[發(fā)明專利]人類基因組合及其在制備評(píng)估宮頸癌新輔助化療藥物敏感性試劑盒中的應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010840960.4
• 申請日: 2020-08-20
• 公開（公告）號(hào): CN111944905B
• 公開（公告）日: 2023-06-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 田訓(xùn);陳世民;楊帆
• 申請（專利權(quán)）人: 武漢凱德維斯醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務(wù)所(普通合伙) 42001
• 代理人: 龔瑩瑩

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及人類基因組合及其在制備評(píng)估新輔助化療藥物敏感性試劑盒中的應(yīng)用。申請人通過對(duì)已知新輔助化療結(jié)局的宮頸癌患者組織標(biāo)本的DNA進(jìn)行全外顯子測序（WES）進(jìn)行分析，使用LASSO回歸分析方法對(duì)已知化療結(jié)局的樣本的全外顯子序列的LOF突變和錯(cuò)義突變進(jìn)行變量篩選，最終篩選出15個(gè)基因與宮頸癌新輔助化療藥物的敏感性相關(guān)，利用這15個(gè)基因組合可制備成評(píng)估宮頸癌新輔助化療藥物敏感性試劑盒，該試劑盒預(yù)測準(zhǔn)確率高，可有效解決目前臨床上存在的需要治療后根據(jù)治療結(jié)果來判斷治療效果的問題，值得大規(guī)模推廣。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及人類基因組合及其在制備評(píng)估新輔助化療藥物敏感性試劑盒中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

宮頸癌新輔助化療主要應(yīng)用于局部晚期宮頸癌的治療。其優(yōu)勢有可縮小腫瘤體積，便于下一步治療，提高放療敏感性。對(duì)于直徑≥4cm的早期宮頸癌，新輔助化療聯(lián)合宮頸癌根治性手術(shù)是可供選擇的標(biāo)準(zhǔn)方案之一。

宮頸癌中的新輔助化療主要采用順鉑聯(lián)合紫杉醇的化療方案。新輔助化療是宮頸癌一種比較有效的治療方式，但仍有20％-25％左右的患者對(duì)新輔助化療不敏感。目前世界范圍對(duì)于宮頸癌新輔助化療治療并沒有前期預(yù)測的相關(guān)研究，仍然是在臨床上進(jìn)行治療后根據(jù)治療結(jié)果來判斷治療效果。因?yàn)槟壳皼]有能夠在化療前對(duì)新輔助化療敏感性進(jìn)行預(yù)測的方法，導(dǎo)致很多新輔助化療不敏感患者的預(yù)后較差，對(duì)其他治療如放療，同步放化療的效果都較差，化療后不但病情沒有改善，使患者的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)重上加重，帶來化療后的不良反應(yīng)。本發(fā)明通過篩選的人類基因組合去制備評(píng)估新輔助化療藥物敏感性試劑盒。本發(fā)明涉及到的基因，只有其中一個(gè)基因STK11被報(bào)道與新輔助化療藥物之一的順鉑敏感性相關(guān)，其他基因均未報(bào)到與新輔助化療相關(guān)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供了一種適用于評(píng)估宮頸癌新輔助化療藥物敏感性的基因組合，所述的基因組合包括：GENE?BANK?NO.為NM_001253884、NM_001276713、NM_001270473、NM_001007253、NM_199135、NM_001261457、NM_012216、NM_177401、NM_172020、NM_001010860、NM_001142351、NM_000455、NM_017684、NM_133264、NM_015692。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供了上述基因組合在制備評(píng)估宮頸癌新輔助化療藥物敏感性試劑盒中的應(yīng)用。

為了達(dá)到上述目的，本發(fā)明采取以下技術(shù)措施：

一種適用于評(píng)估宮頸癌新輔助化療藥物敏感性的基因組合的篩選：通過對(duì)已知新輔助化療結(jié)局的宮頸癌患者組織標(biāo)本的DNA進(jìn)行全外顯子測序(WES)進(jìn)行分析，將clean數(shù)據(jù)比對(duì)到人參考基因組(B37)上，分別使用muTect和Strelka工具檢測體細(xì)胞SNV和INDE?L，使用Annovar工具進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)及數(shù)據(jù)庫的注釋。過濾掉在千人、ESP6500、EXAC等數(shù)據(jù)庫中最小等位基因頻率(MAF，minor?allelic?frequency)大于0.5％的突變位點(diǎn)，并過濾了基因間區(qū)(intergenic)和內(nèi)含子區(qū)(intronic)的位點(diǎn)，保留了編碼區(qū)改變氨基酸編碼的突變位點(diǎn)，使用LASSO回歸分析方法對(duì)已知化療結(jié)局的樣本的全外顯子序列的LOF突變(loss-of-function?mutation)和錯(cuò)義突變(missense?mutation)進(jìn)行變量篩選，最終篩選出15個(gè)基因與宮頸癌新輔助化療藥物的敏感性相關(guān)，所述的基因包括：GENE?BANK?NO.為NM_001253884、NM_001276713、NM_001270473、NM_001007253、NM_199135、NM_001261457、NM_012216、NM_177401、NM_172020、NM_001010860、NM_001142351、NM_000455、NM_017684、NM_133264、NM_015692。