[發明專利]一種特征lincRNA表達譜組合及胃癌早期預測方法

在審

• 申請號: 202010776378.6
• 申請日: 2020-08-04
• 公開（公告）號: CN111718996A
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發明（設計）人: 賀軻;李文興;向國安;陳小勛;黃許森
• 申請（專利權）人: 廣東省第二人民醫院（廣東省衛生應急醫院）
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B25/10;G16B35/00;G16B5/00;G16B40/00;G16H50/20
• 代理公司: 北京權智天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11638
• 代理人: 王新愛

本發明公開了一種特征lincRNA表達譜組合及胃癌早期預測方法，所述特征miRNA表達譜組合的核苷酸探針序列如SEQ ID NO.1?20所示。本發明的基于lincRNA表達譜組合特征評估胃癌早期風險具有很高的精確度和準確率(ROC曲線下面積AUC＝0.985)。只需要獲取上述20種lincRNA的相對表達量，通過支持向量機模型計算給出胃癌早期患病概率，可作為胃癌早期預測的參考依據。

技術領域

本發明屬于生物技術和醫學領域，具體地說，涉及一種特征lincRNA表達譜組合及胃癌早期預測方法。

背景技術

胃癌(gastric cancer)是起源于胃黏膜上皮細胞的惡性腫瘤。其中，胃腺癌和胃上皮細胞癌占所有胃癌的約95％，其余5％包括腺鱗癌，鱗狀細胞癌和未分化癌。胃癌的發病年齡一般在50歲以上，男女發病率之比為2：1。胃癌早期無明顯癥狀，常與胃炎、胃潰瘍等胃慢性疾病癥狀相似，易被忽略。因此，目前胃癌的早期診斷率仍較低。全球疾病負擔(Global Burden of Disease,GBD)數據顯示，2017年全球患有胃癌的人數超過280萬，其中中國患病人數超過140萬。2017年全球患有胃癌的死亡人數約為86萬，占總死亡人數的1.55％。中國2017年死亡患者數約為36萬，占總死亡人數的3.40％。統計結果顯示，從1990年到2017年全球胃癌患病率持續增長，死亡率增長較緩。近十幾年來中國胃癌患病率增長較快，死亡率一直維持在較高水平。

支持向量機(Support Vector Machine,SVM)是一類按監督學習方式對數據進行二元分類的廣義線性分類器，其決策邊界是對學習樣本求解的最大邊距超平面。SVM模型是將實例表示為空間中的點，這樣映射就使得單獨類別的實例被盡可能寬的明顯的間隔分開。然后，將新的實例映射到同一空間，并基于它們落在間隔的哪一側來預測所屬類別。當訓練數據是線性可分時，SVM通過硬間隔最大化學習進行分類。當訓練數據線性不可分時，SVM通過使用核技巧以及軟間隔最大化學習進行分類。SVM對于特征含義相似的中等大小的數據集很強大，也適用于小型數據集。通常情況下，對樣本量小于1萬的數據集SVM都有很好的預測效果。SVM在疾病診斷、腫瘤分類、腫瘤基因識別等有著廣泛的應用。

腫瘤早期診斷一直是醫學界的難題。現有的早期診斷方法多是觀測某一個或一類標志物的表達水平，難以達到理想的診斷效果。由于這些標志物在腫瘤患者和正常人群中的表達分布有部分重疊，難以界定標志物的臨界值將腫瘤患者和正常人群較好地分開。因此，利用多個標志物表達特征組合可能是腫瘤早期診斷的一種有效方法。長鏈基因間非編碼RNA(long intergenic non-coding RNA,lincRNA)是一類位于基因間非編碼序列的長度大于200個核苷酸的非編碼單鏈RNA分子。lincRNA不具有編碼潛力并且在不同物種之間不保守。研究表明lincRNA參與多個基因的表達調控，在人體內表達相對穩定且容易檢測。由于單個lincRNA分子在腫瘤和正常人群中表達分布有重疊，難以界定早期診斷的臨界值。

因此，有必要建立一種有助于胃癌的早期預測的更穩定的多個差異lincRNA表達特征組合的診斷模型。

發明內容

有鑒于此，本發明針對上述的問題，提供了一種特征lincRNA表達譜組合及胃癌早期預測方法。

為了解決上述技術問題，本發明公開了一種特征lincRNA表達譜組合，包括AC005261.1、AC026401.3、AC048341.1、AC055713.1、AC060780.1、AC092171.3、AC093297.2、AC106782.2、AC145207.5、AF117829.1、AL390728.6、CASC15、CYTOR、LINC00265、LINC00467、MIR22HG、MIR4435-2HG、PVT1、SNHG15和ZNF667-AS1，其核苷酸探針序列為SEQ ID NO.1-20所示。

本發明還公開了一種基于特征lincRNA表達譜組合的胃癌早期預測方法，包括以下步驟：