[發明專利]一種與陸地棉纖維長度關聯的單體型分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202010896801.6
• 申請日: 2020-08-31
• 公開（公告）號: CN111793715B
• 公開（公告）日: 2021-12-03
• 發明（設計）人: 何守樸;付國勇;杜雄明;潘兆娥;耿曉麗;賈銀華;陳保軍;王立如;李洪戈;龐保印
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院棉花研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 鄭州立格知識產權代理有限公司 41126
• 代理人: 崔衛琴

本發明公開了一種與陸地棉纖維長度關聯的單體型分子標記及其應用，單體型如圖2所示，此單體型導致纖維長度出現多態性，本發明提供的與陸地棉纖維長度關聯的單體型分子標記可以用于棉花纖維伸長率性狀的早期預測和篩選，還可以用于棉纖維長度分子標記輔助育種，本方法主要通過直接檢測DNA，在棉花的各個組織、各個發育階段均可應用，不受季節、環境限制、不存在表達與否等問題。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種與陸地棉纖維長度關聯的單體型分子標記及其應用。

背景技術

棉花是世界上最重要的經濟作物之一，提供了世界總纖維用量的35％。陸地棉作為天然纖維作物，因其適應性廣和高產特性，在世界范圍內廣泛種植，占全球棉花的95％以上，是主要的栽培種。隨著人們對中高檔紡織品需求的增長，對纖維品質的要求日益提高，但是過于趨同的遺傳背景使得目前棉花育種可供選擇的優質親本寥寥無幾，以及對棉花優質基因源認識有限，使得陸地棉纖維品質改良困難重重。傳統的育種方法已經無法滿足當前生產的需要，要想解決當前棉花纖維品質存在的問題，必須挖掘與纖維品質相關的優異位點。分子標記技術的發展使直接選擇數量性狀的基因型成為可能。隨著全基因組關聯技術的發展和應用，與纖維品質相關的SNPs和優異位點逐漸得以挖掘，這些技術的發展和優異位點的挖掘為陸地棉纖維品質的改良奠定了堅實的基礎和多樣的選擇。

單體型(Haplotype)是位于一條染色體特定區域的一組相互關聯，并傾向于以整體遺傳給后代的單核苷酸多態的組合，又稱單倍體型或單元型。同一染色體上的連鎖不平衡的多個分子標記的情況即為單體型。SNPs位點并不是獨立遺傳的，而是在染色體上傾向于以一個整體遺傳給后代，成組遺傳的SNPs位點在一代又一代的遺傳中絕少發生重組。于是，這樣的一組SNPs位點類型也就是單體型(Morris R W,Kaplan N L.On the Advantageof Haplotype Analysis in the Presence of Multiple Disease SusceptibilityAlleles.Genetic Epidemiology,2002,23(3):221-233)，由于單體型包含著多個SNPs的遺傳信息，許多研究表明，在與復雜性狀的相關分析中，采用單體型比單個SNPs具有更好地統計分析效果(Hoehe M R.Haplotypes and the systematic analysis of geneticvariation in genes and genomes.Pharmacogenomics,2003,4(5):547-570.)，開發陸地棉中與纖維長度相關的單體型可以為陸地棉纖維長度的改良提供快速簡潔的檢測手段，同時還可為纖維長度的改良提供豐富的種質資源。

全基因組關聯分析：Genome-wide association study,GWAS)是應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)為分子遺傳標記，進行全基因組水平上的對照分析或相關性分析，通過比較發現影響復雜性狀的基因變異的一種新策略；為了克服傳統育種在改良纖維長度方面存在的育種周期長、人力和時間成本高、效率低等困難，提高改良陸地棉纖維長度的效率，滿足現代工業對棉花纖維長度的需求。

發明內容

本發明的目的是提供一種與陸地棉纖維長度關聯的單體型分子標記及其應用。

為達到上述目的，本發明采用的技術方案是：

一種與陸地棉纖維長度相關的單體型，所述單體型大小為889480kb，該單體型位于陸地棉A09號染色體上61235072-62124552的區間。

一種檢測與陸地棉纖維長度相關的單體型分子標記的方法，包括以下步驟：(1)提供四對引物序列，每對引物序列均包括一個上游引物序列和一個下游引物序列，上游引物序列均用JF表示，下游引物序列均用JR表示；