[發明專利]基于白骨壤轉錄組hAT轉座子的分子標記引物組及其應用

有效

• 申請號: 202010624134.6
• 申請日: 2020-06-30
• 公開（公告）號: CN111607662B
• 公開（公告）日: 2022-06-10
• 發明（設計）人: 王鵬良;楊利平;陶玉華;吳雙成;李藝;鄧潔梅
• 申請（專利權）人: 北部灣大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6811;C12N15/11
• 代理公司: 廣西中知科創知識產權代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

本發明涉及分子標記技術領域，特別涉及基于白骨壤轉錄組hAT轉座子的分子標記引物組及其應用，本發明的引物是針對白骨壤轉錄組hAT轉座子設計的，hAT轉座子堿基對雖然較短，但在數量豐富，能夠覆蓋整個基因組，設計出來的引物對具有良好的多態性，能對白骨壤品種進行區分，本申請印證了利用白骨壤開發hAT轉座子標記的可行性，并對不同地域品種的白骨壤進行遺傳多樣性分析，不僅能為白骨壤提供新穎優質的分子標記，也為白骨壤的分子改良奠定良好基礎可為今后開展遺傳育種、基因組作圖、基因定位和物種親緣關系鑒別等研究提供新引物。

【技術領域】

本發明涉及分子標記技術領域，特別涉及基于白骨壤轉錄組hAT轉座子的分子標記引物組及其應用。

【背景技術】

紅樹植物中數量最多的植物就是白骨壤(Avicennia marina),它在適應陸地與海洋過渡區域方面有優良表現，一般分布在熱帶及亞熱帶地區河口或海岸潮間。其生長環境具有不適合大多數生物生長的特點：周期性潮汐、具有高溫度、高鹽、低氧及強風的濕地，白骨壤就是濱海濕地的天然保護屏障，可以保護沿海人類的生命安全和使財產免受洪水、風暴及海岸的侵蝕，同時給動物提供了棲息地和食物，對維持生態系統完整性和生物多樣性起到重要作用。

轉座元件(Transposable Element,TE)，也稱為轉座子，它的是一種特殊的DNA序列。在相同染色體中轉座子可以從某一個位點移動到另一個位點，從某條染色體移動到另外一條染色體上。隨著轉錄組測序技術的發展，已經有越來越多的物種轉錄組被用到檢測基因組序列技術中，但是關于白骨壤的hAT轉座子遺傳標記研究還鮮有報道。

為了促進白骨壤遺傳資源的研發，驗證hAT轉座子遺傳標記是否可行，能對白骨壤遺傳資源進行保護，為后續開展遺傳育種、基因組作圖、基因定位和物種親緣關系鑒別等研究，有必要針對白骨壤的hAT轉座子進行研究，設計新的引物。

【發明內容】

鑒于上述內容，為促進白骨壤遺傳資源的研發，驗證hAT轉座子遺傳標記是否可行，有必要針對白骨壤的hAT轉座子進行研究，設計新的引物，該引物組基于hAT轉座子應用開發的分子標記，該分子標記引物組具有具有拷貝數多，重復性較好，容易產生豐富的遺傳多樣性、開發的引物具有高度多態性。

為達到上述目的，本發明所采用的技術方案是：

基于白骨壤轉錄組hAT轉座子的分子標記引物組，所述分子標記引物組為下述引物中的任意1對：

AmhAT3上游引物：5’-TAGCCGAGTGGTGGTCTTCT-3’；下游引物：5’-TGATGAGGTGCATCTAACTTGG-3’；

AmhAT7上游引物：5’-AAACCAGTTGGAACAATCACG-3’；下游引物：5’-TCTTCTGCCACATCATCATCA-3’；

AmhAT8上游引物：5’-TCTCTGGAGTGCATGGTGTT-3’；下游引物：5’-TGGTCACTTCCCATGACTTG-3’；

AmhAT12上游引物：5’-TGCAAAGTGCATTTGTGTACG-3’；下游引物：5’-AGATGGCGCTTGTCAAGACT-3’；

AmhAT14上游引物：5’-GCCACGCTGTTTGTATGTTC-3’；下游引物：5’-AAAGCCACATCTTGCTCCTC-3’；

AmhAT33上游引物：5’-TTGGTTCGAAAATACATGAACG-3’；下游引物：5’-AAACTCGGGCTCATTTTCCT-3’；

AmhAT59上游引物：5’-GTTGGCACCATCCAACTTTT-3’；下游引物：5’-CCCAAACTACGACCTGCACT-3’；