[發明專利]一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測方法和系統

在審

• 申請號: 202010904940.9
• 申請日: 2020-09-01
• 公開（公告）號: CN112037852A
• 公開（公告）日: 2020-12-04
• 發明（設計）人: 許劍民;丁琛;莊奧博;朱德祥;韋燁;任黎;何國棟;林奇;易拓;許平平;周鵬揚;常文舉;馮青陽;莊奧加;吉美玲
• 申請（專利權）人: 復旦大學附屬中山醫院
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B25/10;G16B40/00;G16B50/00;G01N33/68;G01N27/62
• 代理公司: 上海容慧專利代理事務所(普通合伙) 31287
• 代理人: 于曉菁

1.一種T1期結直腸癌淋巴結轉移的預測方法，其特征在于，包括：

S1，樣本選擇，基于腫瘤組織切片的石蠟樣本，建立訓練集和驗證集，進行蛋白質組學分析；

S2，樣本制備和質譜分析，將石蠟樣本進行除蠟裂解、洗滌、洗脫后，進行梯度分離，通過檢索比對完成蛋白質的鑒定；

S3，選取蛋白質標記物，分析蛋白質標記物的表達量，選取有效鑒定蛋白；

S4，建立預測模型，將訓練集的蛋白質標記物分為淋巴結轉移組和無淋巴結轉移組，基于lasso算法訓練預測模型，根據最優化的正則參數λ調整預測準確率。

2.如權利要求1所述的一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測方法，其特征在于，在所述步驟S1中，所述訓練集選取接受手術的T1期結直腸癌患者，所述驗證集選取需要進行補救手術的患者。

3.如權利要1所述的一種T1期結腸癌淋巴結轉移預測方法，其特征在于，在所述步驟S2中，還包括：

S201，取10μm石蠟樣本加裂解液200μl，冰上研磨4分鐘后補充SDS試劑至濃度到4％；

S202，將樣本在99℃下煮沸30分鐘，隨后以12000g離心5分鐘，取上清后沉淀補充SDS試劑，重復S202步驟兩次，每次煮沸時間為1小時和2小時；

S203，將上清混勻，加1ml丙酮在-20℃下沉淀過夜，隨后用丙酮清洗沉淀兩遍，風干；

S204，將樣品復溶沉淀，以12000g離心半小時，用50mM碳酸氰胺將尿素排凈；

S205，加37℃下進行酶解4小時后加酶2.5μg，繼續酶解18個小時，最后加入200μl蒸餾水，洗脫兩遍后風干；

S206，將樣品溶解在緩沖液中上樣，在75分鐘的梯度內分離。

4.如權利要求3所述的一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測方法，其特征在于，在步驟S3中，還包括：

S301，計算每種蛋白質在樣本中的比例作為歸一化的表達量；

S302，根據所述比例值在蛋白質表達量的鑒定分布中選擇重復性較好的蛋白質標記物。

5.如權利要求4所述的一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測方法，其特征在于，在步驟S4中，還包括：

步驟S401，基于步驟S302所獲取的蛋白質標記物，將訓練集分為淋巴結轉移組及無淋巴結轉移組；

步驟S402，建立lasso算法，根據正則化參數λ計算蛋白質變量系數與λ值之間的關系；

步驟S403，采用十折交叉驗證，選取λ值中模型預測錯誤率最低的蛋白質變量參數，以此構建預測模型。

6.如權利要求5所述的一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測方法，其特征在于，在步驟S4中，還包括：

步驟S404，內部驗證，基于模型輸出的訓練集樣本的淋巴結轉移概率，繪制ROC曲線，通過ROC曲線下面積評估模型預測結果；

步驟S405，外部驗證，基于模型輸出的驗證集樣本的淋巴結轉移概率，繪制ROC曲線，通過ROC曲線下面積評估模型預測結果。

7.一種T1期結直腸癌淋巴結轉移預測系統，其特征在于，包括：

樣本選擇裝置，基于腫瘤組織切片的石蠟樣本，建立訓練集和驗證集，進行蛋白質組學分析；

樣本制備和質譜分析裝置，用以將石蠟樣本進行除蠟裂解、洗滌、洗脫后，進行梯度分離，通過檢索比對完成蛋白質的鑒定；

蛋白質標記物選取裝置，用以分析蛋白質標記物的表達量，選取有效鑒定蛋白；

轉移預測裝置，用以將訓練集的蛋白質標記物分為淋巴結轉移組和無淋巴結轉移組，基于lasso算法訓練預測模型，根據最優化的正則參數λ調整預測準確率。