[發(fā)明專利]致病基因位點數(shù)據(jù)庫及其建立方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010612454.X
• 申請日: 2020-06-30
• 公開（公告）號: CN111798926B
• 公開（公告）日: 2023-09-29
• 發(fā)明（設計）人: 劉晶星;于世輝;喻長順
• 申請（專利權）人: 廣州金域醫(yī)學檢驗中心有限公司;廣州金域醫(yī)學檢驗集團股份有限公司
• 主分類號: G16B50/00
• 分類號: G16B50/00;G16B20/50;G16B20/10
• 代理公司: 廣州新諾專利商標事務所有限公司 44100
• 代理人: 李海恬

1.一種致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，包括以下步驟：

獲取參考數(shù)據(jù)：獲取經(jīng)臨床驗證的致病基因位點數(shù)據(jù)信息，作為參考數(shù)據(jù)；

擴展得到突變位點數(shù)據(jù)：獲取所述參考數(shù)據(jù)中由于氨基酸改變致病的基因位點，并對此位點氨基酸的密碼子進行擴展，分析預設的突變產(chǎn)生情況，得到高風險致病突變位點數(shù)據(jù)，統(tǒng)計備用；

擴展得到剪切位點數(shù)據(jù)：獲取所述參考數(shù)據(jù)中由于剪切位點改變致病的基因位點，并對此位點的其它突變形式進行擴展，得到高風險致病剪切位點數(shù)據(jù)，統(tǒng)計備用；

擴展位點篩選：對上述得到的高風險致病突變位點數(shù)據(jù)和高風險致病剪切位點數(shù)據(jù)進行篩選，剔除人群突變發(fā)生頻率高于預定閾值的位點，剩余高風險致病突變位點和高風險致病剪切位點，與所述參考數(shù)據(jù)組合，即組成所述致病基因位點數(shù)據(jù)庫。

2.根據(jù)權利要求1所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述參考數(shù)據(jù)來源于HGMD數(shù)據(jù)庫和/或ClinVar數(shù)據(jù)庫。

3.根據(jù)權利要求1所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述擴展得到突變位點數(shù)據(jù)步驟中，所述預設的突變產(chǎn)生情況包括以下三類：

I類突變?yōu)橥蛔兒竺艽a子對應的氨基酸與參考數(shù)據(jù)一致；

II類突變?yōu)橥蛔兒竺艽a子為終止密碼子；

III類突變?yōu)橥蛔兒竺艽a子對應的氨基酸與參考數(shù)據(jù)不一致，且非終止密碼子。

4.根據(jù)權利要求3所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，當同時滿足I類突變和II類突變時，判定為I類突變。

5.根據(jù)權利要求3所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述擴展得到剪切位點數(shù)據(jù)步驟中，所述剪切位點擴展具體為，將參考數(shù)據(jù)中突變位點突變?yōu)榕c參考數(shù)據(jù)不同的核苷酸，即為Is類突變。

6.根據(jù)權利要求1所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述擴展位點篩選步驟中，所述預定閾值為5％。

7.根據(jù)權利要求1所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述擴展位點篩選步驟中，對于無明確人群突變發(fā)生頻率的位點，以及經(jīng)篩選得到人群突變發(fā)生頻率低于預定閾值的位點，進行如下過濾：

1)于本地樣本庫中檢索具有該位點的樣本，如樣本數(shù)小于預定樣本數(shù)，則保留該位點，作為高風險致病位點；如樣本數(shù)大于等于預定樣本數(shù)，則判斷為待確認樣本，進行下一步；

2)獲取上述待確認樣本對應的臨床信息，如其中超過預定比例的樣本的臨床信息與該位點所處基因功能相關，則保留該位點作為高風險致病位點，如小于等于預定比例的樣本的臨床信息與該位點所處基因功能相關，則剔除該位點。

8.根據(jù)權利要求7所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫的建立方法，其特征在于，所述預定樣本數(shù)為10，所述預定比例為1/3。

9.一種致病基因自動分析系統(tǒng)，其特征在于，包括：

數(shù)據(jù)獲取模塊，用于獲取待測樣本的基因檢測數(shù)據(jù)；

數(shù)據(jù)分析模塊，用于將上述基因檢測數(shù)據(jù)經(jīng)生物信息學分析后，代入權利要求5所述的致病基因位點數(shù)據(jù)庫中進行比對，得到待測樣本中I類突變、II類突變、III類突變和/或Is類突變的信息；

判定輸出模塊，用于將上述位點突變信息按照風險等級進行輸出，所述風險等級由高至低依次為：I類突變、Is類突變、II類突變、III類突變。