[發明專利]一種確定植物主要病原菌的方法及應用

在審

• 申請號: 202010844801.1
• 申請日: 2020-08-20
• 公開（公告）號: CN112037858A
• 公開（公告）日: 2020-12-04
• 發明（設計）人: 劉普;梁寬;董宏杰;賈兵;衡偉;葉振風
• 申請（專利權）人: 安徽農業大學
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B40/20;G16B50/10;C12Q1/6806;C40B50/06;C12Q1/6895
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 錢云

1.一種確定植物主要病原菌的方法，其特征在于，包括：

(1)分別獲取患病植物的植物發病組織和植物正常組織中總微生物DNA構建DNA文庫；

(2)通過對所述DNA文庫進行物種多樣性分析分別獲取所述植物發病組織和所述植物正常組織中的所有類型微生物的豐度；

(3)根據所有類型微生物的豐度判斷患病植物的主要病原菌。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述通過對所述DNA文庫進行物種多樣性分析分別獲取所述植物發病組織和所述植物正常組織中的所有類型微生物的豐度包括：

對所述DNA文庫中的序列信息進行預處理得到優質序列；

根據所述優質序列的序列相似性，將所述優質序列劃分為多個操作分類單元；

通過對所述多個操作分類單元進行物種多樣性分析，得到每個操作分類單元的豐度。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述預處理包括如下流程：

(1)采用滑動窗口法對序列掃描，當質量低于20時，切掉堿基質量平均值低于閾值的滑窗，并去除長度小于50bp的序列；

(2)將合格的雙端raw data拼接，序列拼接時最大overlap為200bp，得到完整pairedend序列；

(3)去除paired end序列中含有N堿基的序列，去除單堿基重復大于8的序列，去除長度小于200bp的序列，得到clean tags序列；

(4)去除clean tags中的嵌合體，得到用于后續操作分類單元劃分的優質序列。

4.根據權利要求2或3所述的方法，其特征在于，所述根據所述優質序列的序列相似性，將所述優質序列劃分為多個操作分類單元為：按照將序列相似度大于或等于97％的優質序列劃歸為一個操作分類單元的標準，將所述優質序列劃分為多個操作分類單元。

5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，在將所述優質序列劃分為多個操作分類單元后，還包括：

重復步驟(1)的流程3～5次，選取多次重復中均得到的操作分類單元進行后續的物種多樣性分析流程。

6.根據權利要求1-5任一項所述的方法，其特征在于，所述物種多樣性分析包括：alpha多樣性指數分析、Beta多樣性分析或多元變量統計中的一種或多種。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，所述alpha多樣性指數分析包括稀釋性曲線、alpha多樣性boxplot分析、Rank Abundance和Specaccum分析中的一種或多種；和/或，

所述Beta多樣性分析包括基于Binary jaccard、Bray curtis距離矩陣分析、PCA、PCoA、NMDS UPGMA和RDA/CCA分析中的一種或多種；和/或，

所述多元變量統計包括PERMANOVA分析和Anosim檢驗中的一種多兩種。

8.根據權利要求1-7任一項所述的方法，其特征在于，所述根據所有類型微生物的豐度判斷患病植物的主要病原菌為：

分析得到在所述植物發病組織中相對豐度較高，且不存在于所述的植物正常組織中的微生物為所述植物的主要病原菌。

9.根據權利要求1-8任一項所述的方法，其特征在于，所述植物為獼猴桃。

10.權利要求1-9任一項所述方法在確定獼猴桃黑斑病的主要病原菌中的應用。