[發(fā)明專利]豬8號(hào)染色體上與二花臉豬全部胎次總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記的檢測(cè)方法與應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010438476.9
• 申請(qǐng)日: 2020-05-22
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111455071B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-07-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃瑞華;蔣能靜;李平華;趙默然;馬翔;張倩;劉晨曦;周天威;牛培培;張總平
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 南京農(nóng)業(yè)大學(xué);南京農(nóng)業(yè)大學(xué)淮安研究院
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6806;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責(zé)任公司 32218
• 代理人: 傅婷婷;徐冬濤

本發(fā)明公開(kāi)了豬8號(hào)染色體上與二花臉豬全部胎次總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記的檢測(cè)方法與應(yīng)用。所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列豬8號(hào)染色體上rs342939847核苷酸位點(diǎn)，且存在A/C多態(tài)性，所述SNP標(biāo)記與二花臉豬全部胎次的總產(chǎn)仔數(shù)顯著相關(guān)(P＝0.0418)。一種用于檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，上游引物為：SEQ ID NO：2，下游引物為：SEQ ID NO：3。本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記與二花臉母豬的總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)，因此，可以通過(guò)鑒定該SNP標(biāo)記來(lái)篩選高產(chǎn)的二花臉母豬品系，所得的二花臉母豬高產(chǎn)品系具有重要的經(jīng)濟(jì)效益與社會(huì)價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及豬8號(hào)染色體上與二花臉豬全部胎次總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記的檢測(cè)方法與應(yīng)用。

背景技術(shù)

在豬的商業(yè)化品系選育中，繁殖性狀如產(chǎn)仔數(shù)、乳頭數(shù)等在母系豬的選育中尤為重要。產(chǎn)仔數(shù)作為母豬重要的生產(chǎn)性狀之一，反映了母豬繁殖力水平、豬場(chǎng)生產(chǎn)水平和經(jīng)濟(jì)效應(yīng)。二花臉豬是我國(guó)優(yōu)秀地方豬種，因產(chǎn)仔數(shù)高而聞名于世；最高窩總產(chǎn)仔數(shù)記錄為42頭，平均為15.69頭。產(chǎn)仔數(shù)作為能繁母豬重要的生產(chǎn)性狀之一，反應(yīng)了能繁母豬繁殖力水平；然而產(chǎn)仔數(shù)是受多基因調(diào)控的低遺傳力的數(shù)量性狀，傳統(tǒng)選育方法基于表型選擇，育種進(jìn)展緩慢；近年來(lái)利用分子標(biāo)記輔助選育(MAS)技術(shù)在和全基因組選擇育種(GS)技術(shù)能極大提高選擇的準(zhǔn)確性，并且大大縮短選育世代，提高育種效率。因此通過(guò)基因組水平鑒別影響二花臉母豬的產(chǎn)仔數(shù)的基因位點(diǎn)，可為穩(wěn)定提高二花臉豬的產(chǎn)仔數(shù)提供重要分子標(biāo)記。

從國(guó)際豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在豬除10、11號(hào)染色體及性染色體上沒(méi)有定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，其它常染色體上都已定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，但大部分是利用微衛(wèi)星標(biāo)記定位的QTL，置信區(qū)間多在10-20cM，無(wú)法確定真正的主效基因及其關(guān)鍵變異位點(diǎn)，難以直接應(yīng)用于種豬選育改良，因此找到影響產(chǎn)仔數(shù)的分子標(biāo)記位點(diǎn)才是提高產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)鍵。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)不足，產(chǎn)仔數(shù)的低遺傳力，提供一種基于與二花臉母豬總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記的方法。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供用于檢測(cè)上述SNP標(biāo)記的引物和檢測(cè)方法。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述SNP標(biāo)記的用途。

一種與二花臉母豬總產(chǎn)仔數(shù)性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記位于國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列8號(hào)染色體上rs342939847(即豬8號(hào)染色體上泛素羧基末端水解酶L1(UCHL1)基因5’UTR處rs342939847位點(diǎn))，且存在A/C多態(tài)性，所述SNP標(biāo)記與二花臉母豬全部胎次的總產(chǎn)仔數(shù)(Total number born,TNB)顯著相關(guān)。rs342939847位點(diǎn)具有CC基因型的二花臉母豬的全部胎次的總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于具有AA基因型的二花臉母豬。

一種基于本發(fā)明所述的SNP開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記的方法，以含有所述的SNP標(biāo)記的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計(jì)引物對(duì)，以二花臉母豬基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使所述的SNP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記。

其中，所述的引物對(duì)上游引物如SEQ ID NO.2所示，下游引物如SEQ ID NO.3所示，所述的分子標(biāo)記序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于SEQ ID NO.1的第176位，存在A/C多態(tài)性。

按照本發(fā)明所述的方法得到的分子標(biāo)記，所述的分子標(biāo)記序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于SEQ ID NO.1的第176位，存在A/C多態(tài)性。

一種用于檢測(cè)所述的與二花臉母豬總產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，上游引物為：SEQ ID NO.2，下游引物為：SEQ ID NO.3。