[發(fā)明專利]一種構(gòu)建植物轉(zhuǎn)錄因子對靶基因遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010690681.4
• 申請日: 2020-07-17
• 公開（公告）號: CN111863127B
• 公開（公告）日: 2023-06-16
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張德強(qiáng);權(quán)明洋;肖亮;盧文杰
• 申請（專利權(quán)）人: 北京林業(yè)大學(xué)
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B25/10
• 代理公司: 北京高沃律師事務(wù)所 11569
• 代理人: 呂紀(jì)濤

1.一種構(gòu)建植物轉(zhuǎn)錄因子對靶基因遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方法，包括以下步驟：

1)獲得植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)；

2)獲得植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的特定組織的表達(dá)量數(shù)據(jù)，得到待測轉(zhuǎn)錄因子的群體表達(dá)量；

3)獲得植物待測候選靶基因在群體中每一個體的與步驟2)相同組織的表達(dá)量數(shù)據(jù)，得到候選靶基因的群體表達(dá)量；

4)將所述步驟1)中植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)與步驟3)中候選靶基因的群體表達(dá)量進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，確定與候選靶基因的表達(dá)量顯著關(guān)聯(lián)的SNP；

所述確定的條件包括：待測轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)任一SNP與候選靶基因的表達(dá)量顯著關(guān)聯(lián)；

5)計算所述步驟2)中待測轉(zhuǎn)錄因子的群體表達(dá)量與所述步驟3)中候選靶基因的群體表達(dá)量之間的皮爾森相關(guān)性系數(shù)r，檢測待測轉(zhuǎn)錄因子與候選靶基因之間的表達(dá)相關(guān)性，確定與待測轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)量高度相關(guān)的候選靶基因；

所述確定的條件包括：皮爾森相關(guān)性系數(shù)r0.9或r-0.9；

6)同時滿足所述步驟4)和所述步驟5)的確定條件的候選靶基因?yàn)樵谒鎏囟ńM織中受待測轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的候選靶基因，依此構(gòu)建待測轉(zhuǎn)錄因子對靶基因的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；

所述步驟1)、2)和3)之間沒有時間先后順序的限定；所述步驟4)和5)之間沒有時間先后順序的限定。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟1)植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)是基于植物全基因組重測序獲得的。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述步驟1)植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)的獲得方法包括：

對所選群體的所有個體進(jìn)行全基因組重測序，獲得每一個體基因組序列；

將所獲得的每一個體基因組序列與參考基因組進(jìn)行比對，獲得全基因組SNP基因型數(shù)據(jù)及其在基因組中的位置；

將待測轉(zhuǎn)錄因子的序列與參考基因組進(jìn)行比對，獲得其在基因組中的位置；結(jié)合全基因組SNP數(shù)據(jù)獲得植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1～3任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述步驟1)植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中的SNP基因型的頻率大于10％。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟1)～3)中，所述植物群體中個體的數(shù)量大于200株。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟4)中關(guān)聯(lián)分析使用的軟件包括TASSELv5.0中的混合線性模型。

7.根據(jù)權(quán)利要求1或6所述的方法，其特征在于，所述關(guān)聯(lián)分析的方法包括：

利用軟件TASSELv5.0檢測植物待測轉(zhuǎn)錄因子在群體中每一個體的SNP基因型數(shù)據(jù)與每一候選靶基因在群體中每一個體特定組織中表達(dá)量之間關(guān)聯(lián)的顯著性水平，得到P值；

使用Q-value軟件對P值進(jìn)行FDR多重檢測，得到Q值，排除假陽性結(jié)果；

篩選P≤0.01且Q≤0.1的SNP位點(diǎn)，以此確定與候選靶基因的表達(dá)量顯著關(guān)聯(lián)的SNP。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟5)計算皮爾森相關(guān)性系數(shù)r的軟件包括SPSS?v19.0。