[發明專利]一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法

有效

• 申請號: 202010555566.6
• 申請日: 2020-06-17
• 公開（公告）號: CN111681709B
• 公開（公告）日: 2023-04-28
• 發明（設計）人: 姚笑天;唐森威;李鷹翔;陳鋼;鄭強
• 申請（專利權）人: 深圳市早知道科技有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30
• 代理公司: 深圳叁眾知識產權代理事務所(普通合伙) 44434
• 代理人: 陳慧

本發明提供了一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法，該一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法包括以下步驟：S1：收集人群的基因檢測數據；S2：對包含的所有基因位點進行基因位點間的連鎖不平衡程度計算，獲得連鎖不平衡程度值Rsupgt;2/supgt;；S3：篩選Rsupgt;2/supgt;后的基因位點關系對；S4：將篩選后的基因位點關系對，以多次出現的基因位點為關鍵位點，連接所有關鍵位點，構建網絡；S5：對每個網絡進行評分，得出評分最高的網絡；S6：根據評分條件，對評分最高的網絡中每個基因位點進行評分；S7：挑選出評分最高的基因位點。本發明的一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法，可以挑選合適的基因位點，使得這些位點能夠獲得盡可能多的獲得基因信息。

技術領域

本發明涉及基因芯片的技術領域，特別是涉及一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法。

背景技術

一切疾病都與基因有關。基因是脫氧核糖核酸(DNA)分子上攜帶有遺傳信息的功能片斷，是生物傳遞遺傳信息的物質。基因主宰生命，是生命生老病死的根源。

基因檢測是通過被檢測者外周靜脈血或其他組織細胞等，利用生物基因技術，通過特定設備及分子生物技術檢測方法、擴增受檢者基因信息后，對被檢測者細胞中的DNA分子信息作檢測，分析它所含有的基因類型和基因缺陷及其表達功能是否正常的一種方法。

人體有約30億個堿基對，而基因檢測的手段多種多樣，其中最主流的是兩種：全基因組測序和基因芯片檢測。

芯片檢測技術，原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的核酸探針產生互補匹配時，通過確定熒光強度最強的探針位置，獲得一組序列完全互補的探針序列。據此可重組出靶核酸的序列。相比全基因組測序，通量較低、信息量較少，但價格相對便宜。

雖然芯片檢測技術能檢測的基因位點較少，但可以通過基因型填充或填補獲取更多的基因型信息。基因型填充是一種基于觀察對象已有基因型，對未進行基因分型的位點之等位基因進行預測的方法。而對未知的基因分型，依據連鎖不平衡(linkagedisequilibrium)的原理來預測。連鎖不平衡是指分屬兩個或兩個以上基因座位的等位基因同時出現在一條染色體上的幾率，高于隨機出現的頻率。通過基因型填充能增加基因位點的的密度，獲取更多的基因位點信息。

芯片檢測技術有兩個技術原理上的局限性：1.只能針對已知的基因位點進行基因分型檢測；2.只能對有限數量的基因位點進行基因分型檢測。因此，如何設計有限數量的基因位點，通過基因型填充技術，獲取更多有價值的基因分型，是基因芯片設計的最重要的環節。

發明內容

本發明提供了一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法，以解決基因芯片中設計有限的基因位點，如何獲得更多有價值的基因分型所引發的技術問題。

本發明提供了一種設計高密度基因芯片上基因位點的方法，該設計高密度基因芯片上基因位點的方法包括以下步驟：

S1：收集希望服務的人群的基因檢測數據；

S2：收集的人群的基因檢測數據中，對包含的所有基因位點進行基因位點間的連鎖不平衡程度計算，獲得兩兩基因位點間的連鎖不平衡程度值R²；

S3：經過連鎖不平衡計算后的每兩個基因位點為一個基因位點關系對，篩選連鎖不平衡程度值R²后的基因位點關系對；

S4：掃描每一個篩選后的基因位點關系對，以重復出現的基因位點為關鍵位點，將所有與該基因位點組成了基因關系對的基因位點挑選出來，連接起來構建網絡，確保每個有關系對的基因位點出現且僅出現在一個網絡中；

S5：對每個網絡進行評分，得出評分最高的網絡；