[發明專利]基于二代測序的捕獲探針設計方法及應用有效
| 申請號： | 202010839484.4 | 申請日： | 2020-08-20 |
| 公開（公告）號： | CN111710362B | 公開（公告）日： | 2021-06-15 |
| 發明（設計）人： | 韓志軍;曹鑫愷;周紅霞;秦放;王杰 | 申請（專利權）人： | 上海思路迪醫學檢驗所有限公司 |
| 主分類號： | G16B25/20 | 分類號： | G16B25/20;G16B30/00;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京市蘭臺律師事務所 11354 | 代理人： | 張峰 |
| 地址： | 200120 上海市浦*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 基于 二代 捕獲 探針 設計 方法 應用 | ||
1.一種捕獲探針的設計方法，其特征在于，包括：
S1、評估探針捕獲效率與探針覆蓋區域GC含量的相關關系獲得擬合曲線；
S2、根據所述擬合曲線調節靶向不同GC含量區域的探針層數，以及調節相鄰探針的重疊區域長度，以提高不同GC含量區域的探針捕獲效率的均一性；
所述調節靶向不同GC含量區域的探針層數包括：在GC含量低的區域增加探針層數，和/或在GC含量高的區域減少探針層數；
所述調節相鄰探針的重疊區域長度包括：在GC含量低的區域增加相鄰探針的重疊區域長度，和/或在GC含量高的區域減少相鄰探針的重疊區域長度。
2.如權利要求1所述的設計方法，其特征在于，獲得所述步驟S1中的擬合曲線的步驟包括：
S11、統計每條探針覆蓋區域的GC含量，并獲得每條探針的測序深度；
S12、用LOWESS回歸模型擬合所有探針測序深度與探針覆蓋區域的GC含量的非線性關系，得到所述擬合曲線。
3.一種基于二代測序的檢測試劑，其特征在于，所述檢測試劑包括使用權利要求1~2任一項所述的設計方法設計的捕獲探針組。
4.權利要求3所述的檢測試劑在制備按照如下方法提高腫瘤樣本臨床變異的穩定檢出的試劑盒中的應用，其特征在于，所述方法包括：
（1）利用所述腫瘤樣本構建DNA文庫；
（2）利用所述檢測試劑對DNA文庫進行捕獲，獲得捕獲后的文庫；
（3）對捕獲后的文庫測序并進行生物信息學分析。
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