[發(fā)明專利]一種結(jié)核分枝桿菌的突變基因及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010591347.3
• 申請日: 2020-06-24
• 公開（公告）號: CN111575302A
• 公開（公告）日: 2020-08-25
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陳玲;趙昭亮;劉梅;李青;彭章麗;李娜娜;李秋陽;徐鵬;張建勇
• 申請（專利權(quán)）人: 遵義醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院
• 主分類號: C12N15/54
• 分類號: C12N15/54;C12Q1/689;C12R1/32
• 代理公司: 北京睿智保誠專利代理事務(wù)所(普通合伙) 11732
• 代理人: 王燦

本發(fā)明屬于生物醫(yī)藥的技術(shù)領(lǐng)域，本發(fā)明提供了一種結(jié)核分枝桿菌的突變基因及其應(yīng)用。所述突變基因是在結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv基因中缺失了基因片段Rv1527c的突變基因，或結(jié)核分枝桿菌的Rv1527c基因片段上第1380位的丙氨酸突變?yōu)楦彼峄虻?637位的甘氨酸突變?yōu)楸彼岬耐蛔兓颉⑸鲜鐾蛔兓蜃鳛榻Y(jié)核分枝桿菌的生物標(biāo)志物，用于結(jié)核病患者治療前臨床標(biāo)本檢測，有利于臨床制定合理的化療方案，從而提高臨床結(jié)核病、尤其是耐多藥結(jié)核病患者的治療成功率。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物醫(yī)藥技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種結(jié)核分枝桿菌的突變基因及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

氨基糖苷類是世界衛(wèi)生組織推薦的注射用抗結(jié)核藥物，包括鏈霉素(STR)、阿米卡星(AMI)和卡那霉素(KAN)。STR主要用于普通結(jié)核病的治療，而AMI和KAN目前是治療耐多藥結(jié)核病(multidrug-resistant tuberculosis，MDR-TB，指結(jié)核分枝桿菌同時耐利福平和異煙肼兩種抗結(jié)核藥物)的核心二線藥物。STR、AMI和KAN作用于結(jié)核分枝桿菌(Mtb)的核糖體，干擾細(xì)菌蛋白正常合成，在體外有較強的殺菌活性。目前已知rrs、rpsL、eis啟動子和tlyA基因突變與結(jié)核分枝桿菌對氨基糖苷類耐藥有關(guān)。

結(jié)核分枝桿菌對鏈霉素(STR)耐藥主要與rrs和rpsl基因突變有關(guān)：rrs A514C突變可能與STR低度耐藥相關(guān)；rpslK43R突變與STR高度耐藥相關(guān)，rpslK88Q/R突變與STR中低度耐藥相關(guān)。在不同的研究中，24％～89％鏈霉素表型耐藥菌株攜帶了rpslK43R突變，5％～27％攜帶rpslK88Q/R突變。總體上，75％～90％的鏈霉素耐藥菌中存在rrs或rpsl的相關(guān)耐藥突變。結(jié)核分枝桿菌對卡那霉素(KAN)與阿米卡星(AMI)耐藥主要與rrs和eis基因突變有關(guān)，研究顯示，rrsA1408G與臨床分離株的KAN高濃度耐藥密切相關(guān)。56％的KAN耐藥株攜帶了rrsA1408G突變；78％的AMI耐藥株攜帶了rrs A1408G突變。eis突變與KAN和AMI的低濃度耐藥相關(guān)，但該現(xiàn)象僅出現(xiàn)在體外試驗中。在已發(fā)表的數(shù)據(jù)中，22％的KAN耐藥株攜帶了eisA-10A突變，13％攜帶C-12T突變，11％攜帶了C-14T突變，5％攜帶了G-37T突變。結(jié)核分枝桿菌對STR、KAN、AMI三藥均耐藥的基因型改變是rrsA1401G突變聯(lián)合rpsL突變，或者聯(lián)合rrsA514C突變。

然而，結(jié)核分枝桿菌(Mtb)對氨基糖苷類抗結(jié)核藥物之間存在交叉耐藥性，抗生素使用不當(dāng)可能導(dǎo)致治療無效并且增加藥物的不良反應(yīng)。目前已有氨基糖苷類抗結(jié)核藥物的分子藥敏檢測技術(shù)，針對rrs或rpsl基因突變檢測，STR耐藥菌可達75％～90％的檢測率，但對AMI和KAN耐藥菌的檢測僅有5％～78％，敏感性和特異性均有待提高。且已有氨基糖苷類抗結(jié)核藥物的分子藥敏檢測技術(shù)不能直接指導(dǎo)臨床用藥，因此難以提高治愈率。因此，深入了解結(jié)核分枝桿菌臨床分離菌對氨基糖苷類藥物的耐藥性，有助于耐藥的快速診斷，有利于臨床制定合理的化療方案。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種結(jié)核分枝桿菌的突變基因，并將該突變基因作為結(jié)核分枝桿菌的生物標(biāo)志物。

為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供以下技術(shù)方案：

本發(fā)明提供了一種結(jié)核分枝桿菌的突變基因，所述突變基因是在結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv基因中缺失了基因片段Rv1527c的突變基因，或結(jié)核分枝桿菌的Rv1527c基因片段上第1380位的丙氨酸突變?yōu)楦彼峄虻?637位的甘氨酸突變?yōu)楸彼岬耐蛔兓颉?/p>

優(yōu)選的，所述基因片段Rv1527c(ID:886442)位于結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv基因中的第1722083～1728409位。

優(yōu)選的，所述結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv的基因登錄號為NC_000962.3。

本發(fā)明還提供了所述突變基因作為結(jié)核分枝桿菌生物標(biāo)志物的應(yīng)用。