[發(fā)明專利]一種細菌DNA序列快速注釋方法及裝置

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202010795329.7
• 申請日: 2020-08-10
• 公開（公告）號: CN112017729A
• 公開（公告）日: 2020-12-01
• 發(fā)明（設計）人: 華孝挺;俞云松;陳歡;梁倩;洪文杰;何錦濤;張玲虹
• 申請（專利權）人: 浙江大學;浙江天科高新技術發(fā)展有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/00
• 代理公司: 杭州求是專利事務所有限公司 33200
• 代理人: 應孔月

1.一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，包括：

分別構建ResDB、ISDB、IntegronDB和TransposonDB數(shù)據(jù)庫；

獲取待分析的細菌DNA序列；

利用BLASTN程序?qū)⒋治龅募毦鶧NA序列與ResDB、ISDB、IntegronDB和TransposonDB數(shù)據(jù)庫中的一個或多個進行比對；

根據(jù)比對的覆蓋率和一致性，獲得最佳匹配基因和最佳匹配基因?qū)牟樵兓虻谋葘ζ涡蛄行畔?，并輸出注釋結果。

2.根據(jù)權利要求1所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，分別構建ResDB、ISDB、IntegronDB和TransposonDB數(shù)據(jù)庫，包括：

從NCBI下載NCBI細菌耐藥基因ResDB參考數(shù)據(jù)庫，從ISFINDER下載ISDB數(shù)據(jù)庫，從INTERGRALL下載IntegronDB數(shù)據(jù)庫，從The Transposon Registry下載TransposonDB數(shù)據(jù)庫。

3.根據(jù)權利要求1所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，對輸出的注釋結果進行可視化展示。

4.根據(jù)權利要求1所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，可視化展示的內(nèi)容包括四個數(shù)據(jù)庫的基因類型、基因方向、基因數(shù)量和基因位置。

5.根據(jù)權利要求1所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，所述的細菌DNA序列為Fasta或Genbank格式的序列文件，其中Fasta格式的序列文件載入?yún)?shù)為--nucleotide，Genbank格式的序列文件載入?yún)?shù)為--genbank，F(xiàn)asta或Genbank格式的序列文件均還包括以下參數(shù)設置：

輸出文件所在目錄：--resultdir；參考數(shù)據(jù)庫：--databases；匹配序列的最小覆蓋率：--coverage；匹配序列的最小一致性：--identity。

6.根據(jù)權利要求1所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，比對結果包括：

qseqid：查詢序列id號；

sseqid：目標序列id號；

pident：匹配序列百分比；

length：匹配序列長度；

mismatch：錯配堿基個數(shù)；

gapopen：缺口數(shù)目；

qstart：匹配的查詢序列起始位置；

qend：匹配的查詢序列終止位置；

sstart：匹配的目標序列起始位置；

send：匹配的目標序列終止位置；

evalue：期望值；

bitscore：匹配情況打分；

qseq：匹配的查詢序列的核酸序列；

sseq：匹配的目標序列的核酸序列；

slen：匹配的查詢序列的核酸序列長度。

7.根據(jù)權利要求6所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，identity為BLASTN比對結果pident的值；coverage＝(|send-sstart|+1)/slen。

8.根據(jù)權利要求3所述的一種細菌DNA序列快速注釋方法，其特征在于，對輸出的注釋結果進行可視化展示，具體為：

將輸出的注釋結果寫入表格，同時利用Biopython工具將其轉(zhuǎn)換為Genbank文件格式，同時添加上注釋信息；

利用Python django框架及nginx服務器搭建網(wǎng)站，將輸出的比對結果表格在網(wǎng)頁上展示，利用GBrowse和echarts插件將Genbank文件可視化展示。

9.一種細菌DNA序列快速注釋裝置，其特征在于，包括：

數(shù)據(jù)庫構建模塊，用于分別構建ResDB、ISDB、IntegronDB和TransposonDB數(shù)據(jù)庫；

獲取模塊，用于獲取待分析的細菌DNA序列；

比對模塊，用于利用BLASTN程序?qū)⒋治龅募毦鶧NA序列與ResDB、ISDB、IntegronDB和TransposonDB數(shù)據(jù)庫中的一個或多個進行比對；

輸出模塊，用于根據(jù)比對的覆蓋率和一致性，獲得最佳匹配基因和最佳匹配基因?qū)牟樵兓虻谋葘ζ涡蛄行畔?，并輸出注釋結果。