[發明專利]一對HLA等位基因中兩個等位基因表達量的定量檢測方法

有效

• 申請號: 202010501363.9
• 申請日: 2020-06-04
• 公開（公告）號: CN111607640B
• 公開（公告）日: 2022-10-28
• 發明（設計）人: 李叢;周一鳴
• 申請（專利權）人: 角井(北京)生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6881
• 分類號: C12Q1/6881;C12Q1/6851
• 代理公司: 北京漢鼎理利專利代理事務所(特殊普通合伙) 11618
• 代理人: 潘滿根

1.非診斷目的的一對HLA等位基因中兩個等位基因表達量的定量檢測方法，所述方法應用于人個性化HLA的檢測，所述檢測方法包括以下步驟：

步驟1：獲取待測樣品轉錄本的建庫測序的測序數據，將所述測序數據的reads的長度作為需要構建的Kmer長度m；

步驟2：獲取待測樣品一對HLA等位基因中每個等位基因的具體等位基因型別，然后將每個等位基因的具體等位基因型別的已知序列作為參考序列，參考序列長度為r；

步驟3：通過每次向后滑窗一個堿基，直到Kmer完全覆蓋所述參考序列，分別得到每個等位基因的所有Kmer，其數量為Kmer1、Kmer2、Kmer3……… Kmern，n=r-m+1；

步驟4：從每個等位基因中n個Kmer中過濾掉每個等位基因中非特有的Kmer，得到一對HLA等位基因中每個等位基因特有的Kmer；和

步驟5：根據每個等位基因特有的Kmer判斷reads來源，從而統計一對HLA等位基因中兩個等位基因中每個等位基因特有的reads數量，根據一對HLA等位基因每個等位基因特有的reads數量，得到該對HLA等位基因中兩個等位基因表達量的比例。

2.根據權利要求1所述的定量檢測方法，其特征在于，在步驟2和步驟3中，當每個等位基因的具體等位基因型別有多個時，分別以每個具體等位基因型別的序列作為參考序列，分別構建每個具體等位基因型別的Kmer，然后獲得該等位基因的各個具體等位基因型別的Kmer的并集，所述Kmer的并集為該等位基因Kmer。

3.根據權利要求1所述的定量檢測方法，其特征在于，步驟4中包括以下步驟：

第一步，從所述步驟3得到的每個等位基因Kmer中過濾掉另一個等位基因Kmer中與之間相同的Kmer；

第二步，從第一步得到的Kmer中進一步過濾掉其它位點的 HLA基因的Kmer中與之相同的Kmer，其它位點的HLA基因的Kmer構建方法同步驟2和步驟3；和

第三步，從第二步得到的Kmer中過濾掉非HLA基因構建Kmer中與之相同的Kmer，其它非HLA基因Kmer構建方法同步驟3。

4.根據權利要求3所述的定量檢測方法，其特征在于，將第二步得到的Kmer存入哈希表中，在構建其它非HLA基因時，每產生一個Kmer則判斷這個Kmer有沒有在哈希表中存在，如果有則刪除哈希表中這個Kmer，最后刪除掉其他基因與該等位基因所有相同的Kmer。

5.根據權利要求1-4任一所述的定量檢測方法，其特征在于，所述測序數據來源于二代測序平臺和/或三代測序平臺。

6.根據權利要求1-4任一所述的定量檢測方法，其特征在于，使用Optitype軟件對待測樣品代轉錄本測序的數據進行預測分析，獲取待測樣品一對HLA等位基因中每個等位基因的具體等位基因型別。