān)，肌肉發(fā)育越快，生長(zhǎng)育肥期越短，飼料投入越低，飼養(yǎng)成本越少，經(jīng)濟(jì)效益越高。

杜洛克豬具有生長(zhǎng)速度快、料重比低、胴體品質(zhì)好、眼肌面積大和瘦肉率高等優(yōu)點(diǎn)，常用作豬育種工作的終端父本；長(zhǎng)白豬同樣具有著生長(zhǎng)發(fā)育快、料重比低和胴體瘦肉率高等優(yōu)良特性，是市場(chǎng)上最常見的商品豬類型之一；大白豬又稱大約克豬，由于母性好，繁殖性能好，常用于豬育種工作的母本。以上三種豬種均為世界知名豬種，在我國(guó)生豬養(yǎng)殖業(yè)中具有支柱性作用。為了提高豬肉產(chǎn)量，最直接的手段之一是提高生豬的生長(zhǎng)性能。其中個(gè)體達(dá)100kg體重日齡和眼肌面積是衡量豬生長(zhǎng)性狀的重要指標(biāo)，達(dá)100kg體重日齡越小、眼肌面積越大說明豬生長(zhǎng)性能越好。

為了進(jìn)一步提高家豬的生長(zhǎng)速度，需要更加深入地研究影響豬生長(zhǎng)性能的關(guān)鍵遺傳位點(diǎn)和候選基因。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，是可遺傳的變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90％以上。全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide AssociationStudy,GWAS)是通過全基因組范圍內(nèi)的SNP分布信息與生產(chǎn)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，鑒定與豬表型相關(guān)的SNP位點(diǎn)與數(shù)量性狀基因座(quantitative trait locus,QTL)，進(jìn)一步可以發(fā)現(xiàn)與豬生長(zhǎng)性狀相關(guān)的分子標(biāo)記等，從而有效提高生豬的選種效率，也為分子育種、標(biāo)記輔助選擇和轉(zhuǎn)基因育種等提供重要的參考材料。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一個(gè)可用于豬育種工作中，與豬生長(zhǎng)性狀相關(guān)的分子標(biāo)記。

所述分子標(biāo)記位于豬Sscrofa10.2第8號(hào)染色體正義鏈第143,777,724位核苷酸，為A或G，命名為SNP標(biāo)記ASGA0040345，其對(duì)應(yīng)序列信息如SEQ.1的第125bp處R所示,R表示A或G。

本發(fā)明提供一種鑒定或輔助鑒定豬眼肌面積大小的方法，所述方法包括：檢測(cè)待測(cè)豬基因組中SNP標(biāo)記ASGA0040345的基因型，所述SNP標(biāo)記ASGA0040345為位于10.2版豬參考基因組的第8號(hào)染色體第143,777,724位核苷酸，其為A或G；其中，所述AA基因型與AG基因型的豬的豬眼肌面積小于GG基因型的豬的豬眼肌面積，AA基因型的豬的豬眼肌面積小于AG基因型的豬的豬眼肌面積；

所述AA基因型為SNP標(biāo)記ASGA0040345為A的純合型；

所述AG基因型為SNP標(biāo)記ASGA0040345為A和G的雜合型；

所述GG基因型為SNP標(biāo)記ASGA0040345為G的純合型。

本發(fā)明提供一種鑒定或輔助鑒定豬達(dá)100kg體重日齡大小的方法，所述方法包括：檢測(cè)待測(cè)豬基因組中SNP標(biāo)記ASGA0040345的基因型，所述SNP標(biāo)記ASGA0040345為位于10.2版豬參考基因組的第8號(hào)染色體第143,777,724位核苷酸，其為A或G；其中，純合GG基因型與純合GA基因型的豬的達(dá)100kg體重日齡小于雜合AA基因型的豬的達(dá)100kg體重日齡，純合AA基因型的豬的達(dá)100kg體重日齡大于純合AG基因型的豬的達(dá)100kg體重日齡；

所述AA基因型為SNP標(biāo)記ASGA0040345為A的純合型；