[發明專利]免疫組庫標準物質序列及其設計方法和應用

有效

• 申請號: 202010639577.2
• 申請日: 2020-07-06
• 公開（公告）號: CN111850016B
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發明（設計）人: 王謝;蘇政;楊凡
• 申請（專利權）人: 深圳泛因醫學有限公司
• 主分類號: C12N15/62
• 分類號: C12N15/62;C12N15/70;C12Q1/6869
• 代理公司: 廣州新諾專利商標事務所有限公司 44100
• 代理人: 李海恬

1.一種免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，所述免疫組庫標準物質序列由5’端到3’依次包括：V基因序列、CDR3模擬序列、J基因序列、C基因序列和識別標簽序列；所述CDR3模擬序列在真實樣本中出現的概率≤0.01%，所述CDR3模擬序列包括2段識別標簽序列以及1段水印序列；所述識別標簽序列用于識別區分所述免疫組庫標準物質序列，所述識別標簽序列為(Z)i序列或(X)j序列，所述水印序列用于標識所述免疫組庫標準物質序列的來源；

所述V基因序列、J基因序列和C基因序列通過以下方法獲得：

1）獲取TCR和/或BCR的編碼基因，所述編碼基因包括V基因、D基因、J基因和C基因的參考序列，篩選留下其中有功能的基因；

2）對上述V基因的參考序列進行處理，保留V基因參考序列5’端到3’端的CDR3起始保守氨基酸密碼子半胱氨酸之前序列，刪除所述CDR3起始保守氨基酸密碼子半胱氨酸密碼子及之后序列；

3）對上述J基因的參考序列進行處理，保留J基因參考序列3’端CDR3終止保守氨基酸密碼子色氨酸/苯丙氨酸序列之后的部分，直到參考序列的末端，刪除所述CDR3終止保守氨基酸密碼子色氨酸/苯丙氨酸密碼子及其5’端序列部分；

4）對上述C基因的參考序列進行處理，保留5’端的前100bp堿基；

對上述處理后的V、J基因進行排列組合，中間加入模擬的唯一CDR3序列，在J基因3’端隨機加上處理后的C基因，在C基因3’端再加上該條模擬CDR3序列中的(Z)i或(X)j序列，得到若干免疫組庫標準物質序列；

所述CDR3模擬序列由5’端到3’端依次為C(Z)i(X)jNEQIMW或C(Z)i(X)jNEQIMF；

其中，C表示CDR3起始保守氨基酸半胱氨酸所對應密碼子的核苷酸；

W表示CDR3終止保守氨基酸色氨酸所對應密碼子的核苷酸；

F表示CDR3終止保守氨基酸苯丙氨酸所對應密碼子的核苷酸；

NEQIM分別表示天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、異亮氨酸、甲硫氨酸所對應密碼子的核苷酸；

Z、X獨立地任選自：腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶或胸腺嘧啶；

i、j選自：6-50的自然數。

2.根據權利要求1所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，每段所述識別標簽序列的長度為6-50 bp。

3.根據權利要求1所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，所述CDR3模擬序列前、中、后段的GC含量均趨近于真實樣本中的GC含量；所述前、中、后段的劃分以CDR3序列的整體長度平均分為3段為標準定義前、中、后段。

4.根據權利要求3所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，當所述免疫組庫標準物質序列為IGH序列，則所述CDR3模擬序列前、中、后段的GC含量分別是0.60±0.04、0.54±0.04和0.48±0.05；

當所述免疫組庫標準物質序列為TRB序列，則所述CDR3模擬序列前、中、后段的GC含量分別是0.64±0.04，0.61±0.03和0.52±0.04。

5.根據權利要求1所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，所述CDR3模擬序列中，包括兩段識別標簽序列(Z)i和 (X)j；

當所述免疫組庫標準物質序列為IGH序列，(Z)i(X)j序列選自SEQ ID No:1-SEQ IDNo:53所示序列；

當所述免疫組庫標準物質序列為TRB序列，(Z)i(X)j序列選自SEQ ID No:54- SEQ IDNo:100所示序列。

6.根據權利要求1所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，所述免疫組庫標準物質序列兩端還設有限制性內切酶的酶切位點。

7.根據權利要求6所述的免疫組庫標準物質序列所對應的免疫組庫標準物質，其特征在于，所述V基因序列酶切位點的5’端還設有用于體外轉錄形成RNA的T7啟動子序列。